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wzgynkmlhf金蟲 (著名寫手)
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[求助]
請高手指點一下，一個加氫鍵精修的問題，軟件加氫鍵后運行不了
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我已經(jīng)到加氫鍵的那一步，我的晶體對稱性非常好，空間群是P63/m 在ins中用了 BOND $H HTAB后 在lst文件中找到氫鍵 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1A 0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ] O1-H1A 0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, z ] O1-H1B 0.860 2.306 133.83 2.967 O1W [ x, y-1, z ] O1-H1B 0.860 2.466 118.18 2.970 N1 [ -y-1, x-y-1, z ] O1W-H1WA 0.860 2.391 124.82 2.967 O1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ] O1W-H1WA 0.860 2.559 136.37 3.237 N1 [ -x+y-1, -x-1, z ] O1W-H1WB 0.860 2.668 154.35 3.464 N1 [ x-y-1, x, -z ] 然后我按照加氫鍵的方法 在ins中輸入了以下 HTAB O1 N1_$1 HTAB O1 N1_$2 HTAB O1 O1W_$3 HTAB O1 N1_$4 HTAB O1W O1_$5 HTAB O1W N1_$6 HATB O1W N1_$7 EQIV $1 -x+y, -x-1, -z+1/2 EQIV $2 -x+y, -x-1, z EQIV $3 x, y-1, z EQIV $4 -y-1, x-y-1, z EQIV $5 -x+y, -x-1, -z+1/2 EQIV $6 -x+y-1, -x-1, z EQIV $7 x-y-1, x, -z eqiv $1 -x+y, -x-1, -z+1/2 點擊保存，運行Xl 出現(xiàn)錯誤提示 ATOM NAMES NOT ALLOWED 如果我把上述的htab eqiv行刪除再運行Xl ，又可以啦。 不知道問題出在哪里？ 請高手指點。 我自己的猜想是，1，是不是因為我的晶體對稱性太好了，所以出現(xiàn)氫鍵有重復的，比如HTAB O1 N1_$1 HTAB O1 N1_$2 2，是不是 我的氫鍵超出了范圍，接近前面的5個接近3，后面的兩個大于3 不知道可否不討論呢？謝謝。 |
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