 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1833 | 回復(fù): 5 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
lsc84鐵桿木蟲 (著名寫手)
|
[求助]
ORCA計算得到gbw文件后，怎么作自旋密度圖？
|
|||
|
大家好！ 我用ORCA計算得到了gbw文件，現(xiàn)在需要用molekel4.3作自旋密度圖。如果使用orca_plot MyGBWFile.gbw -i命令只能作分子軌道圖，沒有其他的備選項了。如果在計算的輸入文件中輸入 %plots Format Cube MO("abc.cube",4,0) ; end 可以正常計算，并可以得到一個分子軌道的Gaussian_cube文件。 相應(yīng)地在輸入文件中輸入 %plots Format Gaussian_Cube SpinDens(“Cu2-SpinDens”) ; end 出現(xiàn)的結(jié)果是 Done building standard basis LEAVING ORCA 小弟嘗試了很多次，也不能正常計算。 請高手幫忙看看是怎么回事？ 非常感謝！ 如果采用簡便輸入orca_plot gbw-file plot-inputfile，plot-inputfile文件該怎么編寫，我按說明書上的%plots關(guān)鍵字輸入也不行。期待高手的解答！非常感謝！ 我想要作的自旋密度圖如圖所示： |
回復(fù)此樓» 本帖@通知
» 猜你喜歡
汕頭大學(xué)化學(xué)招調(diào)劑，相關(guān)內(nèi)容如下。
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
大灣區(qū)大學(xué)（籌）劉天輝課題組招收博士生（與中山大學(xué)物理學(xué)院聯(lián)合培養(yǎng)）
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有185人回復(fù)
-
PbS量子點如何確定濃度
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
大灣區(qū)大學(xué)劉天輝課題組招收2026級博士生（與中山大學(xué)物理學(xué)院聯(lián)合培養(yǎng)）
已經(jīng)有22人回復(fù)
-
PbS量子點紫外吸收
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
比利時魯汶大學(xué)與國家留學(xué)基金委共同資助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
七嗪類物質(zhì)合成求助
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
半透性容器進行高濕或者低濕研究
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
倫敦大學(xué)學(xué)院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光譜、催化相關(guān)26年博士生
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
中國科學(xué)院成都山地災(zāi)害與環(huán)境研究所2026年特別研究助理（博士后）招聘啟事
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 【求助】關(guān)于BOC保護胺基的反應(yīng)后處理問題！�。�
已經(jīng)有10人回復(fù)
- VASP計算論文一篇（含response，支持信息和正文修改痕跡）(校稿已經(jīng)上傳)
已經(jīng)有48人回復(fù)
- 各位做碳納米管的朋友們，你們覺得這個方向怎么樣？文章好發(fā)么
已經(jīng)有28人回復(fù)
- 異丁酰氯和纈氨酸反應(yīng)得到羧酸（產(chǎn)物1），如何將產(chǎn)物1的羧基再酰氯化？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- origin計算曲線面積-表面輪廓數(shù)據(jù)處理
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 計算旋轉(zhuǎn)能壘用勢能面掃描之后還用找過渡態(tài)嗎？我是新手，希望大家給與幫助。[/font]
已經(jīng)有3人回復(fù)
- CASTEP幾何優(yōu)化，進行了analysis的帶結(jié)構(gòu)和態(tài)密度分析，那么我應(yīng)從哪獲得結(jié)論信息？？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- Materials studio 計算單點能
已經(jīng)有9人回復(fù)
- fluent中的體熱源加載問題（實際上是熱流密度，不是熱生成率）
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【文獻學(xué)習(xí)】Li,Na摻雜ZnO空穴的雜化密度泛函計算(PRB，2009)
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 關(guān)于自旋向上和向下態(tài)密度畫在一起 origin怎么作圖
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】怪事！自旋極化計算得到的態(tài)密度圖Spin up和Spin down完全一樣
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】請教使用orca計算出的這個自旋密度圖是怎么畫的？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】怎樣用高斯計算自旋密度
已經(jīng)有15人回復(fù)
- 【求助】自旋密度圖
已經(jīng)有8人回復(fù)
lsc84
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 6280.5
- 散金: 511
- 紅花: 5
- 帖子: 2969
- 在線: 386小時
- 蟲號: 646907
- 注冊: 2008-11-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 物理無機化學(xué)
3樓2011-10-01 10:03:20
beefly
專家顧問 (職業(yè)作家)
地溝油冶煉專家
-
專家經(jīng)驗: +458 - QC強帖: 12
- 應(yīng)助: 88 (初中生)
- 金幣: 13022.2
- 散金: 27307
- 紅花: 300
- 帖子: 4673
- 在線: 927.1小時
- 蟲號: 408372
- 注冊: 2007-06-21
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 計算模擬
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng(金幣+4): 謝謝應(yīng)助，今后注意點應(yīng)助回帖哦。應(yīng)樓主要求獎勵5金幣。1個稅收 2011-10-02 00:32:32
ben_ladeng(金幣+4): 節(jié)日應(yīng)助，獎勵加倍。專家考核存檔 2011-10-02 00:33:11
ben_ladeng(金幣+4): 謝謝應(yīng)助，今后注意點應(yīng)助回帖哦。應(yīng)樓主要求獎勵5金幣。1個稅收 2011-10-02 00:32:32
ben_ladeng(金幣+4): 節(jié)日應(yīng)助，獎勵加倍。專家考核存檔 2011-10-02 00:33:11
|
原則上，可以先產(chǎn)生molden格式的文件，然后用gabedit打開，顯示自旋密度。 但是，orca的molden文件有些問題，基組部分的收縮因子都乘上了的高斯指數(shù)，對這個bug作者堅決不改，不知道目的是什么。個人認(rèn)為還是應(yīng)該改為正常的基組。從https://bse.pnl.gov/bse/portal 找到gaussian格式的基組，復(fù)制到molden文件，并做適當(dāng)?shù)呐虐妗? |
4樓2011-10-01 22:53:32
lsc84
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 6280.5
- 散金: 511
- 紅花: 5
- 帖子: 2969
- 在線: 386小時
- 蟲號: 646907
- 注冊: 2008-11-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 物理無機化學(xué)
★ ★ ★ ★ ★
ben_ladeng(金幣-5): 扣除5個金幣獎勵。您只需要發(fā)放15個金幣。剩余的5個可以請斑竹退還。謝謝理解 2011-10-02 00:35:08
ben_ladeng(金幣-5): 扣除5個金幣獎勵。您只需要發(fā)放15個金幣。剩余的5個可以請斑竹退還。謝謝理解 2011-10-02 00:35:08
|
beefly ，您好！ 我采用這種方法可以做出自旋密度圖，首先在命令提示符下輸入orca_2mkl gbw file name -mkl，先創(chuàng)建或生成一個.mkl文件，再用molekel4.3打開，先計算spin density,然后再更改cutoff的數(shù)值，這樣也可以得到自旋密度圖。 但是，這種方法得到的自旋密度圖，在前期處理時不能控制格點的數(shù)目，做出來的圖很粗糙。如果計算時采用自定義基組或從Frank Neese的文獻支持信息里得到的鑭系元素基組計算時，采用這種方法作自旋密度圖時，出現(xiàn)錯誤為：can't read basis-set.從而使計算spin density那一步不能進行，得不到自旋密度圖。 我想能否在input file里輸入%plots 控制格點數(shù)目，使得到的圖好一點。 非常感謝您的關(guān)注！同時也感謝大家關(guān)注此帖！  |
5樓2011-10-02 00:04:12
beefly
專家顧問 (職業(yè)作家)
地溝油冶煉專家
-
專家經(jīng)驗: +458 - QC強帖: 12
- 應(yīng)助: 88 (初中生)
- 金幣: 13022.2
- 散金: 27307
- 紅花: 300
- 帖子: 4673
- 在線: 927.1小時
- 蟲號: 408372
- 注冊: 2007-06-21
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 計算模擬
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
lsc84(金幣+8): 3Q 2011-10-02 13:14:35
小紅豆(金幣+5): 謝謝 2011-10-02 14:32:48
lsc84(金幣+4): 3q 2011-10-05 09:27:08
lsc84(金幣+8): 3Q 2011-10-02 13:14:35
小紅豆(金幣+5): 謝謝 2011-10-02 14:32:48
lsc84(金幣+4): 3q 2011-10-05 09:27:08
|
還有一個辦法 1. 下一個molden2aim最新版本(2.0)， http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1683682 2. orca生成molden文件。在文件里加入一行： [Program] Orca 然后用molden2aim轉(zhuǎn)化為wfn格式 3. 用multiwfn打開生成的wfn文件，顯示自旋密度 |
6樓2011-10-02 10:31:48
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +16 | 李李不服輸 2026-03-26 | 16/800 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 286分調(diào)劑 +8 | Faune 2026-03-30 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩求調(diào)劑 +6 | hyl3153942 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +6 | Lyy930824@ 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +5 | AZMK 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085404求調(diào)劑，總分309，本科經(jīng)歷較為豐富 +6 | 來財aa 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分求調(diào)劑 +10 | 大饞小子 2026-03-28 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 冬十三 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 數(shù)一英一271專碩（085401）求調(diào)劑，可跨 +7 | 前行必有光 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭取九點睡 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +4 | liziyeyeye 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 一志愿廈門大學(xué)化學(xué)學(xué)碩307求調(diào)劑
+10
|
y7czhao 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 347求調(diào)劑 +3 | 山頂見α 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +12 | PolarBear11 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +11 | 陽陽哇塞 2026-03-27 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +4 | 愛吃番茄的旭 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑求收留 +7 | 果然有我 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +6 | Ymlll 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué) 296 求調(diào)劑 +4 | 朵朵- 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|