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shabeir

金蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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在線: 80.7小時(shí)
蟲號(hào): 281278
注冊(cè): 2006-09-23
專業(yè): 生物物理化學(xué)

[求助] 關(guān)于ABF PMF計(jì)算結(jié)果

不知為什么我用ABF算了幾個(gè)體系的PMF，可是計(jì)算結(jié)果都是沿著反應(yīng)路徑一直增加的趨勢(shì)，
我覺得不應(yīng)該是這樣的，難道我設(shè)置有問題嗎？請(qǐng)大家?guī)臀铱纯础?br />
colvars             on
colvarsConfig       COMDistance.in

下面是COMDistance.in內(nèi)容：
Colvarstrajfrequency 2000
Colvarsrestartfrequency 20000

colvar {
name COMDistance
width 0.1

lowerboundary 0.0
upperboundary 3.0
lowerwallconstant 10.0
upperwallconstant 10.0

distance {
group1 {
   atomnumbers { 47505 47507 47509 }
         }
group2 {
   atomnumbers { 3850 19684 35520 }
         }
      }
   }

abf {
colvars COMDistance
fullSamples 1000
hideJacobian
}

計(jì)算結(jié)果：

回復(fù)此樓

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1樓 2011-09-16 16:36:01

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紅顏不美

金蟲 (正式寫手)

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專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

想問您一下您這個(gè)pmf怎么解決的 pmf值是不是代表自由能？

贊一下

回復(fù)此樓

計(jì)算模擬biubiu

2樓2015-06-24 17:47:06

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