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[求助]
vasp并行出錯(cuò)，急于求助�。。�
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我在進(jìn)行vasp的ENCUT值驗(yàn)證時(shí)，調(diào)用了一個(gè)并行的腳本，但是我對腳本是一無所知，運(yùn)行后幾秒就出現(xiàn)了以下的報(bào)錯(cuò)信息，麻煩各位幫忙看看問題是在什么地方？ running /opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich on 16 LINUX ch_p4 processors Created /home/liaoy271/vasp/ENCUT/ENCUT-PBE/PI14610 Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. 運(yùn)行的腳本內(nèi)容如下： #!/bin/sh -f #PBS -N test #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -o stdout.inf #PBS -e stderr.inf #PBS -j oe #PBS -q workq EXEC=/opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich MPI_HOME=/opt/mpich NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo ">>StartRunning " `date` cd ${PBS_O_WORKDIR} echo Runing on host `hostname` echo Starting Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This jobs runs on the following processors: echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes ## 512 MB export P4_GLOBMEMSIZE=536870912 ######### User Parallel Program ########### $MPI_HOME/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $EXEC > out ########################################### echo ">>StopRunning " `date` 請大家?guī)兔纯词遣皇悄_本的問題？？謝謝謝謝，著急找原因的小蟲~~~· |
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沒有現(xiàn)成的INCAR文件，在進(jìn)行這個(gè)參數(shù)的驗(yàn)證時(shí)，INCAR文件是用一下的一個(gè).SH文件代替的： #!/bin/bash rm WAVECAR for i in 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550 600 do cat > INCAR < SYSTEM = bcc Fe ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time /opt/vasp/bin/vasp-intel E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}') echo $i $E >> comment done 然后運(yùn)行腳本之后就會(huì)自動(dòng)產(chǎn)生INCAR文件，這個(gè)報(bào)錯(cuò)的時(shí)候，INCAR文件還沒產(chǎn)生…… |
7樓2011-09-24 16:17:32
3樓2011-09-24 16:12:34
uuv2010
榮譽(yù)版主 (職業(yè)作家)
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4樓2011-09-24 16:15:19
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還想麻煩您幫我看看下面的這個(gè)腳本和問題中用的那個(gè)腳本有什么區(qū)別，我覺得好像都是vasp并行計(jì)算時(shí)用到的腳本，但是還不清楚分別是什么情況下使用的： #!/bin/sh -f #PBS -N Q8-opt #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -o stdout.inf #PBS -e stderr.inf #PBS -q workq NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo ">>StartRunning " `date` cd ${PBS_O_WORKDIR} echo Runing on host `hostname` echo Starting Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This jobs runs on the following processors: echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /opt/vasp/bin/vasp-intel.mpich > out echo ">>StopRunning " `date` |
5樓2011-09-24 16:15:30
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