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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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yjr

鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] gromacs中g(shù)enion報(bào)錯(cuò)

gromacs 命令為genion -s em.tpr -p temp.top -o sol_ion.gro -pname CU -np6 -nname CL- -nn 12 -random
我的temp.top文件：
; The force field files to be include
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "CH122cooh4.itp"
#include "oplsaa.ff/spce.itp"
[ system ]
; Name
Graphite_sheets_in water

[ molecules ]
; Compound       #mols
DND             1

SOL             3618

命令報(bào)錯(cuò)

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1樓 2011-11-20 21:21:25

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jiaoyixiong

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
ghcacj(金幣+2): 謝謝 2011-11-29 12:04:28

SOL 是鈉離子吧？
你似乎應(yīng)該檢查一下你的力場(chǎng)文件（.itp）中有沒(méi)有鈉離子的力場(chǎng)？然后力場(chǎng)中的鈉離子名字和你帖子中是否一致。

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2樓2011-11-28 21:26:19

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yjr

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19:
SOL 是鈉離子吧？
你似乎應(yīng)該檢查一下你的力場(chǎng)文件（.itp）中有沒(méi)有鈉離子的力場(chǎng)？然后力場(chǎng)中的鈉離子名字和你帖子中是否一致。

SOL是水分子，力場(chǎng)中有NA的

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3樓2011-11-28 21:39:11

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【答案】應(yīng)助回帖

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[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-18 at 13:59 ]

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4樓2012-10-18 13:58:19

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zh1987hs

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引用回帖:

2樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19
SOL 是鈉離子吧？
你似乎應(yīng)該檢查一下你的力場(chǎng)文件（.itp）中有沒(méi)有鈉離子的力場(chǎng)？然后力場(chǎng)中的鈉離子名字和你帖子中是否一致。

有點(diǎn)奇怪，這哥們加的陰離子是氯，陽(yáng)離子是銅，是不是在itp里都沒(méi)有寫(xiě)進(jìn)去啊？

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5樓2012-10-18 14:08:09

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chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-10-19 09:08:04

引用回帖:

5樓: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-18 14:08:09
有點(diǎn)奇怪，這哥們加的陰離子是氯，陽(yáng)離子是銅，是不是在itp里都沒(méi)有寫(xiě)進(jìn)去��？...

可能是他截圖沒(méi)有截下來(lái)，他這樣的問(wèn)題我也遇到過(guò)，就是在XP下編輯的 .top 文件，上傳到linux下運(yùn)行，就會(huì)提示出錯(cuò)，用個(gè)dos2unix 命令轉(zhuǎn)換一下就行了

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6樓2012-10-18 14:30:38

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