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[求助] [新手求教]安裝Gromacs后，查看pdb2gmx命令，顯示無此命令

最近我們實驗室的服務器上新裝上了Gromacs-4.5.4，老外幫我們裝的，但是我們都不會用，小弟不才剛開始學，很多不懂，望指教！

@node13:~> pdb2gmx --help
-bash: pdb2gmx: command not found

PS：我們一直是用Monte Carlo的，基本都是自己編程，最近老板想讓我們學點MD的軟件操作。

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1樓 2011-08-09 13:22:14

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【答案】應助回帖

★ ★
lishuxian(金幣+1): 2011-08-09 14:27:19
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-08-10 21:06:16

應該是環(huán)境變量沒設好吧。
參閱：http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup

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2樓2011-08-09 14:11:55

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引用回帖:

2樓: Originally posted by winterz at 2011-08-09 14:11:55:
應該是環(huán)境變量沒設好吧。
參閱：http://manual.gromacs.org/online/getting_started.html#setup

我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夾下有g_luck，如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC g_confrms g_luck g_rotacf
...
...
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # g_luck
-bash: g_luck: command not found
但是還是不能執(zhí)行，...

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3樓2011-08-09 14:43:38

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winterz

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御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-08-10 21:06:32

引用回帖:

3樓: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 14:43:38:
我查了一下 /usr/local/gromacs-4.5.4/bin 文件夾下有g_luck，如下
node13:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin # ls
GMXRC g_confrms g_luck g_rotacf
...
...
node13:/usr/local/gro ...

如果你的環(huán)境變量中沒有當前目錄，執(zhí)行程序是要把路徑寫上的。

你執(zhí)行一下：
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck

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lishuxian

4樓2011-08-09 15:56:30

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引用回帖:

4樓: Originally posted by winterz at 2011-08-09 15:56:30:
如果你的環(huán)境變量中沒有當前目錄，執(zhí)行程序是要把路徑寫上的。

你執(zhí)行一下：
/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck

謝了，可以了。
@node13:~>/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
gcq#64: "Keep Your Shoes and Socks On, People" (F. Zappa)

但是，我每次要運行都必須加上usr/local/gromacs-4.5.4/bin/[command]才能用，請問有何簡便一點的方法，謝過！

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5樓2011-08-09 23:18:24

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【答案】應助回帖

★ ★ ★
lishuxian(金幣+4): 謝謝你的堅持回答，我打算自己動手重新裝一下GMX，有不懂再向你請教！ 2011-08-10 14:57:55
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-08-10 21:06:44

把那個路徑加入PATH里面。

echo "export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

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6樓2011-08-10 09:47:39

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yongma2008

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★ ★
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-08-16 20:44:55

建議樓主先熟悉一下linux系統(tǒng)操作

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7樓2011-08-15 20:23:56

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5樓: Originally posted by lishuxian at 2011-08-09 23:18:24:
謝了，可以了。
@node13:~>/usr/local/gromacs-4.5.4/bin/g_luck
gcq#64: "Keep Your Shoes and Socks On, People" (F. Zappa)

但是，我每次要運行都必須加上usr/local/gromacs-4.5.4/bin/[co ...

現(xiàn)在我又遇到了一個問題，我現(xiàn)在上傳不了文件到服務器上了，前幾天還可以。我用師兄的賬號可以，就我的不行，不知道怎么回事。
我用的是SSH，后來又在自己的機子上裝了winSCP，試了一下還是不能上傳，說明我的SSH沒有問題，所以我想應該是服務器對我的操作權限做了限制，但是我不會改，求教！
不太明白的是，以前怎么沒問題，現(xiàn)在怎么又不行了，沒有人動服務器呀，郁悶。

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8樓2011-08-16 16:37:46

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dongyue129

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版主好啊，請問你是用MC做哪方面的啊，想向你請教下呢，呵呵。

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9樓2012-02-07 14:18:11

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clinux

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★
月只藍: 金幣+1, 鼓勵交流 2014-05-16 20:12:52

Linux下之間輸入 sudo apt-get install gromacs ，一步到位！不行的話，就自己跟新一下軟件源

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讀博是個坑

10樓2014-05-16 12:58:40

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