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ydxia鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
nvt系綜，系統(tǒng)總能量震蕩厲害
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本人剛開始接觸lammps，作為練手，我計算了一條聚合度為10的聚乙烯分子鏈在NVT系綜下的動力學過程。在materials studio里面建好模型后得到data文件，之后開始用lammps計算。下面是我的in文件： dimension 3 boundary p p p units real atom_style full #-------------------------------------- pair_style lj/charmm/coul/long 8.0 10.0 10.0 bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style harmonic #improper_style cvff kspace_style pppm 0.0001 #-------------------------------------- read_data data.PE #-------------------------------------- neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes #-------------------------------------- min_style cg minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 # Perform an energy minimization of the system, by iteratively adjusting atom coordinates. #--------------------------------------- velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 100.0 #-------------------------------------- timestep 2.0 # Set the timestep size for subsequent molecular dynamics simulations. #-------------------------------------- #compute 1 all gyration #-------------------------------------- dump 1 all custom 100 dump.PE id type x y z vx vy vz #-------------------------------------- thermo_style custom step temp press etotal pe ke emol ebond eangle edihed eimp epair evdwl ecoul elong etail thermo 100 #--------------------------------------- run 10000 本來應該把我得到的溫度和系統(tǒng)能量隨時間的變化圖片加上來，但是總是添加失敗，只好文字描述一下了： 溫度在300上下震蕩，振幅很大；按理說系統(tǒng)的能量應該是有一個降低的過程，但是我的結算結果卻是能量自始至終都在劇烈震蕩，根本沒有降低的趨度。 我把run的時間由10000增加至1000000，還是同樣地現(xiàn)象，應該不是run的時間不夠。到底是什么原因呢？百思不得其解，大家?guī)臀页龀鲋饕獍桑x謝啦！ [ Last edited by ydxia on 2011-10-18 at 21:22 ] |
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