 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2099 | 回復(fù): 2 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
Autodock操作過程中的一些疑惑求解答
|
||
|
本人在Autodock自動(dòng)對(duì)接中有些疑惑求解答。 1。首先是關(guān)于配體中加氫，通常是加極性氫，之前我一直以為是以為是由于去水的原因，導(dǎo)致一些氫原子被去掉了，所以需要加上氫，因?yàn)闅鋾?huì)參與到對(duì)接的兩個(gè)分子中的相互作用。但是現(xiàn)在看來并不是這樣，那請(qǐng)問這里面加的極性氫到底是個(gè)怎么樣的概念？ 比如，我的配體明明是個(gè)分子，去水，加極性氫，加電荷，居然顯示分子帶電荷（分子電荷不應(yīng)該是0么）。 2。對(duì)實(shí)驗(yàn)的受體去水，加極性氫，加電荷，當(dāng)時(shí)電荷為0�？墒牵跍�(zhǔn)備格點(diǎn)計(jì)算的時(shí)候，打開Grid→Macromolecule→Open，有對(duì)話框彈出。顯示警告： Non-integral charge on BOBPIR:4.5665 correct 1 residues: 0 0.4335 這是怎么會(huì)事？哪里跑出來的電荷？ 3。在格子設(shè)置的時(shí)候有x,y,z三個(gè)數(shù)值顯示，據(jù)說是小分子中心的坐標(biāo)，請(qǐng)問這個(gè)有什么用么？ 以上，操作如果馬虎點(diǎn)也可以計(jì)算的下去，但是我不知道這樣的結(jié)果可不可信，所以集思廣意，求解答。謝謝。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
309求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
省雙一流重點(diǎn)一本大學(xué)招收調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
267求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
359求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北京科技大學(xué)材料學(xué)碩328分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
08工科275分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
309分085801求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 關(guān)于AUTODOCK學(xué)習(xí)后的一些疑惑求解。
已經(jīng)有4人回復(fù)
- Autodock的操作流程---win下
已經(jīng)有565人回復(fù)
- Autodock時(shí) gridbox的參數(shù)怎么設(shè)置??
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 【求助】Autodock分析請(qǐng)教
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【討論】弱弱的問一句，為什么ubuntu不適合做autodock的操作系統(tǒng)
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 【求助】linux系統(tǒng)怎么安裝撥號(hào)上網(wǎng)，怎么在linux安裝autodock
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】用什么軟件進(jìn)行AUTODOCK前處理
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】AUTODOCK的一個(gè)問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于Autodock中Grid中的問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】AutoDock使用筆記總結(jié)－原創(chuàng)始發(fā)
已經(jīng)有32人回復(fù)
zhang360
新蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1012.3
- 紅花: 3
- 帖子: 687
- 在線: 82.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2968599
- 注冊(cè): 2014-02-14
- 專業(yè): 中藥藥效物質(zhì)
3樓2016-07-09 17:34:11
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
可米kemi(金幣+10): 謝謝回答。也就是第一個(gè)問題有可能是軟件的原因。而關(guān)于電荷是正常的。第三個(gè)問題，我剛找到一個(gè)你的回帖，上面有介紹怎樣看xyz坐標(biāo)的，那我想能不能第一次對(duì)接完畢后，用Gaussian看看中心原子的坐標(biāo)，然后再次對(duì)接的時(shí)候，參照此坐標(biāo)，會(huì)不會(huì)結(jié)果準(zhǔn)確點(diǎn)呢？ 2011-12-02 14:47:30
chaizhm(金幣+3): 2011-12-02 16:46:03
可米kemi(金幣+10): 謝謝回答。也就是第一個(gè)問題有可能是軟件的原因。而關(guān)于電荷是正常的。第三個(gè)問題，我剛找到一個(gè)你的回帖，上面有介紹怎樣看xyz坐標(biāo)的，那我想能不能第一次對(duì)接完畢后，用Gaussian看看中心原子的坐標(biāo)，然后再次對(duì)接的時(shí)候，參照此坐標(biāo)，會(huì)不會(huì)結(jié)果準(zhǔn)確點(diǎn)呢？ 2011-12-02 14:47:30
chaizhm(金幣+3): 2011-12-02 16:46:03
|
對(duì)第1個(gè)和第3個(gè)問題談?wù)勛约旱南敕ǎ?br />
1.因?yàn)樵谟?jì)算結(jié)合能量的時(shí)候，需要考慮到配體和受體之間是否會(huì)形成氫鍵，所以配體上的極性氫要加上，如果你的配體是自己畫出來的，有些程序是默認(rèn)沒有氫的，所以需要加氫。分子帶電荷是很正常的，比如對(duì)硝基苯酚，當(dāng)它處在不同的pH中，他的分子態(tài)和離子態(tài)是會(huì)共存的，且隨著pH的變化兩者的比例也會(huì)變，這和你物質(zhì)本身的性質(zhì)是有關(guān)系的。 3.格點(diǎn)中心只是為了確定你的盒子是否能包含整個(gè)活性位點(diǎn)，如果你的活性位點(diǎn)事先有人報(bào)道過，比如殘基A,那么你就可以把grid的中心設(shè)成那個(gè)殘基的一個(gè)原子，不一定要是配體的中心 |
2樓2011-12-02 14:02:04
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 08工科275分求調(diào)劑 +4 | AaAa7420 2026-03-31 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 288求調(diào)劑 一志愿哈工大 材料與化工 +14 | 洛神哥哥 2026-03-31 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 085601英二數(shù)二求調(diào)劑 總分325 +4 | 余航航 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑，一志愿西北工業(yè)大學(xué)，材料工程（085601） +6 | 小小機(jī)靈蟲 2026-03-29 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩總分317求調(diào)劑！�。�！ +6 | Acaciad 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +6 | 邱gl 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +8 | 愛羈絆 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué) 296 求調(diào)劑 +7 | 朵朵- 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 本科211安全工程，初試290分，求調(diào)劑 +3 | 2719846834 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑求院校招收 +7 | 鶴鯨鴿 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿大連理工大學(xué)，機(jī)械工程學(xué)碩，341 +3 | 西瓜田的守望者 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)324求調(diào)劑 +9 | hanamiko 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +7 | DLkz1314. 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 生物技術(shù)與工程 +7 | 1294608413 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 【求調(diào)劑】085601材料工程專碩 | 總分272 | +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 352分-085602-一志愿985 +5 | 海納百川Ly 2026-03-29 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 315分求調(diào)劑 +7 | 26考研上岸版26 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑11408 +3 | 劉小鹿lu 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)303求調(diào)劑 +5 | 睿08 2026-03-25 | 5/250 |
|