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helitrope新蟲 (小有名氣)
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[交流]
用autodock計(jì)算結(jié)合能（結(jié)合oniom方法） 已有1人參與
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大家好，autodock方法可以對對接的結(jié)果進(jìn)行打分。 但是如果我有一個配體，我已經(jīng)知道這個配體結(jié)合在蛋白上的準(zhǔn)確結(jié)構(gòu)（oniom方法），現(xiàn)在我只想計(jì)算這個準(zhǔn)確結(jié)構(gòu)用autodock打分是多少？請問可不可以實(shí)現(xiàn)這種想法？ 還有就是：請問哪一種對接軟件打分最準(zhǔn)確？因?yàn)槲夷軌蚯蟮门潴w分子的準(zhǔn)確構(gòu)型，只想計(jì)算這個結(jié)構(gòu)結(jié)合上以后的結(jié)合能的大小. 不好意思，我不準(zhǔn)備用oniom中的能量來比較結(jié)合能的大小。 |
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ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-28 09:38:27
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ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-09-28 09:38:27
| 對接軟件的打分都不是很準(zhǔn)確，是個參考值。不了解oniom，如果它計(jì)算的結(jié)合結(jié)構(gòu)是準(zhǔn)確的，那它的能量應(yīng)該更靠譜才對呀。不過我的想法是，計(jì)算方法很難講結(jié)果是準(zhǔn)確的。如果你需要autodock打分，不妨跑個對接，也是個參考。如果跟oniom的結(jié)構(gòu)很接近，你的目標(biāo)就實(shí)現(xiàn)了；如果對接之后小分子跑掉了，你正好可以檢查一下oniom的計(jì)算。 |
2樓2011-09-27 16:28:01
helitrope
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3樓2011-09-27 21:05:15
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