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bs340248銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
fix rigid命令請(qǐng)教
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請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題: 模擬的體系有200個(gè)相同的分子,共10000個(gè)原子(data文件里面已經(jīng)在第二列將每個(gè)分子的序號(hào)從1-200分配好了)。我希望分子是剛性的(分子內(nèi)的鍵長(zhǎng)鍵角不變),所以用了 fix 1 all rigid/nvt molecule temp 300 300 100 這個(gè)命令,結(jié)果模擬的時(shí)候溫度不停上升,但是用vmd查看的時(shí)候發(fā)現(xiàn)模擬的體系中,分子只在起始位置附近微微震動(dòng)。 希望大家能給我個(gè)建議,我錯(cuò)在哪里了 謝謝 為了測(cè)試,我做了個(gè)只有4個(gè)分子(200個(gè)原子)的體系,這4個(gè)分子分散得很開(kāi),用相同的in文件進(jìn)行模擬,結(jié)果模擬的溫度不停上升,用vmd查看的時(shí)候發(fā)現(xiàn)這4個(gè)分子還算是符合我的預(yù)期,整體在運(yùn)動(dòng) [ Last edited by bs340248 on 2011-10-12 at 13:45 ] |
新蟲(chóng) (初入文壇)
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