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zhuzisummer銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
DMOL3 設(shè)置問題
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| 請教一下呀！亞硝酸甲酯分子具有很弱的對稱性——Cs 對稱性 ，那此分子吸附于Pd111表面也需要設(shè)置對稱性嗎？而文獻(xiàn)中甲醇吸附于Pd111表面不需要設(shè)置對稱性。請教下該怎么設(shè)置好呢？謝謝！ |
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5樓2011-08-21 21:21:41
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6樓2011-08-21 21:23:09
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非常感謝您的幫助！但有個(gè)問題還是不是很清楚，就是關(guān)于您說的“晶體表面的對稱性的設(shè)置要慎重，要清楚是不是發(fā)生了表面重構(gòu)、表面弛豫而破壞了原有的對稱性”，請教一下怎樣知道發(fā)生了表面重構(gòu)、表面弛豫。在MS軟件DOML3模塊中是看symmetry grop; 還是看lattice parameters中l(wèi)attice type,lengths,angles; 還是看優(yōu)化后的構(gòu)型中第5層原子層與第4層原子層的距離，第4層原子層與第3層原子層的距離并與第2層原子層與第1層原子層的距離相比較看看有沒有變化（其中第5第4第3層原子層放開，第2第1層原子層固定）？ 下面是我的做法不只對不對 我在outmol文件中Final Coordinates中找到每層原子的Z軸坐標(biāo)得到各層坐標(biāo)之差 坐標(biāo)差 坐標(biāo)差 坐標(biāo)差 第5層-第4層 2.997 2.30435 2.304552 第4層-第3層 2.997 2.28927 2.289327 第3層-第2層 2.997 2.28925 2.289327 第2層-第1層 2.997 2.30431 2.304551 優(yōu)化前 沒用對稱性優(yōu)化后 用對稱性優(yōu)化后 我用的是5層原子層，下面2層即第2第1層原子層固定，上面3層放開，所得層間距結(jié)果如上表。想問一下是要比較哪組數(shù)據(jù)？是把優(yōu)化后第2層-第1層距離當(dāng)做晶胞層間距還是優(yōu)化前的呢？謝謝  （圖形在附件上，麻煩您幫看看，非常感謝） |
7樓2011-08-22 09:23:59
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