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[求助]
autodock中溶劑化效應及對接后的數(shù)據(jù)處理
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請問autodock能進行溶劑化效應計算嗎？如果不能，是要在對接前還是對接后考慮溶劑化效應呢？ 另外，對接完成后，cluster show中，存在最多的不是最低能量的那簇，我該選擇構(gòu)象最多的還是能量最低的？選擇完成后，binding energy等如下圖，與最終想得到的結(jié)合自由能G有什么關系，要如何轉(zhuǎn)化計算？ 這些問題困擾多時，無法解決，希望幫忙解決下～～～不甚感激…… [ Last edited by suyrain on 2011-9-26 at 21:42 ] |
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3樓2011-10-05 11:16:13
【答案】應助回帖
★ ★ ★
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-28 09:38:59
suyrain(金幣+10): 多謝啊��！那請問溶劑化效應參數(shù)要如何設置啊？我的是甲醇水溶液。計算自由能的公式是什么啊？ 2011-10-04 23:40:00
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-28 09:38:59
suyrain(金幣+10): 多謝啊��！那請問溶劑化效應參數(shù)要如何設置啊？我的是甲醇水溶液。計算自由能的公式是什么啊？ 2011-10-04 23:40:00
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顯然能啊，不能算溶劑化效應的打分，還能叫打分嗎？desolv那一項就是的。 能量最低的對接構(gòu)象，和聚類最大的最低能量構(gòu)象，你都可以用眼睛看一看。以經(jīng)驗來講，后者靠譜性大一些。 你這個能量才個位數(shù)嗎，太弱了吧。。對接能量算的是焓變，如果要換成自由能，需要考慮熵變，一般就略去了。 |
2樓2011-09-27 16:34:46
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