 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (1359)
- >考研 (76)
- >導(dǎo)師招生 (68)
- >考博 (58)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (55)
- >基金申請(qǐng) (27)
- >論文投稿 (20)
- >休閑灌水 (14)
- >論文道賀祈福 (9)
- >碩博家園 (8)
- >找工作 (8)
- >招聘信息布告欄 (5)
- >文獻(xiàn)求助 (4)
- >公派出國(guó) (4)
- >博后之家 (2)
- >經(jīng)濟(jì)學(xué) (1)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2080 | 回復(fù): 7 | |||
[求助]
AUTODOCK對(duì)接步驟求助(附圖）
|
|
最近學(xué)習(xí)AUTODOCK軟件的使用，遇到以下幾個(gè)問(wèn)題： 1.大分子和小分子相隔太遠(yuǎn)，所建盒子無(wú)法把兩者都包括到一起。如圖1. 2.完成自動(dòng)對(duì)接前的dpf文件設(shè)置后，進(jìn)行對(duì)接。彈出下圖2，無(wú)法完成對(duì)接。想通過(guò)Browse按鈕進(jìn)行改變，結(jié)果根本找不到相應(yīng)的dpf文件。（包括前幾步在內(nèi),每次設(shè)置好的文件圖標(biāo)都如圖3所示）。 [ Last edited by 可米kemi on 2011-9-5 at 23:08 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子對(duì)接 |
» 猜你喜歡
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
0703化學(xué) 305求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
271材料工程求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
304求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天大材料與化工（085600）總分338
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
求材料調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Run-autodock步驟求助
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 用AutoDock對(duì)接的結(jié)合能較小，可能是什么原因？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 用AutoDock作分子對(duì)接前的小分子能量最小化問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Autodock對(duì)接構(gòu)象有問(wèn)題，請(qǐng)教
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教Autodock結(jié)果分析
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】Autodock分析請(qǐng)教
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步無(wú)法對(duì)接,弄了幾天!
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】autodock計(jì)算的結(jié)果重復(fù)性不好
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】用autodock做對(duì)接，請(qǐng)問(wèn)里面格子大小及其中心的選擇依據(jù)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】急！autodock在windows下怎么進(jìn)行對(duì)接��？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】autodock對(duì)接后小分子被打斷的情況
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】能夠計(jì)算結(jié)合自由能的分子對(duì)接軟件除了autodock還有哪些？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】AUTODOCK的一個(gè)問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
2樓2011-09-06 09:02:59
日月流楓
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 670.5
- 散金: 15
- 帖子: 164
- 在線: 23.3小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 868007
- 注冊(cè): 2009-10-11
- 專業(yè): 細(xì)胞物質(zhì)運(yùn)輸
3樓2011-09-06 09:11:20
PSA
專家顧問(wèn) (著名寫手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.287
- 金幣: 6557.6
- 散金: 1295
- 紅花: 10
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 1157
- 在線: 392.7小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 685572
- 注冊(cè): 2008-12-31
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
- 管轄: 生物醫(yī)藥區(qū)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-07 14:30:08
可米kemi(金幣+5): 這樣，那個(gè)目標(biāo)路徑應(yīng)該在documents and settings還是在python25里呢？謝謝。 2011-09-08 09:27:48
可米kemi(金幣+10): 多謝指導(dǎo)，我按照你說(shuō)的果然有效。然后，第一個(gè)問(wèn)題，我拿事先用GAUSSIAN計(jì)算過(guò)的分子帶進(jìn)去算也解決了。 2011-09-14 08:51:09
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-07 14:30:08
可米kemi(金幣+5): 這樣，那個(gè)目標(biāo)路徑應(yīng)該在documents and settings還是在python25里呢？謝謝。 2011-09-08 09:27:48
可米kemi(金幣+10): 多謝指導(dǎo)，我按照你說(shuō)的果然有效。然后，第一個(gè)問(wèn)題，我拿事先用GAUSSIAN計(jì)算過(guò)的分子帶進(jìn)去算也解決了。 2011-09-14 08:51:09
|
按照我的一點(diǎn)點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)，你的路徑有問(wèn)題，我認(rèn)為。 啟動(dòng)ADT要在目標(biāo)路徑里，而不是通過(guò)快捷方式，而且你所用的受體配體文件等所有準(zhǔn)備文件也要在這個(gè)路徑里的 希望對(duì)你有所提示 |
4樓2011-09-06 16:18:35
5樓2011-09-14 08:58:29
huang0106
木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 19099.2
- 散金: 29
- 紅花: 7
- 帖子: 3577
- 在線: 380.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 642495
- 注冊(cè): 2008-10-31
- 性別: GG
- 專業(yè): 支氣管哮喘
★ ★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-09-15 20:34:24
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-09-15 20:34:31
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-09-15 20:34:33
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-09-15 20:34:40
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-09-15 20:34:24
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-09-15 20:34:31
御劍江湖(金幣+1): 謝謝 2011-09-15 20:34:33
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-09-15 20:34:40
| 你有沒(méi)有先設(shè)定好了BOX的參數(shù)后，先算好map文件，生成了一個(gè)glg文件的再進(jìn)行��？還有，就是在跑autodock時(shí)，最好先在file下preference下修改默認(rèn)的路徑。產(chǎn)生大分子的dpf那些文件的后綴名，記住，一定要手動(dòng)輸入！ |
6樓2011-09-15 18:28:32
7樓2011-09-15 20:58:50
8樓2012-02-25 16:40:43
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 可米kemi 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +8 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 12/600 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿天大材料與化工（085600）總分338 +4 | 蔡大美女 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名 +4 | 脫穎而出 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +5 | 陽(yáng)陽(yáng)哇塞 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級(jí)已過(guò)，有科研經(jīng)歷 +10 | 曦熙兮 2026-03-15 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +4 | 睿08 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | 梁梁校校 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八旬速覽 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3 | yang_0104 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 080500，材料學(xué)碩302分求調(diào)劑學(xué)校 +4 | 初識(shí)可樂(lè) 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[論文投稿]
投稿問(wèn)題
 5+4
|
星光燦爛xt 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考博] 福州大學(xué)楊黃浩課題組招收2026年專業(yè)學(xué)位博士研究生，2026.03.20截止 +3 | Xiangyu_ou 2026-03-12 | 3/150 |
|