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usoado

木蟲 (小有名氣)

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[求助] 一個(gè)GAUSSIAN簡(jiǎn)單問題，但我太鹺求助

log文件的內(nèi)容

1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14;
4//1;
5/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1,10=8/99;
Error converting string"                6.5" to an integer.
Out-of-memory error in routine RdGeom-1 (IEnd=    6750021 MxCore=          0)
Use %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /home/dgh/g09/l101.exe at Tue Nov 15 10:50:04 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

lz剛學(xué)習(xí)GAUSSIAN軟件，并按照教程裝了LINUX 64的版本G09，然后想運(yùn)行一下test里面的test000,出現(xiàn)了這個(gè)錯(cuò)誤：Segmentation fault。上面的log文件是輸出文件，大家?guī)兔纯�，我�?bashrc里面加了
export GAUSS_MEMDEF=800MW 其他的和網(wǎng)上的安裝教程一樣。這里lz電腦4核8線程，8G內(nèi)存。另外硬盤/home下的容量大概只有150G左右吧。大家看看，這該怎么解決?
謝謝。

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I'm Chinese

1樓 2011-11-15 11:00:49

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alick_cxj

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
gmy1990(金幣+2): 2011-11-15 11:15:23
usoado(金幣+2): 已經(jīng)解決了，但是謝謝你的回帖。 2011-11-17 14:22:46

已經(jīng)提示是Out-of-memory error了
而且建議你用 %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
你既然8G內(nèi)存，可以一開始就設(shè)置大點(diǎn)，如你可以在輸入文件中加%mem=500MW
其中1MW=8MB，這樣的話一般就沒什么問題了

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2樓2011-11-15 11:14:48

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usoado

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引用回帖:

2樓: Originally posted by alick_cxj at 2011-11-15 11:14:48:
已經(jīng)提示是Out-of-memory error了
而且建議你用 %mem=7MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
你既然8G內(nèi)存，可以一開始就設(shè)置大點(diǎn)，如你可以在輸入文件中加%mem=500MW
...

%mem=500MW
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional

Gaussian Test Job 00
Water with archiving

0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 109.471221

大哥。你看，我把test000的文件改成這樣，不過(guò)Segmentation fault
還是這種錯(cuò)誤。

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I'm Chinese

3樓2011-11-15 15:07:59

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usoado

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%mem=500MW
------------------------------------------------------
# SP, RHF/STO-3G punch=archive trakio scf=conventional
------------------------------------------------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/6=3,11=1,16=1,25=14,30=1,116=1/1,2,3,11,14;
4//1;
5/5=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1,10=8/99;
-----------------------------------------
Gaussian Test Job 00 Water with archiving
-----------------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                   1    0.96
H                   1    0.96    2    109.47122

   1 tetrahedral angles replaced.
1 tetrahedral angles replaced.
                        Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       8          0       0.000000 0.000000 0.000000
   2       1          0       0.000000 0.000000 0.960000
   3       1          0       0.905097 0.000000 -0.320000
---------------------------------------------------------------------
                  Distance matrix (angstroms):
                  1       2       3
   1  O 0.000000
   2  H 0.960000 0.000000
   3  H 0.960000 1.567673 0.000000
Stoichiometry H2O
Framework group  C2V[C2(O),SGV(H2)]
Deg. of freedom    2
Full point group                C2V    NOp 4
Largest Abelian subgroup       C2V    NOp 4
Largest concise Abelian subgroup C2    NOp 2
                     Standard orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       8          0       0.000000 0.000000 0.110851
   2       1          0       0.000000 0.783837 -0.443405
   3       1          0       0.000000 -0.783837 -0.443405
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ): 919.0227225 408.0852053 282.5991530
Standard basis: STO-3G (5D, 7F)
There are    4 symmetry adapted basis functions of A1  symmetry.
There are    0 symmetry adapted basis functions of A2  symmetry.
There are    1 symmetry adapted basis functions of B1  symmetry.
There are    2 symmetry adapted basis functions of B2  symmetry.
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
   7 basis functions, 21 primitive gaussians,    7 cartesian basis functions
   5 alpha electrons       5 beta electrons
   nuclear repulsion energy       9.1571759100 Hartrees.
NAtoms= 3 NActive= 3 NUniq= 2 SFac= 1.69D+00 NAtFMM= 80 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=    7 RedAO= T  NBF=    4    0    1    2
NBsUse=    7 1.00D-06 NBFU=    4    0    1    2

對(duì)了log變成這樣了。

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I'm Chinese

4樓2011-11-15 15:13:35

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g09root=/home/usr
GAUSS_SCRDIR=/home/usr/g09/scratch
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_MEMDEF=800MW

bashrc文件里面的內(nèi)容是這樣。
謝謝。

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I'm Chinese

5樓2011-11-15 15:50:14

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xys008

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水平不夠，進(jìn)來(lái)學(xué)習(xí)，支持

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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6樓2011-11-15 16:02:16

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找到幾種方法，不知道那種能行？
1，如果你安裝在/optg03, 只需要：
mkdir -p /opt/g03/scratch
就可以了，windows雷同, 道理就不講了,
當(dāng)然也有別的辦法，就這樣吧，能用就行。
2，兩條思路：
1、確認(rèn)程序的編譯器對(duì)應(yīng)32or64位；如果不對(duì)修改路徑，或輸入全路徑編譯：
2、修改系統(tǒng)資源的限制；
# set up environment for Intel Fortran
source /opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ifortvars.sh ia32
# set unlimited stack size
ulimit -s unlimited
找到答案了，http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2790290
木蟲們真是聰明。

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I'm Chinese

7樓2011-11-15 20:42:48

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wushidi

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話說(shuō)這兩句punch=archive trakio 是干嘛用的，說(shuō)明書里也沒找到，樓主自己做一個(gè)輸入文件試試，別用他的test

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8樓2011-11-15 20:47:04

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usoado

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引用回帖:

8樓: Originally posted by wushidi at 2011-11-15 20:47:04:
話說(shuō)這兩句punch=archive trakio 是干嘛用的，說(shuō)明書里也沒找到，樓主自己做一個(gè)輸入文件試試，別用他的test

那個(gè)我按照7樓的方法已經(jīng)通過(guò)了，不過(guò)剛學(xué)Gaussian，關(guān)鍵詞也還不清楚。高斯的軟件自己給的test總是應(yīng)該測(cè)試通過(guò)的。

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I'm Chinese

9樓2011-11-15 20:53:26

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abdoman

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
gmy1990(金幣+2): 2011-11-17 11:24:15
usoado(金幣+8): 太感謝了，我說(shuō)怎么找不到Default.Route，原來(lái)是自己建的。 2011-11-17 14:23:46

別把簡(jiǎn)單問題搞復(fù)雜了哦
樓主的問題是，計(jì)算的時(shí)候默認(rèn)的內(nèi)存太小。
但是gaussian為什么自帶的例子也會(huì)出現(xiàn)內(nèi)存不夠？不知道是不是用了多cpu。
因此可以手動(dòng)指定內(nèi)存的辦法。
%mem=700 mb 這個(gè)放在input 里面就行了。
如果說(shuō)要做測(cè)試?yán)�，�?dāng)然不可能一個(gè)個(gè)的加。
所以，建議樓主在$g09root/ 下面建一個(gè)Default.Route 的文件
內(nèi)容比如：
-M- 800mb 默認(rèn)的內(nèi)存為800mb ，當(dāng)然還可以定義很多默認(rèn)的東西，比如cpu 數(shù)目，具體google 一下Default.Route gaussian的設(shè)置吧。

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Youcompleteme.

10樓2011-11-17 08:35:07

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