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1樓 2011-09-19 16:20:56

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另一個(gè)天堂

金蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
dhd997(金幣+2): good 2011-09-19 18:00:20
bevan09(金幣+2): 2011-09-19 18:25:46

2。有專門的序列對(duì)比軟件
3.我做測(cè)序，一般是進(jìn)行品種（我做的事食用菌）驗(yàn)證

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2樓2011-09-19 17:25:13

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gaoyang636

木蟲 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★
bevan09(金幣+3): 2011-09-19 18:25:32
1949stone(金幣+1): 鼓勵(lì) 同意觀點(diǎn) 2011-09-19 19:45:50

1 這個(gè)是看你測(cè)序的引物，如果用載體通用引物測(cè)序，是包含一段載體序列的，比對(duì)之前要先去載體；
2 看你的目的，如果是鑒定菌種，上NCBI Blast就行；
3 ……反了吧，應(yīng)該你先有個(gè)目的，再來做實(shí)驗(yàn)～

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3樓2011-09-19 18:01:33

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bevan09

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bevan09

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5樓2011-09-19 18:24:13

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xyj114114

木蟲 (著名寫手)

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dhd997(金幣+3): good 2011-09-20 08:04:25

1.如果你送的樣使轉(zhuǎn)化帶載體的，結(jié)果會(huì)帶載體序列；
2.比對(duì)可以用Blast軟件;
3.用來分析待測(cè)菌株的系統(tǒng)發(fā)育地位

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bevan09

6樓2011-09-19 22:02:14

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frankerry

銀蟲 (小有名氣)

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dhd997(金幣+3): good 2011-09-20 17:24:52
bevan09(金幣+2): 2011-09-24 16:31:17

我正在做PCR，接下來就要給公司測(cè)序了。我想問的是：
1. 得到的16S rDNA序列包不包括載體序列？-------16S序列前段和后端大約60-100bp由于引物等原因在現(xiàn)有技術(shù)下測(cè)序結(jié)果不是很可靠，所以一般都會(huì)截取不用。公司給你兩端測(cè)通之后進(jìn)行拼接得到大約1500bp的序列可用。
2. 序列有了之后，如何進(jìn)行序列的比對(duì)？--提交序列到NCBI，用在線blast比對(duì)與已提交序列相似性。具體方法很多蟲子有詳細(xì)步驟可以參考一下
3. 做完序列比對(duì)和系統(tǒng)進(jìn)化分析后，可以用來干嘛？----可以知道你的菌株可能屬于哪個(gè)菌屬（根據(jù)相似性，一般來說細(xì)菌>=97%可認(rèn)為其為同一菌屬）

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7樓2011-09-20 08:42:55

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bevan09

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8樓2011-09-24 16:31:54

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bevan09

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9樓2011-09-24 16:33:26

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林林的小蟲

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 污染物行為過程及其環(huán)境效

引用回帖:

4樓: Originally posted by bevan09 at 2011-09-19 18:21:30
我做的是厭氧氨氧化細(xì)菌的菌種鑒定及其定量。是幫一個(gè)老師做的，她讓我將一系列的過程整理出來，這樣思路比較清晰。我要做菌種的鑒定，就是要通過測(cè)序來的吧？...

呀，那請(qǐng)問：厭氧氨氧化細(xì)菌克隆所用載體和引物都是什么呢？不同細(xì)菌所用載體不同吧，是以其pb數(shù)區(qū)別么？【謝謝~】

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天天向上

10樓2013-07-14 16:49:27

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