 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1494 | 回復(fù): 4 | |||
astringent銅蟲 (著名寫手)
|
[求助]
gmx不認(rèn)小分子PDB殘基怎么辦？？
|
|
初學(xué)gmx，就遇到問(wèn)題了，（1）我有一個(gè)小分子的結(jié)構(gòu)，用gaussian優(yōu)化的，然后我就按照帖子上說(shuō)的用CHEMOFFICE轉(zhuǎn)化成PDB，然后想用pdb2gmx命令得到top文件，但是我使用pdb2gmx時(shí)，提示.RTP文件中沒有這個(gè)小分子的殘基（我用opls力場(chǎng)），我該怎么辦，是不是需要我把這個(gè)小分子的殘基手動(dòng)加到rtp文件中就可以？除了修改.RTP文件外，我還需要該其他的文件嗎？麻煩大家指點(diǎn)，如果我自己加殘基的話，都需要該那些文件，大致流程是什么？細(xì)節(jié)我可以看手冊(cè)。因?yàn)槌鯇W(xué)，我怕我自己寫的東西出錯(cuò)，影響整個(gè).RTP文件不能用��？請(qǐng)問(wèn)各位，有沒有其他方法？ （2）另外我在看gmx自帶的ethonal.itp文件時(shí)發(fā)現(xiàn)，所用的電荷并不是從力場(chǎng)中語(yǔ)原子類型直接對(duì)應(yīng)的電荷？我想問(wèn)，itp文件中的電荷可以自己隨便改？ （3）如果自己在寫top文件時(shí)，比如寫一個(gè)angle 2 1 3 和3 1 2是不是對(duì)計(jì)算結(jié)果無(wú)影響？另外，我發(fā)現(xiàn)我在寫top是很容易漏掉某些角度和二面角啊，大家有沒有這種經(jīng)歷？有沒有什么好方法，一次性將角度，二面角都寫全？ 問(wèn)題有點(diǎn)多，請(qǐng)大家指點(diǎn)，不甚感激 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
302求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
考研求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085601專碩，總分342求調(diào)劑，地區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085601材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
296求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級(jí)已過(guò)，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 分子進(jìn)化
已經(jīng)有60人回復(fù)
- 求助蛋白純化的高手
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 氨芐平板
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 關(guān)于構(gòu)建細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室的細(xì)節(jié)問(wèn)題
已經(jīng)有35人回復(fù)
- PNIPAm制備過(guò)程中是否需要氮?dú)獗Ｗo(hù)？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 環(huán)氧樹脂固化問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 鋰離子電池硅基材料相關(guān)課題組求解？
已經(jīng)有26人回復(fù)
- 求助關(guān)于PEGMA
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 求助-基因克隆及引物設(shè)計(jì)的問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 24孔板細(xì)胞可以提RNA和蛋白嗎
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 羥乙基磺酸鈉有什么溶劑可以溶解啊
已經(jīng)有11人回復(fù)
- gromacs 運(yùn)行pdb2gmx中出錯(cuò)，pdb2gmx: error while loading shared libraries
已經(jīng)有3人回復(fù)
- [新手求教]安裝Gromacs后，查看pdb2gmx命令，顯示無(wú)此命令
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【專家會(huì)診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復(fù)
yanghua0378
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1256.1
- 帖子: 84
- 在線: 159.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 541901
- 注冊(cè): 2008-04-08
- 性別: MM
- 專業(yè): 化學(xué)動(dòng)力學(xué)
★ ★ ★
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-11-26 19:43:03
jiaoyixiong(金幣+1, 模擬EPI+1): 2011-11-28 20:57:13
jiaoyixiong(金幣+10): 多謝指教 2011-11-28 20:58:49
cenwanglai(金幣-10, 模擬EPI-1): 不能重復(fù)獎(jiǎng)勵(lì)。注意EPI授予標(biāo)準(zhǔn)。一般回帖給金幣獎(jiǎng)勵(lì)就好�；卮鸬暮芎玫牟沤o予EPI~ 2011-11-28 23:35:56
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-11-26 19:43:03
jiaoyixiong(金幣+1, 模擬EPI+1): 2011-11-28 20:57:13
jiaoyixiong(金幣+10): 多謝指教 2011-11-28 20:58:49
cenwanglai(金幣-10, 模擬EPI-1): 不能重復(fù)獎(jiǎng)勵(lì)。注意EPI授予標(biāo)準(zhǔn)。一般回帖給金幣獎(jiǎng)勵(lì)就好�；卮鸬暮芎玫牟沤o予EPI~ 2011-11-28 23:35:56
| 好像是力場(chǎng)的問(wèn)題，要自己寫才行 |
2樓2011-11-25 16:07:23
jawang
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3533.7
- 散金: 43
- 紅花: 1
- 帖子: 376
- 在線: 214.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 838608
- 注冊(cè): 2009-09-02
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-11-26 19:43:11
astringent(金幣+10): 2011-11-28 04:51:21
astringent(金幣+5): 2011-11-29 19:51:35
御劍江湖(金幣+4): 謝謝 2011-11-26 19:43:11
astringent(金幣+10): 2011-11-28 04:51:21
astringent(金幣+5): 2011-11-29 19:51:35
|
你在gmx中用oplsaa力場(chǎng)的話，建議你使用軟件acpype http://code.google.com/p/acpype/ 它可以直接產(chǎn)生可以使用的itp文件 對(duì)于電荷的話，你可以使用量化方法算出的電荷如resp取代itp中得電荷 |
3樓2011-11-26 09:19:23
astringent
銅蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
- 金幣: 2210.7
- 散金: 1233
- 紅花: 4
- 帖子: 1180
- 在線: 354.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 900839
- 注冊(cè): 2009-11-12
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
4樓2011-11-28 04:59:27
jawang
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3533.7
- 散金: 43
- 紅花: 1
- 帖子: 376
- 在線: 214.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 838608
- 注冊(cè): 2009-09-02
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
5樓2011-11-28 08:38:58
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 astringent 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[基金申請(qǐng)] 被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)319求調(diào)劑 +4 | 錦鯉0909 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院-課題組招收2026級(jí)食品/生物方向碩士 +3 | 1喜春8 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +8 | 冬十三 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | p asserby. 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 26考研求調(diào)劑 +6 | 丶宏Sir 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八旬速覽 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +5 | 時(shí)間點(diǎn) 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +3 | lemonzzn 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
今年的國(guó)基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600調(diào)劑 +5 | 漾漾123sun 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 22408總分284求調(diào)劑 +3 | InAspic 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297一志愿上交085600求調(diào)劑 +5 | 指尖八千里 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +4 | 學(xué)海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | Dizzy123@ 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +3 | miaodesi 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +6 | Liyouyumairs 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程調(diào)劑 +4 | 咪咪空空 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料301分求調(diào)劑 +5 | Liyouyumairs 2026-03-12 | 5/250 |
|