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[求助]
autodock中溶劑化效應(yīng)及對(duì)接后的數(shù)據(jù)處理
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請(qǐng)問(wèn)autodock能進(jìn)行溶劑化效應(yīng)計(jì)算嗎？如果不能，是要在對(duì)接前還是對(duì)接后考慮溶劑化效應(yīng)呢？ 另外，對(duì)接完成后，cluster show中，存在最多的不是最低能量的那簇，我該選擇構(gòu)象最多的還是能量最低的？選擇完成后，binding energy等如下圖，與最終想得到的結(jié)合自由能G有什么關(guān)系，要如何轉(zhuǎn)化計(jì)算？ 這些問(wèn)題困擾多時(shí)，無(wú)法解決，希望幫忙解決下～～～不甚感激…… [ Last edited by suyrain on 2011-9-26 at 21:42 ] |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-28 09:38:59
suyrain(金幣+10): 多謝�。�！那請(qǐng)問(wèn)溶劑化效應(yīng)參數(shù)要如何設(shè)置啊？我的是甲醇水溶液。計(jì)算自由能的公式是什么�。� 2011-10-04 23:40:00
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-28 09:38:59
suyrain(金幣+10): 多謝�。�！那請(qǐng)問(wèn)溶劑化效應(yīng)參數(shù)要如何設(shè)置啊？我的是甲醇水溶液。計(jì)算自由能的公式是什么�。� 2011-10-04 23:40:00
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顯然能啊，不能算溶劑化效應(yīng)的打分，還能叫打分嗎？desolv那一項(xiàng)就是的。 能量最低的對(duì)接構(gòu)象，和聚類(lèi)最大的最低能量構(gòu)象，你都可以用眼睛看一看。以經(jīng)驗(yàn)來(lái)講，后者靠譜性大一些。 你這個(gè)能量才個(gè)位數(shù)嗎，太弱了吧。。對(duì)接能量算的是焓變，如果要換成自由能，需要考慮熵變，一般就略去了。 |
2樓2011-09-27 16:34:46
3樓2011-10-05 11:16:13
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