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請(qǐng)問高通量測(cè)序中深度和覆蓋度是什么意思？ 已有11人參與
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| 大家好，請(qǐng)問高通量測(cè)序中深度（depth）以及覆蓋度（coverage）是什么意思，二者有什么區(qū)別？ |
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 生物科學(xué)系列 | 高通量測(cè)序 |
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holyala
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
adslye(金幣+2): 鼓勵(lì)交流，祝順利！ 2011-11-01 09:48:21
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adslye(金幣+2): 鼓勵(lì)交流，祝順利！ 2011-11-01 09:48:21
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depth嘛，就是被測(cè)基因組上單個(gè)堿基被測(cè)序的平均次數(shù)，比如某樣本的測(cè)序深度為30X，那么就是說該樣本的基因組上每一個(gè)單堿基平均被測(cè)序（或者說讀�。┝�30次，注意，是平均。當(dāng)然了，depth也有最大和最小值，這個(gè)都可以由信息分析得到。 coverage就好理解了，由于大片段拼接的gap、測(cè)序讀長(zhǎng)有限、重復(fù)序列等問題的存在，測(cè)序分析后組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區(qū)域，覆蓋度就是最終得到的結(jié)果占整個(gè)基因組的比例。例如一個(gè)人的基因組測(cè)序，覆蓋度為98.5%，那么說明該基因組還有1.5%的區(qū)域通過我們的組裝和分析無法得到。 至于什么算法之類的，太深了，應(yīng)該不用了解吧~~偶也寫不出來。。。  當(dāng)然，轉(zhuǎn)錄組也同上。 [ Last edited by holyala on 2011-10-31 at 21:51 ] |
3樓2011-10-31 21:49:24
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