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雪揚(yáng)0613新蟲 (初入文壇)
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[求助]
gromacs模擬離子液體，建立gro文件
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| 想用gromacs模擬離子液體在真空中的行為，自己建立了力場，那么它的系統(tǒng)構(gòu)型.gro文件應(yīng)該怎么獲得��？我可以用gaussian建立一個離子液體對的.pdb文件，那么如果我想模擬300個陰、陽離子對的行為，我的.pdb文件需要是300個陰、陽離子的pdb文件嗎，還是1個陰、陽離子對的.pdb就好了？另外，.pdb文件中陰、陽離子是要一起建立，還是分開建立陰、陽離子的.pdb文件？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong(金幣+5): 鼓勵交流 2011-12-14 16:57:02
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| 不贊成zyj8119的做法，正如0419xuhao說的，既然你已經(jīng)畫好了陰陽離子了，并且有了pdb了，為什么不直接將pdb轉(zhuǎn)化為gro（editconf -f **.pdb -o **.gro）呢？然后使用genbox建立盒子、添加一定數(shù)目的離子液體就是了~關(guān)于力場的話，就必須從文獻(xiàn)中找了，找了后自己寫好itp文件等久OK了~ |
5樓2011-12-14 09:34:31
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