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鐵桿木蟲 (知名作家)

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【答案】應(yīng)助回帖

★
uuv2010(金幣+1): 歡迎參加討論 2011-12-15 13:14:52

能量圖中曲線一直是上下擺動(dòng)，這個(gè)問(wèn)題提高截?cái)嗄芰靠梢院芎玫慕鉀Q

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11樓2011-11-04 09:06:17

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sunboyccc

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uuv2010(金幣+1): 歡迎參加討論 2011-12-15 13:14:42

引用回帖:

8樓: Originally posted by lbambool at 2011-11-03 14:27:52:
能算多少原子主要由內(nèi)存大小決定，算多久主要由CPU數(shù)量和主頻決定，同時(shí)兩方面又都和體系的電子復(fù)雜程度和計(jì)算精度有關(guān)，一般來(lái)說(shuō)，96G內(nèi)存castep可以算600-800個(gè)原子吧，簡(jiǎn)單的一點(diǎn)的估計(jì)可以算到1000個(gè)，不過(guò)12 ...

有些誤人，呵呵，之前測(cè)試顯示，兩顆Xeon5650 2.66G，12核，耗費(fèi)內(nèi)存能力比兩顆四核心的E5620大很多，內(nèi)存也不是按比例分配的，據(jù)測(cè)試結(jié)果分析，有磁性原子摻雜的情況下，能算144個(gè)原子就不錯(cuò)了，精度高一點(diǎn)的話加U就困難了，算光學(xué)性質(zhì)也費(fèi)勁，給一個(gè)參考，48原子磁性摻雜高精度計(jì)算10天正常！

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12樓2011-12-14 19:56:15

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souledge

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uuv2010(金幣+1): 多謝指導(dǎo)！ 2011-12-15 13:13:00

引用回帖:

12樓: Originally posted by sunboyccc at 2011-12-14 19:56:15:
有些誤人，呵呵，之前測(cè)試顯示，兩顆Xeon5650 2.66G，12核，耗費(fèi)內(nèi)存能力比兩顆四核心的E5620大很多，內(nèi)存也不是按比例分配的，據(jù)測(cè)試結(jié)果分析，有磁性原子摻雜的情況下，能算144個(gè)原子就不錯(cuò)了，精度高一點(diǎn)的話 ...

具體的內(nèi)存分配方式可以看CASTEP的輸出文件，里面有提到總共多少個(gè)node參與計(jì)算，這些node又被分為多少個(gè)group，而每個(gè)node的平均使用內(nèi)存為多少。
如果用過(guò)PWscf的話，應(yīng)該能體會(huì)到，這個(gè)差別是在于pool的個(gè)數(shù)的不同~一般當(dāng)node數(shù)多的時(shí)候，為了提高速度，會(huì)增加pool數(shù)。這個(gè)跟CASTEP及VASP中的node分group差不多的~具體細(xì)節(jié)上有沒(méi)有區(qū)別就不清楚了~畢竟PWscf玩得很細(xì)，不但分pool，還分image……

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思想重于技巧，內(nèi)涵重于表象

13樓2011-12-14 20:10:57

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uuv2010(金幣+1): 歡迎參加討論 2011-12-15 13:13:16

引用回帖:

13樓: Originally posted by souledge at 2011-12-14 20:10:57:
具體的內(nèi)存分配方式可以看CASTEP的輸出文件，里面有提到總共多少個(gè)node參與計(jì)算，這些node又被分為多少個(gè)group，而每個(gè)node的平均使用內(nèi)存為多少。
如果用過(guò)PWscf的話，應(yīng)該能體會(huì)到，這個(gè)差別是在于pool的個(gè)數(shù) ...

呵呵，我只是就“單機(jī)計(jì)算”說(shuō)一說(shuō)，并且不同的軟件（或相同軟件不同版本）或不同系統(tǒng)情況又不同啦，沒(méi)有涉及小型機(jī)多節(jié)點(diǎn)計(jì)算。
我的感覺(jué)：?jiǎn)螜C(jī)、windows系統(tǒng)的情況下，同樣是四核或六核CPU，主頻越高、性能越好的CPU，需內(nèi)存越多，對(duì)6核2.66GCPU來(lái)說(shuō)，可能對(duì)每個(gè)核配置8G內(nèi)存就夠，但對(duì)六核3.33GCPU來(lái)說(shuō)，每個(gè)核需配置16G內(nèi)存，這就像大師傅需要大的操作空間一個(gè)道理。
此外，計(jì)算效率方面，眾所周知Linux強(qiáng)于Windows，所需內(nèi)存又不一樣，所以配置計(jì)算用單機(jī)要綜合考慮，希望以上對(duì)一些蟲友能有幫助。
關(guān)于Castep輸出文件中可以看到內(nèi)存使用情況應(yīng)該是在配完機(jī)器后，在使用Castep計(jì)算后的結(jié)果里面出現(xiàn)，那是后話啦。越說(shuō)越多。。。不好意思

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14樓2011-12-14 22:05:44

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uuv2010(金幣+1): 歡迎參加討論 2011-12-15 13:13:28
fzx2008(金幣+2): 謝謝指教 2011-12-15 13:25:13

引用回帖:

14樓: Originally posted by sunboyccc at 2011-12-14 22:05:44:
呵呵，我只是就“單機(jī)計(jì)算”說(shuō)一說(shuō)，并且不同的軟件（或相同軟件不同版本）或不同系統(tǒng)情況又不同啦，沒(méi)有涉及小型機(jī)多節(jié)點(diǎn)計(jì)算。
我的感覺(jué)：?jiǎn)螜C(jī)、windows系統(tǒng)的情況下，同樣是四核或六核CPU，主頻越高、性能越 ...

這就是說(shuō)得單機(jī)計(jì)算啊……只不過(guò)在CASTEP和VASP中都是使用node來(lái)表示一個(gè)并行進(jìn)程，而在PWscf、Abinit中則是使用Processor來(lái)表示的而已~
盡管軟件之間的設(shè)計(jì)各有不同，但是總的來(lái)說(shuō)對(duì)內(nèi)存的使用規(guī)則是一定的，那就是分node（或者processor）并行，并且在node數(shù)足夠多時(shí)為減少對(duì)同一個(gè)內(nèi)存有過(guò)多進(jìn)程進(jìn)行讀寫，再分組成為不同池的方法。
而作為一個(gè)DFT軟件，其內(nèi)存的占用僅僅與K點(diǎn)和K點(diǎn)需要展開(kāi)的平面波數(shù)密切相關(guān)。當(dāng)然，可能還需要點(diǎn)其他的開(kāi)銷，這些開(kāi)銷在K點(diǎn)和平面波面前就幾乎可以忽略了，下面是典型的平面波贗勢(shì)方法的內(nèi)存開(kāi)銷結(jié)構(gòu)：

CODE:

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions

        Kohn-Sham Wavefunctions         1.34 Mb     (   4004,  22)

        NL pseudopotentials             1.47 Mb     (   4004,  24)

        Each V/rho on FFT grid          1.19 Mb     (  77760)

        Each G-vector array             0.24 Mb     (  32031)

        G-vector shells                 0.01 Mb     (   1535)

     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions

        Auxiliary wavefunctions         5.38 Mb     (   4004,  88)

        Each subspace H/S matrix        0.12 Mb     (     88,  88)

        Each  matrix      0.01 Mb     (     24,  22)

        Arrays for rho mixing           9.49 Mb     (  77760,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms

     starting charge   34.99996, renormalised to   36.00000

     Starting wfc are   26 atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is     84.16 secs

     per-process dynamical memory:    22.7 Mb

所以，對(duì)于給定的系統(tǒng)，其內(nèi)存需求是有上限的，并不是說(shuō)隨便給個(gè)體系，只要加足夠多的內(nèi)存，就能足夠的快一樣（當(dāng)然，很多不懂系統(tǒng)的人，總以為對(duì)于只使用2GB內(nèi)存的前提下，8GB內(nèi)存會(huì)比4GB內(nèi)存快）。
所以，如果一定要說(shuō)同核前提下，高頻的CPU會(huì)使用更多內(nèi)存，那就只有可能是使用過(guò)程中程序根據(jù)CPU速度自動(dòng)判斷了分組情況，增加了內(nèi)存池的數(shù)目而已。這個(gè)信息在castep輸出文件中，完全不算后話。
至于在Windows下和*nix下的速度問(wèn)題。以CASTEP來(lái)說(shuō)，給出了三種（5.5開(kāi)始大概是四種）運(yùn)行模式，其中不使用任何硬盤空間作為緩存的為speed方式。但是就是這個(gè)方式，在Windows下運(yùn)行時(shí)，如果內(nèi)存不是非常多，并且使用的比較古老的對(duì)內(nèi)存管理比較失敗的系統(tǒng)（比如XP），那系統(tǒng)就不會(huì)完全把程序請(qǐng)求的空間分配在物理內(nèi)存中，而是選擇了一部分放在虛擬內(nèi)存中。對(duì)程序本身來(lái)說(shuō)，這兩個(gè)部分沒(méi)有區(qū)別，但是從實(shí)際來(lái)說(shuō)，這跟選擇default甚至memory方法運(yùn)行本質(zhì)上區(qū)別不大，于是速度變慢。而在*nix下，則是嚴(yán)格先分配物理內(nèi)存，只有不足時(shí)才會(huì)分配到swap空間，所以*nix下時(shí)，swap空間一般都一直是0%的占用率。
另外，Windows的shell和kernel直接一體化的設(shè)計(jì)，在圖形方面響應(yīng)很好，但是在分配計(jì)算工作時(shí)就非常痛苦，所以如果用Windows版的Abinit時(shí)，如果使用所有核心計(jì)算，系統(tǒng)會(huì)卡頓得非常嚴(yán)重，不管CPU是不是很牛X，但是同樣的計(jì)算在Linux下就流暢得多。
DFT及DFT軟件的計(jì)算機(jī)使用本身是有些不確定性，但是這些不確定性都是在一定的理論范圍內(nèi)的，不至于像LS所說(shuō)的那樣懸忽。
最后，不得不說(shuō)，支持“內(nèi)存決定能否計(jì)算，CPU決定計(jì)算時(shí)間”的說(shuō)法，這個(gè)從DFT程序的設(shè)計(jì)來(lái)說(shuō)是完全合理的論斷。

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15樓2011-12-15 01:23:11

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zhengjinde

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uuv2010(金幣+1): 歡迎參加討論 2011-12-15 13:14:28

得看這工作站是你一人使用還是很多人用了,如果這機(jī)器十來(lái)人使用,那可能用起來(lái)還不如一臺(tái)萬(wàn)把元的單機(jī)

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16樓2011-12-15 09:39:36

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引用回帖:

15樓: Originally posted by souledge at 2011-12-15 01:23:11:
這就是說(shuō)得單機(jī)計(jì)算啊……只不過(guò)在CASTEP和VASP中都是使用node來(lái)表示一個(gè)并行進(jìn)程，而在PWscf、Abinit中則是使用Processor來(lái)表示的而已~
盡管軟件之間的設(shè)計(jì)各有不同，但是總的來(lái)說(shuō)對(duì)內(nèi)存的使用規(guī)則是一定的，那 ...

呵呵，非常感謝你的指教。
CASTEP輸出文件會(huì)給出一些提示，但經(jīng)驗(yàn)告訴我，它并不準(zhǔn)，就以計(jì)算時(shí)間為例，CASTEP最終結(jié)果會(huì)給出一個(gè)任務(wù)計(jì)算時(shí)間，我計(jì)算幾百個(gè)任務(wù)后得出的結(jié)論是，機(jī)器給出的時(shí)間與時(shí)鐘得出的并不一致，差很多。至于內(nèi)存的使用量的問(wèn)題，我也是根據(jù)實(shí)際使用情況得出的結(jié)論，而不是軟件的輸出結(jié)果。我用兩顆Xeon5650與兩顆Xeon5620分別用24G與48G內(nèi)存測(cè)試了許多任務(wù)后，根據(jù)內(nèi)存的實(shí)際使用情況得出的結(jié)論，當(dāng)然不一定是真理。
其實(shí)“內(nèi)存決定能不能算，Cpu決定任務(wù)計(jì)算快慢”是對(duì)的，我只是說(shuō)能算600-1000原子有點(diǎn)誤人，因?yàn)槲覍?shí)際使用這種配置的機(jī)器根本算不了那么多，當(dāng)然不同計(jì)算方法也許能夠?qū)崿F(xiàn)。

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17樓2011-12-15 12:45:36

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此外，我覺(jué)得內(nèi)存使用不僅與K點(diǎn)和E-Cut有關(guān)，比如在算電荷密度時(shí)，提高精度即scaling-factor的設(shè)置，對(duì)內(nèi)存量使用影響巨大，只用單CPU6核計(jì)算四個(gè)原子可以耗費(fèi)30G內(nèi)存。
如果我的話引起誤會(huì)還請(qǐng)?jiān)�，只是根�?jù)一點(diǎn)實(shí)際的使用經(jīng)驗(yàn)，并不一定科學(xué)，請(qǐng)多指教！

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18樓2011-12-15 13:01:45

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lbambool

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引用回帖:

我前面也說(shuō)了能算多少原子和各項(xiàng)設(shè)置精度、電子復(fù)雜程度、算法等都有關(guān)系，電子結(jié)構(gòu)越復(fù)雜，設(shè)置精度越高，內(nèi)存開(kāi)銷越大，這是正常的，所以能算多少個(gè)原子沒(méi)有一個(gè)確定的值。所以說(shuō)單核８G對(duì)某些體系只能計(jì)算１４４個(gè)原子也是可能的，但不能說(shuō)對(duì)所有體系都只能算１４４個(gè)原子，如體系含有一些電子結(jié)構(gòu)比較簡(jiǎn)單原子，計(jì)算精度、復(fù)雜度不太高的可能會(huì)多得多。
至于說(shuō)兩顆Xeon5650 2.66G 12核耗費(fèi)內(nèi)存能力比兩顆四核心的E5620大很多的說(shuō)法，我覺(jué)得可以這樣理解，兩顆5620是四核，只8個(gè)核心，同樣的體系，同樣的精度設(shè)置，內(nèi)存開(kāi)銷必然會(huì)比12個(gè)核心少三分之一，比如說(shuō)12核同時(shí)計(jì)算需要至少48G內(nèi)存的話，８核計(jì)算有３２G就可以計(jì)算了。
另外一個(gè)問(wèn)題，單核所需內(nèi)存是否與主頻相關(guān)沒(méi)做過(guò)嚴(yán)格測(cè)試，但從理論上來(lái)說(shuō)，大部分計(jì)算軟件在軟件各項(xiàng)設(shè)置精度都相同的情況下，每個(gè)軟件都有一個(gè)預(yù)計(jì)內(nèi)存開(kāi)銷，從各軟件的幫助里沒(méi)有看到這個(gè)數(shù)字與主頻有相關(guān)性，只與我們要計(jì)算的體系結(jié)構(gòu)、選定的選項(xiàng)與精度等因素有關(guān)，當(dāng)然，個(gè)人發(fā)現(xiàn)實(shí)際的內(nèi)存開(kāi)銷要比軟件里要求的要大一些。
只要任務(wù)能提交并成功計(jì)算那就說(shuō)明內(nèi)存是夠的，計(jì)算開(kāi)始到完成時(shí)間多長(zhǎng)主要還是取決于主頻和計(jì)算核心數(shù)，各節(jié)點(diǎn)間通信質(zhì)量等因素。內(nèi)存方面，如果夠大就選ｓｐｅｅｄ，用完所有物理內(nèi)存再用磁盤緩存，如果不夠大的話可以選ｍｅｍｅｒｙ，根據(jù)物理內(nèi)存數(shù)來(lái)決定用多少緩存。
個(gè)人理解，未必正確，權(quán)當(dāng)拋磚引玉。

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Θ撫琴鬧市外，獨(dú)閑山水間Θ

19樓2011-12-15 16:23:03

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19樓: Originally posted by lbambool at 2011-12-15 16:23:03:
我前面也說(shuō)了能算多少原子和各項(xiàng)設(shè)置精度、電子復(fù)雜程度、算法等都有關(guān)系，電子結(jié)構(gòu)越復(fù)雜，設(shè)置精度越高，內(nèi)存開(kāi)銷越大，這是正常的，所以能算多少個(gè)原子沒(méi)有一個(gè)確定的值。所以說(shuō)單核８G對(duì)某些體系只能計(jì)算１４ ...

您好！其實(shí)您說(shuō)的關(guān)于內(nèi)存的分配沒(méi)錯(cuò)，我只是覺(jué)得根據(jù)我算的情況達(dá)不到600-1000原子而已，我覺(jué)得對(duì)于新手配置個(gè)機(jī)器不容易，怕誤導(dǎo)他們，復(fù)雜的情況他們并一定了解，有什么說(shuō)的不對(duì)的地方還請(qǐng)海涵！也請(qǐng)今后多多指教！

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回復(fù)此樓

20樓2011-12-15 17:02:41

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