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ms中導(dǎo)入含幾個氨基酸殘基的文件，用discover做minimization出錯
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下面是輸出文件，貌似是說立場參數(shù)找不到，我應(yīng)該怎么添加立場參數(shù)啊，在哪里添加呢？ --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_discover_MP --------------------------------------------------------------- randomSeed is set to 653317 Line 7:BTCL> autoEcho off --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_compass_MP --------------------------------------------------------------- INPUT FILES ___________ File Type Name --------- ---- Forcefield /home/xmpu208/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/../../share/Discover/res/compass.frc Molecular data 559_412_516.mdf Coordinate 559_412_516.car Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: CD(c)-OE1(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: CD(c)-OE2(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-) invoked from within "minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = 1000.0000000 \ line_search_precision ..." Total time used by DISCOVER: 0.09 secs Completion date: Thu Aug 18 15:41:57 2011 Exiting Discover: An ERROR has occurred! |
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wzbhit
至尊木蟲 (著名寫手)
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2樓2011-08-18 18:26:36
3樓2011-08-18 20:47:26
wzbhit
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4樓2011-08-18 23:31:05
youzhizhe: 祝你好運(yùn)。 2011-08-19 16:40:10
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第一，我自己畫的一個甲烷分子可以用discover模塊進(jìn)行minimization，而且默認(rèn)的也應(yīng)該是COMPASS力場，可以算，結(jié)果正確。第二，我也換力場，但是在進(jìn)行minimization計(jì)算時候沒有涉及到選擇力場的問題，也不知道在哪里換啊，而且我想試一下setup計(jì)算（因?yàn)槔锩婵梢該Q力場），卻保存不了，具體情況在我的下一個求助帖子：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=3498694，唉，這些問題真是難倒我了，身邊就我一個人在用這個軟件，目前是前無古人，不知道后有無來著呢��！希望多指教了 |
5樓2011-08-19 08:45:27
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