 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4104 | 回復(fù): 7 | |||
| 本帖產(chǎn)生 3 個(gè) 模擬EPI ，點(diǎn)擊這里進(jìn)行查看 | |||
realkaka木蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
sybyl中的配體提取和準(zhǔn)備問(wèn)題
|
||
|
本人做藥化合成的，最近想用點(diǎn)設(shè)計(jì)的軟件找點(diǎn)靈感，所以翻遍各大論壇，下軟件，看視頻，讀教程，但是無(wú)奈沒(méi)有人指導(dǎo)，遇到問(wèn)題只能來(lái)求助了。 問(wèn)題比較瑣碎，請(qǐng)高手不吝賜教。 1，我做的靶點(diǎn)是個(gè)蛋白，從PDB下載下來(lái)的文件里，并沒(méi)有真正意義上的配體，只有一些個(gè)天然的小分子底物，占據(jù)了兩個(gè)較明顯的疏水區(qū)域，這樣在用sybyl做Surflex-Dock，Prepare大分子蛋白時(shí)，需要提取一個(gè)底物嗎（其中一個(gè)天然底物小分子占據(jù)了其中一個(gè)疏水區(qū)域，推測(cè)藥物作用的位置在這附近）？還是直接把所有的都刪掉？ 2，第二步生成Protomol時(shí)，該選擇什么模式？如果用Automatic的話(huà)，兩個(gè)疏水區(qū)域都會(huì)被選中，太大了。如果上一步中留下那個(gè)天然底物當(dāng)作“l(fā)igand”，選擇Ligand模式，感覺(jué)又不是很精確。有文獻(xiàn)報(bào)道藥物作用位置在某個(gè)氨基酸附近的疏水區(qū)域，這樣我選擇Residues模式，半徑該怎么定義？ 3，配體的準(zhǔn)備。我從bindingDB下載下來(lái)一些sdf格式的分子庫(kù)，需要選擇什么模式進(jìn)行Prepare？是不是Surflex_for_Searching？還有一個(gè)模式是Docking〉1_Conformation,什么情況下會(huì)用到？我每次用這個(gè)模式都提示錯(cuò)誤，什么Fatal ！No output…… 4，對(duì)于配體的準(zhǔn)備，只需要上面這個(gè)步驟嗎？我看到視頻教程里還有什么動(dòng)力學(xué)什么多少步之類(lèi)的，需要嗎？ 問(wèn)題瑣碎，不要見(jiàn)笑哈。希望有朋友可以指教一下。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦
 計(jì)算各種馬克 |
» 猜你喜歡
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
318求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
求調(diào)劑一志愿海大，0703化學(xué)學(xué)碩304分，有大創(chuàng)項(xiàng)目，四級(jí)已過(guò)
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿武理材料工程348求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
招08考數(shù)學(xué)
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
306求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 轉(zhuǎn)：為分子對(duì)接做準(zhǔn)備
已經(jīng)有13人回復(fù)
realkaka
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 12 (小學(xué)生)
- 金幣: 3701.5
- 散金: 47
- 紅花: 2
- 帖子: 212
- 在線(xiàn): 195.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 584432
- 注冊(cè): 2008-08-01
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 藥物化學(xué)
2樓2011-09-11 20:42:58
icedreamer
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 439.2
- 紅花: 2
- 帖子: 58
- 在線(xiàn): 17.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1275745
- 注冊(cè): 2011-04-24
- 專(zhuān)業(yè): 生物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置頂 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗(yàn) 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗(yàn) 2011-12-03 13:50:46
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝多次詳細(xì)解答！ 2011-12-21 19:06:59
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置頂 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗(yàn) 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗(yàn) 2011-12-03 13:50:46
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝多次詳細(xì)解答！ 2011-12-21 19:06:59
|
我和你做同樣的研究，也是蛋白和小分子對(duì)接..... 1.既然你是用其它小分子配體對(duì)接，那當(dāng)然是要把下載的蛋白里面自帶的小分子給刪除，這樣才能把結(jié)合口袋暴露出來(lái)..... 2.在你已知結(jié)合口袋的情況下，請(qǐng)選擇residue模式，這樣就可以找到你所需要的promotol，radius的話(huà)無(wú)所謂，T值和B值要稍作調(diào)整以得到protomol,以得到最佳的對(duì)接得分..... 3.配體的準(zhǔn)備我都是自己手繪的，基本沒(méi)試用過(guò)ligand preparing，不好回答... 4.動(dòng)力學(xué)模擬MD是同源模建一個(gè)模型后，檢驗(yàn)所建模型的合理性和穩(wěn)定性的步驟，與分子對(duì)接基本無(wú)關(guān).... 只能回答這么多了，希望對(duì)你的實(shí)驗(yàn)有所幫助.....  |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
realkaka3樓2011-09-13 09:13:12
realkaka
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 12 (小學(xué)生)
- 金幣: 3701.5
- 散金: 47
- 紅花: 2
- 帖子: 212
- 在線(xiàn): 195.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 584432
- 注冊(cè): 2008-08-01
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 藥物化學(xué)
4樓2011-09-13 20:07:24
夏天的魚(yú)
木蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2475.1
- 散金: 39
- 紅花: 2
- 帖子: 269
- 在線(xiàn): 106.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 960429
- 注冊(cè): 2010-03-03
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)計(jì)量學(xué)與化學(xué)信息學(xué)
5樓2011-12-01 17:27:55
icedreamer
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 439.2
- 紅花: 2
- 帖子: 58
- 在線(xiàn): 17.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1275745
- 注冊(cè): 2011-04-24
- 專(zhuān)業(yè): 生物化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
realkaka(金幣+5): 2011-12-19 11:47:18
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-12-21 19:05:42
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
realkaka(金幣+5): 2011-12-19 11:47:18
御劍江湖(金幣+3): 謝謝 2011-12-21 19:05:42
|
Threshold, is a factor determing how much the protomol can be buried in the protein. Increasing this number will decrease the volume. Using a very small number will greatly increase the time it takes to generate the protomol. Bloat, canbe used to inflate the protomol and include nearby crevies. 就是這兩個(gè)參數(shù)....  |
6樓2011-12-19 09:06:23
PSA
專(zhuān)家顧問(wèn) (著名寫(xiě)手)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.287
- 金幣: 6557.6
- 散金: 1295
- 紅花: 10
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 1157
- 在線(xiàn): 392.7小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 685572
- 注冊(cè): 2008-12-31
- 專(zhuān)業(yè): 藥物化學(xué)
- 管轄: 生物醫(yī)藥區(qū)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
realkaka(金幣+5): thank you 2011-12-20 09:10:20
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 已經(jīng)在板塊看見(jiàn)PSA回答問(wèn)題，授予EPI表示感情，呵呵 2011-12-21 19:07:35
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
realkaka(金幣+5): thank you 2011-12-20 09:10:20
御劍江湖(金幣+5, 模擬EPI+1): 已經(jīng)在板塊看見(jiàn)PSA回答問(wèn)題，授予EPI表示感情，呵呵 2011-12-21 19:07:35
|
從PDB下載下來(lái)的文件里，并沒(méi)有真正意義上的配體，只有一些個(gè)天然的小分子底物 這個(gè)靶點(diǎn)的共晶結(jié)構(gòu)很少嗎，如果可以的話(huà)你應(yīng)該找個(gè)對(duì)你對(duì)接最有利的PDB code. 請(qǐng)參考并批評(píng)指正： 下載蛋白與配體小分子復(fù)合物（在linux系統(tǒng)下，應(yīng)用sybyl8.0_surflex docking） Step 1: Extract ligand 首先打開(kāi)復(fù)合物的pdb文件，edit/extract/atoms/monomers/substructers/choosing ligand/ok，出現(xiàn)M2： 通過(guò)上述方法配體提取完畢。 將提出的配體按照加氫，能量?jī)?yōu)化，name molecules, save as，這樣得到我們用來(lái)進(jìn)行對(duì)接的配體小分子lig_extract.mol2 通過(guò)這種方式來(lái)驗(yàn)證一下對(duì)接的可靠性。 Step 2: Preparation protein 首先edit/delete/substructures(比如，水分子，以及不需要的雜原子等)，接下來(lái)是Biopolymer/prepare structure/structure preparation tool/analyze selected structure/add hydrogen, add charges(kollman uni, ligand(none), water無(wú))，然后先name molecule, 再save as 通過(guò)上述方法蛋白準(zhǔn)備完畢。 Step 3: Surflex_docking Applications/docking suite/dock ligands/define(第一次同樣的東西，先自定義)，目的是讀入上步準(zhǔn)備的蛋白，然后定義活性位點(diǎn)有三種方式，像有配體小分子的可以選擇ligand, 然后讀入提取的配體小分子，Generate/ok，接下來(lái)讀入配體分子，可以將多個(gè)分子之前讀進(jìn)來(lái)，用mol areas選近來(lái)，這樣就可以進(jìn)行對(duì)接了。 可以將結(jié)果存成PDB,用pymol顯示結(jié)果 Step 4: Show hydrogen bond View/display H-Bonds/dynamics View/undisplay atom/atoms/monomers/choose aa with H-bond/invert View/display style/label/substructure/atoms/monomers(選中aa殘基) 祝你好運(yùn) |
7樓2011-12-19 16:25:40
秦艽木瓜
新蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 190.2
- 帖子: 51
- 在線(xiàn): 8.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 5941472
- 注冊(cè): 2017-03-12
- 專(zhuān)業(yè): 中藥資源
8樓2018-09-27 14:57:56
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 realkaka 的主題更新
| 8 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
+5
|
2117205181 2026-03-21 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿海大，0703化學(xué)學(xué)碩304分，有大創(chuàng)項(xiàng)目，四級(jí)已過(guò) +3 | 幸運(yùn)哩哩 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑 +4 | zxts12 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué)材料工程專(zhuān)業(yè) 282分求調(diào)劑 +10 | 楓橋ZL 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 求助 +5 | 夢(mèng)里的無(wú)言 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +9 | 煙火先于春 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 勇敢的小吳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +9 | 簡(jiǎn)單點(diǎn)0 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085601調(diào)劑 358分 +3 | zzzzggh 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | Jack?k?y 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 司空. 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +5 | 申子申申 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10 | llllkkkhh 2026-03-18 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +5 | pupcoco 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +3 | 妮妮ninicgb 2026-03-17 | 3/150 |
|