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[求助]
sybyl中的配體提取和準備問題
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本人做藥化合成的，最近想用點設(shè)計的軟件找點靈感，所以翻遍各大論壇，下軟件，看視頻，讀教程，但是無奈沒有人指導(dǎo)，遇到問題只能來求助了。 問題比較瑣碎，請高手不吝賜教。 1，我做的靶點是個蛋白，從PDB下載下來的文件里，并沒有真正意義上的配體，只有一些個天然的小分子底物，占據(jù)了兩個較明顯的疏水區(qū)域，這樣在用sybyl做Surflex-Dock，Prepare大分子蛋白時，需要提取一個底物嗎（其中一個天然底物小分子占據(jù)了其中一個疏水區(qū)域，推測藥物作用的位置在這附近）？還是直接把所有的都刪掉？ 2，第二步生成Protomol時，該選擇什么模式？如果用Automatic的話，兩個疏水區(qū)域都會被選中，太大了。如果上一步中留下那個天然底物當作“l(fā)igand”，選擇Ligand模式，感覺又不是很精確。有文獻報道藥物作用位置在某個氨基酸附近的疏水區(qū)域，這樣我選擇Residues模式，半徑該怎么定義？ 3，配體的準備。我從bindingDB下載下來一些sdf格式的分子庫，需要選擇什么模式進行Prepare？是不是Surflex_for_Searching？還有一個模式是Docking〉1_Conformation,什么情況下會用到？我每次用這個模式都提示錯誤，什么Fatal ！No output…… 4，對于配體的準備，只需要上面這個步驟嗎？我看到視頻教程里還有什么動力學(xué)什么多少步之類的，需要嗎？ 問題瑣碎，不要見笑哈。希望有朋友可以指教一下。 |
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- 轉(zhuǎn)：為分子對接做準備
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送鮮花一朵 
4樓2011-09-13 20:07:24
2樓2011-09-11 20:42:58
icedreamer
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【答案】應(yīng)助回帖
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ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置頂 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗 2011-12-03 13:50:46
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝多次詳細解答！ 2011-12-21 19:06:59
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-09-13 18:12:36
jiaoyixiong: 回帖置頂 2011-12-03 13:50:09
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗 2011-12-03 13:50:43
jiaoyixiong(金幣+5): 感謝提供經(jīng)驗 2011-12-03 13:50:46
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝多次詳細解答！ 2011-12-21 19:06:59
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我和你做同樣的研究，也是蛋白和小分子對接..... 1.既然你是用其它小分子配體對接，那當然是要把下載的蛋白里面自帶的小分子給刪除，這樣才能把結(jié)合口袋暴露出來..... 2.在你已知結(jié)合口袋的情況下，請選擇residue模式，這樣就可以找到你所需要的promotol，radius的話無所謂，T值和B值要稍作調(diào)整以得到protomol,以得到最佳的對接得分..... 3.配體的準備我都是自己手繪的，基本沒試用過ligand preparing，不好回答... 4.動力學(xué)模擬MD是同源模建一個模型后，檢驗所建模型的合理性和穩(wěn)定性的步驟，與分子對接基本無關(guān).... 只能回答這么多了，希望對你的實驗有所幫助.....  |
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3樓2011-09-13 09:13:12
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5樓2011-12-01 17:27:55
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