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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 有關MS模擬溶劑條件下的吸附問題
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[求助]
有關MS模擬溶劑條件下的吸附問題
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最近出于課題的需要，接觸MS。主要是模擬水體系及有機溶劑體系（如丙酮中）下，有機分子（如芳香族）吸附在金屬，金屬氧化物表面。先向各位分子模擬的前輩們求教以下一些問題： 1， 構建好有機分子（如甲苯）后，需要對其進行優(yōu)化嗎?要優(yōu)化哪些指標？ 如果進行結構優(yōu)化，用哪個模塊？因為看論壇里的介紹，有用Discover， Forcite，還有用什么CASTEP。 在對有機分子進行優(yōu)化時選用哪個？在優(yōu)化時需要設置哪些參數(shù)？怎么設置？ 如果涉及到力場，選擇COMPASS還是其他類型的力場？ 2，構建好金屬或者金屬氧化物結構模型后，怎么將其放入溶劑環(huán)境中？操作步驟是怎樣的？ 在建好金屬或金屬氧化物模型后，需進行哪些方面的優(yōu)化？ 優(yōu)化步驟是什么樣的？ 參數(shù)怎樣設置？ 3，用Modules中的Morphology模塊求晶面能的時候，是不是需要先且好面？還是直接設置就可以？ 4，如果有哪個高手能直接編個模擬步驟（以 在乙醇體系中，間甲苯吸附在氧化鐵表面為例，具體吸附在哪個晶面需要計算確定），額外贈送200金幣！ 謝謝大家啦！ [ Last edited by caijj09 on 2011-10-24 at 21:03 ] |
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7樓2011-10-25 14:53:11
2樓2011-10-25 08:25:41
青菜001
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-10-25 10:18:15
caijj09(金幣+20): 非常感謝！有機分子構建好后用什么模塊優(yōu)化好？ 2011-10-25 11:23:59
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-10-25 10:18:15
caijj09(金幣+20): 非常感謝！有機分子構建好后用什么模塊優(yōu)化好？ 2011-10-25 11:23:59
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第一個問題：用discover模塊計算能量最小化，建立模塊后用NPT系綜計算密度，后用discover再進行動力學模擬。 第二個問題：建立金屬基底，金屬單質直接找到剪切面固定就行了，氧化物要設定好力場（compass）后去鍵，這些設定完后一半都要固定金屬基底的分子或者原子。 第三個問題：第三個不是很熟悉，不過求晶面能是要先把面切出來后有了表層的原子面才能計算表層的原子所在晶面的晶面能。 |
3樓2011-10-25 08:48:58
青菜001
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。 4樓2011-10-25 12:02:34
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