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cenwanglai(金幣+5): 2011-09-15 11:18:10
cenwanglai(模擬EPI+1): 2011-09-15 11:18:27
shengxiang(金幣+8): 2011-09-17 21:55:57
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖
cenwanglai(金幣+5): 2011-09-15 11:18:10
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shengxiang(金幣+8): 2011-09-17 21:55:57
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不同意樓上的說法。簡單說，分子動力學(xué)是一種基于統(tǒng)計熱力學(xué)的分子模擬的采樣方法；任何一種模擬方法都需要計算能量，而分子力學(xué)則是計算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是彈簧連成的小球；基于分子力學(xué)的模擬叫經(jīng)典分子模擬。你還可以用量子力學(xué)計算能量去跑動力學(xué)，那叫量子分子動力學(xué)模擬。量子力學(xué)的核心思想是把分子看成是由電子云連接起來的原子核。所以量子力學(xué)又叫電子結(jié)構(gòu)計算。 那你會問，采樣和計算能量的區(qū)別：采樣就像你要去另外一個城市，這是目的；而計算能量的不同方法好比你坐汽車或坐飛機。 為什么要采樣呢？采樣，Sampling，是研究材料性質(zhì)，或一種變化過程的方法，它基于這樣一種想法，即物質(zhì)呈現(xiàn)的宏觀性質(zhì)，是由許多微觀狀態(tài)決定的；不同的微觀狀態(tài)，有不同的體積，能量，壓強等性質(zhì)；體系，即分子原子的集合，在不同的狀態(tài)（位置）之間來回快速切換；實驗測量的體積，密度等性質(zhì)，其實是所有這些微觀狀態(tài)的平均值。只要你能模擬到許多微觀狀態(tài)，你就能通過求平均獲得宏觀的測量值，去和實驗值比較。這其實是平衡態(tài)統(tǒng)計熱力學(xué)的核心思想。此外還有非平衡態(tài)的統(tǒng)計熱力學(xué)。核心思想都一樣：采樣！即盡可能找到那些最可能出現(xiàn)的微觀狀態(tài)，然后統(tǒng)計求平均。 怎么采？你搭了一個盒子，一個初始構(gòu)象，怎么驅(qū)動原子分子在設(shè)定的外界條件比如溫度，壓力下訪問一些可能的狀態(tài)？這主要有2種方法：MD,或MC。MD,動力學(xué)，按照牛頓老人家的說法，原子分子也就是些球球，它們在力的作用下會運動，那好，我計算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，讓它自動去跑，這叫模仿自然演進。l另外一種采樣方法，MC，蒙特卡洛，是隨機動力學(xué)方法，不考慮受力，原子的移動是隨機的，至于移動的合理不合理，那由下一步的能量決定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根據(jù)能量高多少來決定接受的概率。由此可見，MD和MC同屬于采樣方法，但核心思想有較大差別。它們唯一的共同點是，需要計算每一步的能量。（分子動力學(xué)MD中計算力，而原子受力是體系能量對原子坐標(biāo)的一階導(dǎo)。記住這句話。） 正如上面所說，計算能量可以用分子力學(xué)，也可以用量子力學(xué)。注意，用量子力學(xué)不等于考慮了原子的量子效應(yīng)。因為分子動力學(xué)本質(zhì)上是依照牛頓經(jīng)典力學(xué)方法，所以，所謂量子分子動力學(xué)，其模擬結(jié)果也是在經(jīng)典力學(xué)極限下的模擬�！傲孔恿W(xué)”中的“量子”，只處理電子的量子效應(yīng)，與原子，分子的量子效應(yīng)沒有一毛錢的關(guān)系。 |
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shengxiang3樓2011-09-15 04:50:59
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御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-09-15 20:35:54
御劍江湖(金幣+5): 謝謝 2011-09-15 20:35:54
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不同意樓上的說法。簡單說，分子動力學(xué)是一種基于統(tǒng)計熱力學(xué)的分子模擬的采樣方法；任何一種模擬方法都需要計算能量，而分子力學(xué)則是計算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是彈簧連成的小球；基于分子力學(xué)的模擬叫經(jīng)典分子模擬。你還可以用量子力學(xué)計算能量去跑動力學(xué)，那叫量子分子動力學(xué)模擬。量子力學(xué)的核心思想是把分子看成是由電子云連接起來的原子核。所以量子力學(xué)又叫電子結(jié)構(gòu)計算。 那你會問，采樣和計算能量的區(qū)別：采樣就像你要去另外一個城市，這是目的；而計算能量的不同方法好比你坐汽車或坐飛機。 為什么要采樣呢？采樣，Sampling，是研究材料性質(zhì)，或一種變化過程的方法，它基于這樣一種想法，即物質(zhì)呈現(xiàn)的宏觀性質(zhì)，是由許多微觀狀態(tài)決定的；不同的微觀狀態(tài)，有不同的體積，能量，壓強等性質(zhì)；體系，即分子原子的集合，在不同的狀態(tài)（位置）之間來回快速切換；實驗測量的體積，密度等性質(zhì)，其實是所有這些微觀狀態(tài)的平均值。只要你能模擬到許多微觀狀態(tài)，你就能通過求平均獲得宏觀的測量值，去和實驗值比較。這其實是平衡態(tài)統(tǒng)計熱力學(xué)的核心思想。此外還有非平衡態(tài)的統(tǒng)計熱力學(xué)。核心思想都一樣：采樣！即盡可能找到那些最可能出現(xiàn)的微觀狀態(tài)，然后統(tǒng)計求平均。 怎么采？你搭了一個盒子，一個初始構(gòu)象，怎么驅(qū)動原子分子在設(shè)定的外界條件比如溫度，壓力下訪問一些可能的狀態(tài)？這主要有2種方法：MD,或MC。MD,動力學(xué)，按照牛頓老人家的說法，原子分子也就是些球球，它們在力的作用下會運動，那好，我計算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，讓它自動去跑，這叫模仿自然演進。l另外一種采樣方法，MC，蒙特卡洛，是隨機動力學(xué)方法，不考慮受力，原子的移動是隨機的，至于移動的合理不合理，那由下一步的能量決定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根據(jù)能量高多少來決定接受的概率。由此可見，MD和MC同屬于采樣方法，但核心思想有較大差別。它們唯一的共同點是，需要計算每一步的能量。（分子動力學(xué)MD中計算力，而原子受力是體系能量對原子坐標(biāo)的一階導(dǎo)。記住這句話。） 正如上面所說，計算能量可以用分子力學(xué)，也可以用量子力學(xué)。注意，用量子力學(xué)不等于考慮了原子的量子效應(yīng)。因為分子動力學(xué)本質(zhì)上是依照牛頓經(jīng)典力學(xué)方法，所以，所謂量子分子動力學(xué)，其模擬結(jié)果也是在經(jīng)典力學(xué)極限下的模擬�！傲孔恿W(xué)”中的“量子”，只處理電子的量子效應(yīng)，與原子，分子的量子效應(yīng)沒有一毛錢的關(guān)系。 |
4樓2011-09-15 04:51:28
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網(wǎng)上有人如下解釋二者的區(qū)別， 分子動力學(xué)模擬(Molecular dynamics simulation)簡稱為MD模擬，其基本模擬過程是在一定系綜及已知分子位能函數(shù)的條件下，從計算分子間作用力著手，求解牛頓運動方程，得到體系中每個分子微觀狀態(tài)隨時間的真正變化，再將粒子的位置和動量組成的微觀狀態(tài)對時間平均，即可求出體系的壓力、能量、粘度等宏觀性質(zhì)以及組成粒子的空間分布等微觀結(jié)構(gòu)。該方法既可計算體系的平衡性質(zhì)，也可計算體系的各種動力學(xué)性質(zhì)。 分子力學(xué)是用計算機在原子水平上模擬給定分子模型的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)，進而得到分子的各種物理性質(zhì)與化學(xué)性質(zhì)，如結(jié)構(gòu)參數(shù)、振動頻率、構(gòu)象能量、相互作用能量、偶極矩、密度、摩爾體積、汽化焓等。用于復(fù)雜體系的計算，F(xiàn)orce Field (力場)： Amber CHARMM OPLS UFF 這段話你怎么理解？是否正確？ |
6樓2011-09-15 21:16:52
10樓2012-02-16 23:10:36
2樓2011-09-14 17:46:58
5樓2011-09-15 13:43:10
7樓2011-09-15 23:22:17
8樓2011-09-16 01:01:29
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shengxiang(金幣+1): 2011-09-17 21:56:11
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shengxiang(金幣+1): 2011-09-17 21:56:11
 本帖僅樓主可見 |
9樓2011-09-16 15:31:47
11樓2012-04-30 10:40:43
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12樓2012-05-27 22:27:59
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13樓2012-05-27 22:55:53
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14樓2012-05-28 21:10:18
15樓2014-12-21 14:17:37
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