hnuzhoulin

金蟲 (小有名氣)

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[求助] siesta運行，forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

outcell: Unit cell vectors (Ang):
   60.552510 0.000000 0.000000
      0.000000 61.148290 0.000000
      0.000000 0.000000 30.000000

outcell: Cell vector modules (Ang) : 60.552510 61.148290 30.000000
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):    90.0000    90.0000    90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)       : 111080.4733

InitMesh: MESH = 360 x 360 x 180 = 23328000
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) = 90.000 95.794 Ry

* Maximum dynamic memory allocated =  1133 MB
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
siesta          0000000000766BF8  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000073FDDF  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000738330  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000050B44E  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000449E11  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000436745  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000053069B  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000040968C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007F682B4EA8A4  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000409599  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
siesta          0000000000766BF8  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000073FDDF  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000738330  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000050B44E  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000449E11  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000436745  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000053069B  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          000000000040968C  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007F013157F8A4  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000409599  Unknown             Unknown  Unknown
yhrun: error: cn260: tasks 0-1: Exited with exit code 174

這是在兩個核上面跑的，如果放在一個核上面跑就沒有問題，可以算下去。。。腫麼回事？

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1樓 2011-07-22 13:41:48

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guohuazhong

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★
ellsaking(金幣+1): 感謝幫助 2011-07-22 16:46:11
hnuzhoulin(金幣+5): 謝謝，我換到10也一樣，我編譯的是2.02版，貌似是可以ifort11的 2011-07-25 08:41:11

估計樓主用的ifort11或是更高版本的intel編譯器編譯的程序吧，解決的辦法有兩個，可以參照博客
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=378442&do=blog&id=391611
應(yīng)該能解決你的問題

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2樓2011-07-22 16:29:35

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wenjlu

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★
zzy870720z(金幣+1): 鼓勵交流 2011-07-22 22:07:40

內(nèi)存溢出了。

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3樓2011-07-22 16:36:24

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guohuazhong

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★ ★
zzy870720z(金幣+2): 謝謝指點 2011-07-22 22:08:09

不是內(nèi)存溢出的問題，siesta并行遇到這種情況，一般都是編譯的問題，因為單核能運行，不是內(nèi)存溢出。

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4樓2011-07-22 16:49:11

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引用回帖:

Originally posted by guohuazhong at 2011-07-22 16:29:35:
估計樓主用的ifort11或是更高版本的intel編譯器編譯的程序吧，解決的辦法有兩個，可以參照博客
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=378442&do=blog&id=391611
應(yīng)該能解決 ...

我嘗試在家目錄下面安裝了ifort10，而且在譯之前確認(rèn)了mpif90是指向ifort10的，但是結(jié)果還是一樣的啊。

我嘗試自己安裝mpich2，利用mpiexec就可以在主節(jié)點上面多核計算，但是由于天河的任務(wù)管理系統(tǒng)是和他自己的MPI一起的，所以自己安裝，pi貌似沒法教導(dǎo)后臺計算。。。

會不會是mpi的問題呢？

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5樓2011-07-25 08:40:18

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Originally posted by guohuazhong at 2011-07-22 16:49:11:
不是內(nèi)存溢出的問題，siesta并行遇到這種情況，一般都是編譯的問題，因為單核能運行，不是內(nèi)存溢出。

又沒有可能是mpi的問題呢？

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6樓2011-07-25 08:41:42

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2樓: Originally posted by guohuazhong at 2011-07-22 16:29:35:
估計樓主用的ifort11或是更高版本的intel編譯器編譯的程序吧，解決的辦法有兩個，可以參照博客
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應(yīng)該能解決 ...

問題是我用ifort11，和openmpi，然后直接登陸到計算節(jié)點是可以正常計算的啊。

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7樓2011-08-10 12:02:10

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賀儀

鐵桿木蟲 (著名寫手)

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★
uuv2010(金幣+1): 多謝提示 2011-10-10 22:38:06
hnuzhoulin(金幣+5): 關(guān)于切換mpi以及相關(guān)變量的問題，我曾經(jīng)試過，但是還是老問題 2011-10-12 12:31:52

在這里回復(fù)了你
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3416206&pid=1466020&page=2#pid1466020

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嘟啦啦嘟啦啦嘟

8樓2011-10-10 16:45:35

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