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gebitingqin鐵蟲 (小有名氣)
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關(guān)于反應(yīng)機理計算的問題集錦+求助 已有3人參與
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關(guān)于反應(yīng)機理計算的問題集錦 【問】如題：各位大俠，小弟請教個問題，什么軟件可以模擬有機反應(yīng)機理或反應(yīng)歷程？比如知道一個反應(yīng)的可能的反應(yīng)機理，想驗證此機理的準(zhǔn)確性有多大，可以用什么軟件模擬一下嗎？我原先沒接觸過分子模擬，突然想到這個問題，想請教一下各位大俠 【答】gaussian 【問】如何計算？ 【答】一種是你自己設(shè)計過度態(tài),然后優(yōu)化過度態(tài),或者用QST2或者QST3方法尋找過度態(tài),完了做頻率分析,然后做IRC,然后計算單點能!然后優(yōu)化各駐點!基本上就是這樣,你這樣說的太籠統(tǒng),反正基本上就是這樣個過程!希望對你有幫助! Oniom方法可用來研究比較大的體系 |
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gebitingqin
鐵蟲 (小有名氣)
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【問】尋找SN2過渡態(tài)中遇到的一些問題 最近要做溴甲烷堿性水解反應(yīng)的理論計算。想要找出過渡態(tài)，結(jié)果遇到了如下問題，想了很長時間也沒解決，請前輩指點一下��！ 問題一： 怎么創(chuàng)建這種SN2過渡態(tài)的分子？自己在網(wǎng)上看到了如下的兩種方法： A 完全按照這個過渡態(tài)畫，C上連接五個鍵，CHHH一平面，HOCBr一平面，兩平面垂直。 B OH和溴甲烷分別輸入，將O靠近C，但不連接成建。 不知道該用哪一種方法呢？ 問題二： 該過渡態(tài)的分子說明是否該寫為-1 1�。� 問題三： 對于使用TS3尋找的話，是要按照OH^-1 CH3Br 過渡態(tài) CH3OH Br^-1來輸入還是按照NaOH CH3Br 過渡態(tài) CH3OH NaBr來輸入？ 問題四： 這個反應(yīng)是在液相中進(jìn)行的，而且要一定的溫度。那么在搜尋過渡態(tài)的過程中是否要考慮溶劑效應(yīng)和設(shè)定不同的溫度和壓力了？ 附注：如果哪位前輩有過搜尋SN2過渡態(tài)的例子，可否將這個例子分享一下嗎？3Q！ 【答】問題一：個人認(rèn)為B比較好一點，但是要注意一些位置，避免明顯的位阻效應(yīng)�？梢詢�(yōu)化產(chǎn)物醇的構(gòu)像，看一下C-O鍵長，TS以及可能的R肯定要比這個CO鍵長長一點，具體多少可以嘗試得到，分子很小不礙事。 問題二：可能的R TS P應(yīng)該都是-1 1 問題三：忽略Na 問題四：需要考慮溶劑化、溫度以及壓力。具體輸入?yún)⒖糶aussian manual |
4樓2011-10-16 09:33:16
gebitingqin
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【請問】在構(gòu)建初始過渡態(tài)時，出了自己預(yù)測的反應(yīng)機理外，有沒有一定的指導(dǎo)思想？看了論壇上很多帖子，大部分都在講述方法，但是具體過渡態(tài)的構(gòu)建除了說靠經(jīng)驗之外沒有其他高招嗎，能不能借助電荷分析，以及分子軌道分布來輔助構(gòu)建呢？如果能，應(yīng)該考察哪些特征？ 問題有點啰嗦，請懂的前輩耐心講解，非常感謝。 【答】你說的這些不就是經(jīng)驗么？分析體系的電荷分布，軌道組合以及各種可能的弱相互作用，配位作用等等，這個都是要靠經(jīng)驗靠知識積累的。沒做這些分析就開始算的話那幾本上是瞎算~算出來也不一定得到別人認(rèn)同 |
2樓2011-10-15 23:43:37
gebitingqin
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對計算反應(yīng)機理有用的貼 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1620532 一個網(wǎng)友的血淚教訓(xùn) http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1704823 催化反應(yīng)（A+B生成C） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1742565 Fe怎么算 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1527579 過渡態(tài)三件事 以及這個帖子http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146的第二章第六節(jié)和第七節(jié)（選方法和基組）、第二章第十八節(jié)（過渡態(tài)三件事，改進(jìn)版）、第二章第二十一節(jié)（反應(yīng)的判據(jù)） |
3樓2011-10-16 09:25:16
gebitingqin
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5樓2011-10-16 10:53:06
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