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bs340248銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
fix rigid命令請(qǐng)教
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請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題： 模擬的體系有200個(gè)相同的分子，共10000個(gè)原子（data文件里面已經(jīng)在第二列將每個(gè)分子的序號(hào)從1-200分配好了）。我希望分子是剛性的（分子內(nèi)的鍵長(zhǎng)鍵角不變），所以用了 fix 1 all rigid/nvt molecule temp 300 300 100 這個(gè)命令，結(jié)果模擬的時(shí)候溫度不停上升，但是用vmd查看的時(shí)候發(fā)現(xiàn)模擬的體系中，分子只在起始位置附近微微震動(dòng)。 希望大家能給我個(gè)建議，我錯(cuò)在哪里了 謝謝 為了測(cè)試，我做了個(gè)只有4個(gè)分子（200個(gè)原子）的體系，這4個(gè)分子分散得很開(kāi)，用相同的in文件進(jìn)行模擬，結(jié)果模擬的溫度不停上升，用vmd查看的時(shí)候發(fā)現(xiàn)這4個(gè)分子還算是符合我的預(yù)期，整體在運(yùn)動(dòng) [ Last edited by bs340248 on 2011-10-12 at 13:45 ] |
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