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雪揚(yáng)0613新蟲 (初入文壇)
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[求助]
gromacs模擬離子液體，建立gro文件
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| 想用gromacs模擬離子液體在真空中的行為，自己建立了力場(chǎng)，那么它的系統(tǒng)構(gòu)型.gro文件應(yīng)該怎么獲得��？我可以用gaussian建立一個(gè)離子液體對(duì)的.pdb文件，那么如果我想模擬300個(gè)陰、陽離子對(duì)的行為，我的.pdb文件需要是300個(gè)陰、陽離子的pdb文件嗎，還是1個(gè)陰、陽離子對(duì)的.pdb就好了？另外，.pdb文件中陰、陽離子是要一起建立，還是分開建立陰、陽離子的.pdb文件？ |
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2樓2011-11-28 21:07:24
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-11-29 12:05:41
jiaoyixiong(金幣+2, 模擬EPI+1): 多謝討論交流 2011-11-29 13:56:52
雪揚(yáng)0613: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 恩，同意 2012-03-15 15:53:20
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-11-29 12:05:41
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雪揚(yáng)0613: 金幣+5, ★★★★★最佳答案, 恩，同意 2012-03-15 15:53:20
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用MS畫好陰陽離子，再用MS的AC模塊建立盒子，導(dǎo)出盒子的pdb文件，然后編程轉(zhuǎn)化為gro文件，力場(chǎng)文件估計(jì)得自己整，然后include進(jìn)top文件。。。 |
3樓2011-11-28 21:17:37
0419xuhao
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4樓2011-12-06 11:33:11
shengxiang
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵(lì)交流 2011-12-14 16:57:02
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jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵(lì)交流 2011-12-14 16:57:02
| 不贊成zyj8119的做法，正如0419xuhao說的，既然你已經(jīng)畫好了陰陽離子了，并且有了pdb了，為什么不直接將pdb轉(zhuǎn)化為gro（editconf -f **.pdb -o **.gro）呢？然后使用genbox建立盒子、添加一定數(shù)目的離子液體就是了~關(guān)于力場(chǎng)的話，就必須從文獻(xiàn)中找了，找了后自己寫好itp文件等久OK了~ |
5樓2011-12-14 09:34:31
小白如水
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到底是直接用gromacs還是用MS好呢？ 6樓2012-01-04 15:31:53
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