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wzgynkmlhf金蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
請(qǐng)高手指點(diǎn)一下，一個(gè)加氫鍵精修的問(wèn)題，軟件加氫鍵后運(yùn)行不了
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我已經(jīng)到加氫鍵的那一步，我的晶體對(duì)稱性非常好，空間群是P63/m 在ins中用了 BOND $H HTAB后 在lst文件中找到氫鍵 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O1-H1A 0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ] O1-H1A 0.860 2.338 125.99 2.927 N1 [ -x+y, -x-1, z ] O1-H1B 0.860 2.306 133.83 2.967 O1W [ x, y-1, z ] O1-H1B 0.860 2.466 118.18 2.970 N1 [ -y-1, x-y-1, z ] O1W-H1WA 0.860 2.391 124.82 2.967 O1 [ -x+y, -x-1, -z+1/2 ] O1W-H1WA 0.860 2.559 136.37 3.237 N1 [ -x+y-1, -x-1, z ] O1W-H1WB 0.860 2.668 154.35 3.464 N1 [ x-y-1, x, -z ] 然后我按照加氫鍵的方法 在ins中輸入了以下 HTAB O1 N1_$1 HTAB O1 N1_$2 HTAB O1 O1W_$3 HTAB O1 N1_$4 HTAB O1W O1_$5 HTAB O1W N1_$6 HATB O1W N1_$7 EQIV $1 -x+y, -x-1, -z+1/2 EQIV $2 -x+y, -x-1, z EQIV $3 x, y-1, z EQIV $4 -y-1, x-y-1, z EQIV $5 -x+y, -x-1, -z+1/2 EQIV $6 -x+y-1, -x-1, z EQIV $7 x-y-1, x, -z eqiv $1 -x+y, -x-1, -z+1/2 點(diǎn)擊保存，運(yùn)行Xl 出現(xiàn)錯(cuò)誤提示 ATOM NAMES NOT ALLOWED 如果我把上述的htab eqiv行刪除再運(yùn)行Xl ，又可以啦。 不知道問(wèn)題出在哪里？ 請(qǐng)高手指點(diǎn)。 我自己的猜想是，1，是不是因?yàn)槲业木w對(duì)稱性太好了，所以出現(xiàn)氫鍵有重復(fù)的，比如HTAB O1 N1_$1 HTAB O1 N1_$2 2，是不是 我的氫鍵超出了范圍，接近前面的5個(gè)接近3，后面的兩個(gè)大于3 不知道可否不討論呢？謝謝。 |
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4樓2011-11-14 19:56:57
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