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lsc84鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
ORCA計(jì)算得到gbw文件后，怎么作自旋密度圖？
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大家好！ 我用ORCA計(jì)算得到了gbw文件，現(xiàn)在需要用molekel4.3作自旋密度圖。如果使用orca_plot MyGBWFile.gbw -i命令只能作分子軌道圖，沒有其他的備選項(xiàng)了。如果在計(jì)算的輸入文件中輸入 %plots Format Cube MO("abc.cube",4,0) ; end 可以正常計(jì)算，并可以得到一個(gè)分子軌道的Gaussian_cube文件。 相應(yīng)地在輸入文件中輸入 %plots Format Gaussian_Cube SpinDens(“Cu2-SpinDens”) ; end 出現(xiàn)的結(jié)果是 Done building standard basis LEAVING ORCA 小弟嘗試了很多次，也不能正常計(jì)算。 請高手幫忙看看是怎么回事？ 非常感謝！ 如果采用簡便輸入orca_plot gbw-file plot-inputfile，plot-inputfile文件該怎么編寫，我按說明書上的%plots關(guān)鍵字輸入也不行。期待高手的解答！非常感謝！ 我想要作的自旋密度圖如圖所示： |
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lsc84
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ben_ladeng(金幣-5): 扣除5個(gè)金幣獎(jiǎng)勵(lì)。您只需要發(fā)放15個(gè)金幣。剩余的5個(gè)可以請斑竹退還。謝謝理解 2011-10-02 00:35:08
ben_ladeng(金幣-5): 扣除5個(gè)金幣獎(jiǎng)勵(lì)。您只需要發(fā)放15個(gè)金幣。剩余的5個(gè)可以請斑竹退還。謝謝理解 2011-10-02 00:35:08
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beefly ，您好！ 我采用這種方法可以做出自旋密度圖，首先在命令提示符下輸入orca_2mkl gbw file name -mkl，先創(chuàng)建或生成一個(gè).mkl文件，再用molekel4.3打開，先計(jì)算spin density,然后再更改cutoff的數(shù)值，這樣也可以得到自旋密度圖。 但是，這種方法得到的自旋密度圖，在前期處理時(shí)不能控制格點(diǎn)的數(shù)目，做出來的圖很粗糙。如果計(jì)算時(shí)采用自定義基組或從Frank Neese的文獻(xiàn)支持信息里得到的鑭系元素基組計(jì)算時(shí)，采用這種方法作自旋密度圖時(shí)，出現(xiàn)錯(cuò)誤為：can't read basis-set.從而使計(jì)算spin density那一步不能進(jìn)行，得不到自旋密度圖。 我想能否在input file里輸入%plots 控制格點(diǎn)數(shù)目，使得到的圖好一點(diǎn)。 非常感謝您的關(guān)注！同時(shí)也感謝大家關(guān)注此帖！  |
5樓2011-10-02 00:04:12
lsc84
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3樓2011-10-01 10:03:20
beefly
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ben_ladeng(金幣+4): 謝謝應(yīng)助，今后注意點(diǎn)應(yīng)助回帖哦。應(yīng)樓主要求獎(jiǎng)勵(lì)5金幣。1個(gè)稅收 2011-10-02 00:32:32
ben_ladeng(金幣+4): 節(jié)日應(yīng)助，獎(jiǎng)勵(lì)加倍。專家考核存檔 2011-10-02 00:33:11
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ben_ladeng(金幣+4): 節(jié)日應(yīng)助，獎(jiǎng)勵(lì)加倍。專家考核存檔 2011-10-02 00:33:11
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原則上，可以先產(chǎn)生molden格式的文件，然后用gabedit打開，顯示自旋密度。 但是，orca的molden文件有些問題，基組部分的收縮因子都乘上了的高斯指數(shù)，對這個(gè)bug作者堅(jiān)決不改，不知道目的是什么。個(gè)人認(rèn)為還是應(yīng)該改為正常的基組。從https://bse.pnl.gov/bse/portal 找到gaussian格式的基組，復(fù)制到molden文件，并做適當(dāng)?shù)呐虐妗? |
4樓2011-10-01 22:53:32
beefly
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還有一個(gè)辦法 1. 下一個(gè)molden2aim最新版本(2.0)， http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1683682 2. orca生成molden文件。在文件里加入一行： [Program] Orca 然后用molden2aim轉(zhuǎn)化為wfn格式 3. 用multiwfn打開生成的wfn文件，顯示自旋密度 |
6樓2011-10-02 10:31:48
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