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kelvinpolyu銅蟲 (初入文壇)
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請問96G的內(nèi)存, 12核, 2.66GHz 的電腦配置, CASTEP能計算最多的原子數(shù) ?
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| 請問96G的內(nèi)存, 12核, 2.66GHz 的電腦配置, CASTEP 能計算最多的原子數(shù) ?計算時間? 謝謝 |
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木蟲 (著名寫手)
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能算多少原子主要由內(nèi)存大小決定,算多久主要由CPU數(shù)量和主頻決定,同時兩方面又都和體系的電子復(fù)雜程度和計算精度有關(guān),一般來說,96G內(nèi)存castep可以算600-800個原子吧,簡單的一點的估計可以算到1000個,不過12個核心,算600個可能就得十天左右或更長吧。200-500個原子一般用不了一個月,除非你精度設(shè)置特別高。 CPU: 內(nèi)存按1:8配,這是標(biāo)準(zhǔn)配置 |

鐵桿木蟲 (正式寫手)
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呵呵,我只是就“單機計算”說一說,并且不同的軟件(或相同軟件不同版本)或不同系統(tǒng)情況又不同啦,沒有涉及小型機多節(jié)點計算。 我的感覺:單機、windows系統(tǒng)的情況下,同樣是四核或六核CPU,主頻越高、性能越好的CPU,需內(nèi)存越多,對6核2.66GCPU來說,可能對每個核配置8G內(nèi)存就夠,但對六核3.33GCPU來說,每個核需配置16G內(nèi)存,這就像大師傅需要大的操作空間一個道理。 此外,計算效率方面,眾所周知Linux強于Windows,所需內(nèi)存又不一樣,所以配置計算用單機要綜合考慮,希望以上對一些蟲友能有幫助。 關(guān)于Castep輸出文件中可以看到內(nèi)存使用情況應(yīng)該是在配完機器后,在使用Castep計算后的結(jié)果里面出現(xiàn),那是后話啦。越說越多。。。不好意思 |
專家顧問 (著名寫手)
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專家經(jīng)驗: +174 |
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這就是說得單機計算啊……只不過在CASTEP和VASP中都是使用node來表示一個并行進程,而在PWscf、Abinit中則是使用Processor來表示的而已~ 盡管軟件之間的設(shè)計各有不同,但是總的來說對內(nèi)存的使用規(guī)則是一定的,那就是分node(或者processor)并行,并且在node數(shù)足夠多時為減少對同一個內(nèi)存有過多進程進行讀寫,再分組成為不同池的方法。 而作為一個DFT軟件,其內(nèi)存的占用僅僅與K點和K點需要展開的平面波數(shù)密切相關(guān)。當(dāng)然,可能還需要點其他的開銷,這些開銷在K點和平面波面前就幾乎可以忽略了,下面是典型的平面波贗勢方法的內(nèi)存開銷結(jié)構(gòu): 所以,對于給定的系統(tǒng),其內(nèi)存需求是有上限的,并不是說隨便給個體系,只要加足夠多的內(nèi)存,就能足夠的快一樣(當(dāng)然,很多不懂系統(tǒng)的人,總以為對于只使用2GB內(nèi)存的前提下,8GB內(nèi)存會比4GB內(nèi)存快)。 所以,如果一定要說同核前提下,高頻的CPU會使用更多內(nèi)存,那就只有可能是使用過程中程序根據(jù)CPU速度自動判斷了分組情況,增加了內(nèi)存池的數(shù)目而已。這個信息在castep輸出文件中,完全不算后話。 至于在Windows下和*nix下的速度問題。以CASTEP來說,給出了三種(5.5開始大概是四種)運行模式,其中不使用任何硬盤空間作為緩存的為speed方式。但是就是這個方式,在Windows下運行時,如果內(nèi)存不是非常多,并且使用的比較古老的對內(nèi)存管理比較失敗的系統(tǒng)(比如XP),那系統(tǒng)就不會完全把程序請求的空間分配在物理內(nèi)存中,而是選擇了一部分放在虛擬內(nèi)存中。對程序本身來說,這兩個部分沒有區(qū)別,但是從實際來說,這跟選擇default甚至memory方法運行本質(zhì)上區(qū)別不大,于是速度變慢。而在*nix下,則是嚴(yán)格先分配物理內(nèi)存,只有不足時才會分配到swap空間,所以*nix下時,swap空間一般都一直是0%的占用率。 另外,Windows的shell和kernel直接一體化的設(shè)計,在圖形方面響應(yīng)很好,但是在分配計算工作時就非常痛苦,所以如果用Windows版的Abinit時,如果使用所有核心計算,系統(tǒng)會卡頓得非常嚴(yán)重,不管CPU是不是很牛X,但是同樣的計算在Linux下就流暢得多。 DFT及DFT軟件的計算機使用本身是有些不確定性,但是這些不確定性都是在一定的理論范圍內(nèi)的,不至于像LS所說的那樣懸忽。 最后,不得不說,支持“內(nèi)存決定能否計算,CPU決定計算時間”的說法,這個從DFT程序的設(shè)計來說是完全合理的論斷。 |

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