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astringent銅蟲 (著名寫手)
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[求助]
gmx不認(rèn)小分子PDB殘基怎么辦？？
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初學(xué)gmx，就遇到問題了，（1）我有一個(gè)小分子的結(jié)構(gòu)，用gaussian優(yōu)化的，然后我就按照帖子上說的用CHEMOFFICE轉(zhuǎn)化成PDB，然后想用pdb2gmx命令得到top文件，但是我使用pdb2gmx時(shí)，提示.RTP文件中沒有這個(gè)小分子的殘基（我用opls力場），我該怎么辦，是不是需要我把這個(gè)小分子的殘基手動加到rtp文件中就可以？除了修改.RTP文件外，我還需要該其他的文件嗎？麻煩大家指點(diǎn)，如果我自己加殘基的話，都需要該那些文件，大致流程是什么？細(xì)節(jié)我可以看手冊。因?yàn)槌鯇W(xué)，我怕我自己寫的東西出錯，影響整個(gè).RTP文件不能用啊？請問各位，有沒有其他方法？ （2）另外我在看gmx自帶的ethonal.itp文件時(shí)發(fā)現(xiàn)，所用的電荷并不是從力場中語原子類型直接對應(yīng)的電荷？我想問，itp文件中的電荷可以自己隨便改？ （3）如果自己在寫top文件時(shí)，比如寫一個(gè)angle 2 1 3 和3 1 2是不是對計(jì)算結(jié)果無影響？另外，我發(fā)現(xiàn)我在寫top是很容易漏掉某些角度和二面角啊，大家有沒有這種經(jīng)歷？有沒有什么好方法，一次性將角度，二面角都寫全？ 問題有點(diǎn)多，請大家指點(diǎn)，不甚感激 |
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你在gmx中用oplsaa力場的話，建議你使用軟件acpype http://code.google.com/p/acpype/ 它可以直接產(chǎn)生可以使用的itp文件 對于電荷的話，你可以使用量化方法算出的電荷如resp取代itp中得電荷 |
3樓2011-11-26 09:19:23
astringent
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5樓2011-11-28 08:38:58
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