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關(guān)于使用Dmol3進(jìn)行過渡態(tài)搜索的問題！ 已有2人參與
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本人新手 剛接觸Dmol3不久 目前正在做吸附過渡態(tài)的搜索，有幾個問題想請教大家： 1、對于吸附態(tài)軌跡文件的生成，我是把吸附前和吸附后的結(jié)構(gòu)分別進(jìn)行優(yōu)化，然后分別做為反應(yīng)物和生成物進(jìn)行原子match，生成軌跡文件。但是我發(fā)現(xiàn)有一次有一種吸附結(jié)構(gòu)居然不能生成軌跡文件 好像說反應(yīng)物和生成物的晶體參數(shù)不一致。為什么會出現(xiàn)這種情況呢？還有我經(jīng)常要手動進(jìn)行一些原子match，正常嗎？ 2、對于軌跡文件進(jìn)行過渡態(tài)的搜索后，出現(xiàn)錯誤 Unable to bracket maximum from both endpoints Please check endpoints Cumulative number of energy/gradient calls : 17 這個問題我在論壇上搜索過，挺多的 但是回答的大部分是反應(yīng)物和生成物的結(jié)構(gòu)不對 需要調(diào)整�？墒俏业姆磻�(yīng)物和生成物都是優(yōu)化過的，應(yīng)該是穩(wěn)定的還怎么進(jìn)行調(diào)整呢？？ 3、關(guān)于反應(yīng)物和生成物的優(yōu)化，我好像看過有人說過渡態(tài)搜索時(shí)一些參數(shù)設(shè)置最好和優(yōu)化時(shí)的一樣，是這樣嗎？如果我對他們都用Castep進(jìn)行優(yōu)化，然后再到Dmol3進(jìn)行TS搜索可以嗎？如果想較容易的搜索出過渡態(tài)那么參數(shù)應(yīng)該如何設(shè)置比較好呢？ 最后還是關(guān)于這個問題 Unable to bracket maximum from both endpoints Please check endpoints Cumulative number of energy/gradient calls : 17 是不是在參數(shù)設(shè)置上有什么問題呢？ 希望大家可以指點(diǎn)一下�。 不勝感激~~ |
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5樓2011-12-14 20:56:54
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【答案】應(yīng)助回帖
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Unable to bracket maximum from both endpoints，LST/QST的過程是先要在假定的LST路徑（通常是在反應(yīng)物和生成物坐標(biāo)線性插值得到的路徑）上找到極大點(diǎn)，找不到的話程序就會跳出錯誤。按照現(xiàn)在跑出來的結(jié)果看，LZ的反應(yīng)物可能做得有點(diǎn)問題，比生成物高出十幾eV，這個并不合理，構(gòu)型可能沒做過優(yōu)化或者結(jié)構(gòu)本身優(yōu)化的時(shí)候產(chǎn)生了什么問題，但暫時(shí)很難判斷了。 傳統(tǒng)的找過渡態(tài)過程本身是需要技巧和化學(xué)直覺的，并不是隨便扔上兩個結(jié)構(gòu)建立個path程序就能夠自動找出來�，F(xiàn)在雖然是有構(gòu)象搜索的特定算法，不過限制也諸多。 至于找過渡態(tài)，其實(shí)可以細(xì)化成過渡態(tài)搜索和過渡態(tài)精修兩個部分，在能夠猜測得到過渡態(tài)的大致樣子的情況其實(shí)可以直接構(gòu)造模型進(jìn)行約束優(yōu)化算partial Hessian，然后直接進(jìn)行TS opt，TS search不是必要的，當(dāng)然這是需要足夠的經(jīng)驗(yàn)和技巧的。 |
18樓2019-04-02 02:52:46
3樓2011-12-14 15:59:24
2樓2011-12-12 12:04:57
4樓2011-12-14 20:53:57
同期待啊，我有相同問題，lz解決了嗎？ 6樓2011-12-19 20:55:40
wangyoucheng
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7樓2012-03-19 15:13:26
stefsui
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8樓2012-03-19 20:43:58
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
amition: 金幣+5, ★★★很有幫助, 有道理 2012-09-29 15:14:06
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-09-30 18:36:39
amition: 金幣+5, ★★★很有幫助, 有道理 2012-09-29 15:14:06
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-09-30 18:36:39
| 晶格不匹配的提示，說明你反應(yīng)物和生成物基體晶格不相等等，其原因是你先將反應(yīng)物和生成的的結(jié)構(gòu)都優(yōu)化好了，所以導(dǎo)致無法模擬。同是這也是沒有物理意義的，因?yàn)樵谠游降臅r(shí)候，你的表面結(jié)構(gòu)應(yīng)該是反應(yīng)物優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)，在吸附之后，由于吸附的物質(zhì)的作用，表面原子才發(fā)生弛豫，因此，應(yīng)該 先優(yōu)化反應(yīng)物，而后計(jì)算過度態(tài)，最后再優(yōu)化生成物結(jié)構(gòu)。 |
9樓2012-09-29 13:56:33
10樓2012-09-29 15:17:07
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