 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 6170 | 回復(fù): 18 | ||||
[求助]
關(guān)于使用Dmol3進(jìn)行過渡態(tài)搜索的問題！ 已有2人參與
|
||||
|
本人新手 剛接觸Dmol3不久 目前正在做吸附過渡態(tài)的搜索，有幾個(gè)問題想請(qǐng)教大家： 1、對(duì)于吸附態(tài)軌跡文件的生成，我是把吸附前和吸附后的結(jié)構(gòu)分別進(jìn)行優(yōu)化，然后分別做為反應(yīng)物和生成物進(jìn)行原子match，生成軌跡文件。但是我發(fā)現(xiàn)有一次有一種吸附結(jié)構(gòu)居然不能生成軌跡文件 好像說反應(yīng)物和生成物的晶體參數(shù)不一致。為什么會(huì)出現(xiàn)這種情況呢？還有我經(jīng)常要手動(dòng)進(jìn)行一些原子match，正常嗎？ 2、對(duì)于軌跡文件進(jìn)行過渡態(tài)的搜索后，出現(xiàn)錯(cuò)誤 Unable to bracket maximum from both endpoints Please check endpoints Cumulative number of energy/gradient calls : 17 這個(gè)問題我在論壇上搜索過，挺多的 但是回答的大部分是反應(yīng)物和生成物的結(jié)構(gòu)不對(duì) 需要調(diào)整。可是我的反應(yīng)物和生成物都是優(yōu)化過的，應(yīng)該是穩(wěn)定的還怎么進(jìn)行調(diào)整呢？？ 3、關(guān)于反應(yīng)物和生成物的優(yōu)化，我好像看過有人說過渡態(tài)搜索時(shí)一些參數(shù)設(shè)置最好和優(yōu)化時(shí)的一樣，是這樣嗎？如果我對(duì)他們都用Castep進(jìn)行優(yōu)化，然后再到Dmol3進(jìn)行TS搜索可以嗎？如果想較容易的搜索出過渡態(tài)那么參數(shù)應(yīng)該如何設(shè)置比較好呢？ 最后還是關(guān)于這個(gè)問題 Unable to bracket maximum from both endpoints Please check endpoints Cumulative number of energy/gradient calls : 17 是不是在參數(shù)設(shè)置上有什么問題呢？ 希望大家可以指點(diǎn)一下��！~ 不勝感激~~ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級(jí)已過，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
277調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
341求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
328求調(diào)劑，英語六級(jí)551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 關(guān)于dmol3進(jìn)行過渡態(tài)搜索中的energy of barrier
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 懷疑不存在過渡態(tài)的反應(yīng)，DMOL3用LST/QST 過渡態(tài)搜索，得到的結(jié)構(gòu)和產(chǎn)物一樣
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 利用MS里的Dmol模塊搜索過渡態(tài)不收斂
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】MS進(jìn)行過渡態(tài)搜索失敗，請(qǐng)教原因
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】dmol3 過渡態(tài)消虛頻��！
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于Dmol3中消去過渡態(tài)的虛頻�。〖保�！
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】dmol3計(jì)算過渡金屬
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】DMOL3搜索過渡態(tài)計(jì)算失敗——關(guān)于虛頻
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【求助】過渡態(tài)搜索失敗原因？？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于dmol中部分原子固定的幾何優(yōu)化問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】Dmol3和Castep的區(qū)別
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助】DMol3過渡態(tài)搜索的相關(guān)問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
卡開發(fā)發(fā)
專家顧問 (著名寫手)
Ab Initio Amateur
-
專家經(jīng)驗(yàn): +224 - 1ST強(qiáng)帖: 2
- 應(yīng)助: 47 (小學(xué)生)
- 金幣: 3508.8
- 散金: 14
- 紅花: 223
- 帖子: 2477
- 在線: 1254小時(shí)
- 蟲號(hào): 1369423
- 注冊(cè): 2011-08-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬材料的磨損與磨蝕
- 管轄: 第一性原理
【答案】應(yīng)助回帖
|
Unable to bracket maximum from both endpoints，LST/QST的過程是先要在假定的LST路徑（通常是在反應(yīng)物和生成物坐標(biāo)線性插值得到的路徑）上找到極大點(diǎn)，找不到的話程序就會(huì)跳出錯(cuò)誤。按照現(xiàn)在跑出來的結(jié)果看，LZ的反應(yīng)物可能做得有點(diǎn)問題，比生成物高出十幾eV，這個(gè)并不合理，構(gòu)型可能沒做過優(yōu)化或者結(jié)構(gòu)本身優(yōu)化的時(shí)候產(chǎn)生了什么問題，但暫時(shí)很難判斷了。 傳統(tǒng)的找過渡態(tài)過程本身是需要技巧和化學(xué)直覺的，并不是隨便扔上兩個(gè)結(jié)構(gòu)建立個(gè)path程序就能夠自動(dòng)找出來�，F(xiàn)在雖然是有構(gòu)象搜索的特定算法，不過限制也諸多。 至于找過渡態(tài)，其實(shí)可以細(xì)化成過渡態(tài)搜索和過渡態(tài)精修兩個(gè)部分，在能夠猜測(cè)得到過渡態(tài)的大致樣子的情況其實(shí)可以直接構(gòu)造模型進(jìn)行約束優(yōu)化算partial Hessian，然后直接進(jìn)行TS opt，TS search不是必要的，當(dāng)然這是需要足夠的經(jīng)驗(yàn)和技巧的。 |
18樓2019-04-02 02:52:46
3樓2011-12-14 15:59:24
2樓2011-12-12 12:04:57
4樓2011-12-14 20:53:57
5樓2011-12-14 20:56:54
同期待啊，我有相同問題，lz解決了嗎？ 6樓2011-12-19 20:55:40
wangyoucheng
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 305.3
- 散金: 9
- 帖子: 45
- 在線: 76.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 894806
- 注冊(cè): 2009-11-05
- 性別: MM
- 專業(yè): 半導(dǎo)體材料
7樓2012-03-19 15:13:26
stefsui
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
- 金幣: 2252.3
- 散金: 114
- 紅花: 1
- 帖子: 155
- 在線: 472.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 872985
- 注冊(cè): 2009-10-15
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
8樓2012-03-19 20:43:58
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
amition: 金幣+5, ★★★很有幫助, 有道理 2012-09-29 15:14:06
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-09-30 18:36:39
amition: 金幣+5, ★★★很有幫助, 有道理 2012-09-29 15:14:06
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2012-09-30 18:36:39
| 晶格不匹配的提示，說明你反應(yīng)物和生成物基體晶格不相等等，其原因是你先將反應(yīng)物和生成的的結(jié)構(gòu)都優(yōu)化好了，所以導(dǎo)致無法模擬。同是這也是沒有物理意義的，因?yàn)樵谠游降臅r(shí)候，你的表面結(jié)構(gòu)應(yīng)該是反應(yīng)物優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)，在吸附之后，由于吸附的物質(zhì)的作用，表面原子才發(fā)生弛豫，因此，應(yīng)該 先優(yōu)化反應(yīng)物，而后計(jì)算過度態(tài)，最后再優(yōu)化生成物結(jié)構(gòu)。 |
9樓2012-09-29 13:56:33
10樓2012-09-29 15:17:07
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 amition 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | △小透明* 2026-03-17 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +4 | 是Lupa啊 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，總分315，考的生物醫(yī)藥，一志愿湖南師范大學(xué)。調(diào)劑到任何專業(yè)都可以 +4 | 小丁想進(jìn)步 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八旬速覽 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京大學(xué)，080500材料科學(xué)與工程，調(diào)劑 +4 | Jy? 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +7 | 邱gl 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[論文投稿] 有沒有大佬發(fā)小論文能帶我個(gè)二作 +3 | 增銳漏人 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 材料與化工 323 英一+數(shù)二+物化，一志愿：哈工大 本人本科雙一流 +4 | 自由的_飛翔 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | 抓著星星的女孩 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求材料調(diào)劑 085600英一數(shù)二總分302 前三科235 精通機(jī)器學(xué)習(xí) 一志愿哈工大 +4 | 林yaxin 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿211 總分320求調(diào)劑 +5 | 瑪卡巴卡啊哈 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑求收留】 +3 | Ceciilia 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +7 | 綠豆芹菜湯 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +5 | 超級(jí)伊昂大王 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料301分求調(diào)劑 +5 | Liyouyumairs 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|