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cfmzxf84木蟲(chóng) (正式寫手)
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[求助]
sybyl對(duì)接出來(lái)的氫鍵成鍵和文獻(xiàn)報(bào)道不同，請(qǐng)幫忙看看
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做熒光素和熒光素酶分子對(duì)接，但是氫鍵的成鍵的氨基酸和文獻(xiàn)報(bào)道不同。 活性位點(diǎn)也稍有差異，請(qǐng)問(wèn)要怎么優(yōu)化分子呢？ 另再請(qǐng)教下luciferase Photinus pyralis的活性位點(diǎn)和氨基酸是如圖所示的嗎？ 謝謝各位 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
cfmzxf84(金幣+15): ★★★很有幫助 用的是GOLD，同樣的參數(shù)設(shè)置對(duì)接的結(jié)果差別蠻大的。結(jié)構(gòu)是PDB下載，GOLD貌似不用賦予電荷。謝謝 2011-12-21 16:38:35
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝多次詳細(xì)解答。 2011-12-21 18:43:58
cfmzxf84(金幣+15): ★★★很有幫助 用的是GOLD，同樣的參數(shù)設(shè)置對(duì)接的結(jié)果差別蠻大的。結(jié)構(gòu)是PDB下載，GOLD貌似不用賦予電荷。謝謝 2011-12-21 16:38:35
御劍江湖(模擬EPI+1): 謝謝多次詳細(xì)解答。 2011-12-21 18:43:58
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圖在哪里？ redock做出來(lái)構(gòu)象、氫鍵不一致再正常不過(guò)了，但是活性位點(diǎn)有差異確實(shí)不應(yīng)該啊，docking的時(shí)候活性位點(diǎn)就應(yīng)該定義好了的，怎么會(huì)出現(xiàn)差異呢？不知道你用的是什么軟件做的對(duì)接。一般這種情況下建議檢查對(duì)接配體原子類型、結(jié)構(gòu)是否準(zhǔn)確，電荷是否賦予，對(duì)接軟件的參數(shù)設(shè)置是否合理，如果配體分子沒(méi)問(wèn)題，修改參數(shù)再做對(duì)接任然無(wú)法重現(xiàn)，可以考慮換一種對(duì)接軟件試試，話說(shuō)回來(lái)，redock有一些微小的地方對(duì)接不能重現(xiàn)，也不說(shuō)明就不對(duì) |
2樓2011-12-21 16:31:13
sfwere
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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- 專業(yè): 合成藥物化學(xué)
3樓2011-12-30 11:20:04
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