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紫米粥

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[求助] DNA電泳圖，奇怪的條帶，大家?guī)臀医饨饣蠓治鱿掳?

RNA從肝臟中提取，共有兩只動物的。從左到右依次是：1號動物目的基因（380bp---PRPS）四個溫度，1號動物內參（299bp----Mgapdh）四個溫度，2號動物目的基因（380bp---PRPS）四個溫度，100bp DNA ladder ，2號動物內參（299bp----Mgapdh）四個溫度。電泳條件：100v，40min。
內參跑得比較猥瑣。。。。

目的基因在100bp有條帶是蛋白質污染么？

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1樓 2011-11-03 20:02:29

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紫米粥

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1949stone: maker很委屈啊 2011-11-03 22:12:20

是maker跑得比較猥瑣。。。

贊一下(3人)

2樓2011-11-03 20:06:15

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gao-feng

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【答案】應助回帖

是不是膠問題，應為MARKER都跑得不算很好。提高退火溫度試試。或者做一個梯度PCR優(yōu)化退火溫度。

開開心心做科研，踏踏實實做好人。

3樓2011-11-03 22:09:46

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longrna

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【答案】應助回帖

1.猥瑣問題：100bp Marker(100-1000bp)的DNA片段要用2%的gel來跑，那樣Marker就不猥瑣了。如果想跑得漂亮些，電壓不要過大，6-7V/cm
2.RNA從肝臟提��？直接合一鏈擴的嗎？100bp有條帶建議去比比引物看除了目的片段還會擴出來什么。

偉大航線....

4樓2011-11-04 09:20:11

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紫米粥

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4樓: Originally posted by longrna at 2011-11-04 09:20:11:
1.猥瑣問題：100bp Marker(100-1000bp)的DNA片段要用2%的gel來跑，那樣Marker就不猥瑣了。如果想跑得漂亮些，電壓不要過大，6-7V/cm
2.RNA從肝臟提��？直接合一鏈擴的嗎？100bp有條帶建議去比比引物看除了目的片 ...

是從肝臟提取，然后用天根的cDNA第一鏈合成試劑盒反轉。
后來把引物量和模版量都降下來了，目的片段不明顯，100bp條帶還是很多，怎么看引物還合成了什么片段呢？引物都在20bp左右，會不會是形成了引物四聚體。。。。還是引物設計得不好呢

5樓2011-11-21 09:38:04

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是膠的濃度的問題，而且你的目的條帶很少，是不是P的時候條件還沒摸出來啊，可以考慮下引物問題

6樓2011-11-21 15:08:21

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bbwalkman

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【答案】應助回帖

多大濃度的膠啊，是有點猥瑣，我感覺引物是不是有點問題啊，估計是有dimer吧、、、、

7樓2011-11-21 16:44:20

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【答案】應助回帖

4094429樓: Originally posted by 紫米粥 at 2011-11-21 09:38:04:
是從肝臟提取，然后用天根的cDNA第一鏈合成試劑盒反轉。
后來把引物量和模版量都降下來了，目的片段不明顯，100bp條帶還是很多，怎么看引物還合成了什么片段呢？引物都在20bp左右，會不會是形成了引物四聚體。。 ...

把你的模板序列（如基因組序列）和引物用軟件或是NCBI blast，看有多少個結合點
另外，若是蛋白質污染的話一般是在膠孔及附近有白帶，所以應該不是蛋白污染

8樓2012-05-03 14:24:15

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