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gebitingqin鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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關(guān)于反應(yīng)機(jī)理計(jì)算的問(wèn)題集錦+求助 已有3人參與
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關(guān)于反應(yīng)機(jī)理計(jì)算的問(wèn)題集錦 【問(wèn)】如題：各位大俠，小弟請(qǐng)教個(gè)問(wèn)題，什么軟件可以模擬有機(jī)反應(yīng)機(jī)理或反應(yīng)歷程？比如知道一個(gè)反應(yīng)的可能的反應(yīng)機(jī)理，想驗(yàn)證此機(jī)理的準(zhǔn)確性有多大，可以用什么軟件模擬一下嗎？我原先沒(méi)接觸過(guò)分子模擬，突然想到這個(gè)問(wèn)題，想請(qǐng)教一下各位大俠 【答】gaussian 【問(wèn)】如何計(jì)算？ 【答】一種是你自己設(shè)計(jì)過(guò)度態(tài),然后優(yōu)化過(guò)度態(tài),或者用QST2或者QST3方法尋找過(guò)度態(tài),完了做頻率分析,然后做IRC,然后計(jì)算單點(diǎn)能!然后優(yōu)化各駐點(diǎn)!基本上就是這樣,你這樣說(shuō)的太籠統(tǒng),反正基本上就是這樣個(gè)過(guò)程!希望對(duì)你有幫助! Oniom方法可用來(lái)研究比較大的體系 |
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gebitingqin
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【請(qǐng)問(wèn)】在構(gòu)建初始過(guò)渡態(tài)時(shí)，出了自己預(yù)測(cè)的反應(yīng)機(jī)理外，有沒(méi)有一定的指導(dǎo)思想？看了論壇上很多帖子，大部分都在講述方法，但是具體過(guò)渡態(tài)的構(gòu)建除了說(shuō)靠經(jīng)驗(yàn)之外沒(méi)有其他高招嗎，能不能借助電荷分析，以及分子軌道分布來(lái)輔助構(gòu)建呢？如果能，應(yīng)該考察哪些特征？ 問(wèn)題有點(diǎn)啰嗦，請(qǐng)懂的前輩耐心講解，非常感謝。 【答】你說(shuō)的這些不就是經(jīng)驗(yàn)么？分析體系的電荷分布，軌道組合以及各種可能的弱相互作用，配位作用等等，這個(gè)都是要靠經(jīng)驗(yàn)靠知識(shí)積累的。沒(méi)做這些分析就開(kāi)始算的話那幾本上是瞎算~算出來(lái)也不一定得到別人認(rèn)同 |
2樓2011-10-15 23:43:37
gebitingqin
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對(duì)計(jì)算反應(yīng)機(jī)理有用的貼 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1620532 一個(gè)網(wǎng)友的血淚教訓(xùn) http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1704823 催化反應(yīng)（A+B生成C） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1742565 Fe怎么算 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1527579 過(guò)渡態(tài)三件事 以及這個(gè)帖子http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146的第二章第六節(jié)和第七節(jié)（選方法和基組）、第二章第十八節(jié)（過(guò)渡態(tài)三件事，改進(jìn)版）、第二章第二十一節(jié)（反應(yīng)的判據(jù)） |
3樓2011-10-16 09:25:16
gebitingqin
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【問(wèn)】尋找SN2過(guò)渡態(tài)中遇到的一些問(wèn)題 最近要做溴甲烷堿性水解反應(yīng)的理論計(jì)算。想要找出過(guò)渡態(tài)，結(jié)果遇到了如下問(wèn)題，想了很長(zhǎng)時(shí)間也沒(méi)解決，請(qǐng)前輩指點(diǎn)一下�。� 問(wèn)題一： 怎么創(chuàng)建這種SN2過(guò)渡態(tài)的分子？自己在網(wǎng)上看到了如下的兩種方法： A 完全按照這個(gè)過(guò)渡態(tài)畫，C上連接五個(gè)鍵，CHHH一平面，HOCBr一平面，兩平面垂直。 B OH和溴甲烷分別輸入，將O靠近C，但不連接成建。 不知道該用哪一種方法呢？ 問(wèn)題二： 該過(guò)渡態(tài)的分子說(shuō)明是否該寫為-1 1��？ 問(wèn)題三： 對(duì)于使用TS3尋找的話，是要按照OH^-1 CH3Br 過(guò)渡態(tài) CH3OH Br^-1來(lái)輸入還是按照NaOH CH3Br 過(guò)渡態(tài) CH3OH NaBr來(lái)輸入？ 問(wèn)題四： 這個(gè)反應(yīng)是在液相中進(jìn)行的，而且要一定的溫度。那么在搜尋過(guò)渡態(tài)的過(guò)程中是否要考慮溶劑效應(yīng)和設(shè)定不同的溫度和壓力了？ 附注：如果哪位前輩有過(guò)搜尋SN2過(guò)渡態(tài)的例子，可否將這個(gè)例子分享一下嗎？3Q！ 【答】問(wèn)題一：個(gè)人認(rèn)為B比較好一點(diǎn)，但是要注意一些位置，避免明顯的位阻效應(yīng)。可以優(yōu)化產(chǎn)物醇的構(gòu)像，看一下C-O鍵長(zhǎng)，TS以及可能的R肯定要比這個(gè)CO鍵長(zhǎng)長(zhǎng)一點(diǎn)，具體多少可以嘗試得到，分子很小不礙事。 問(wèn)題二：可能的R TS P應(yīng)該都是-1 1 問(wèn)題三：忽略Na 問(wèn)題四：需要考慮溶劑化、溫度以及壓力。具體輸入?yún)⒖糶aussian manual |
4樓2011-10-16 09:33:16
gebitingqin
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200個(gè)原子的我都硬著頭皮上了，你這才20個(gè)... |
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gebitingqin6樓2011-10-17 13:13:02
gebitingqin
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