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秋雨子

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[求助] homo和lumo批量提取的腳本

最近在弄一批分子，一萬個(gè)左右，想提取其中的homo和lumo能量值，但是發(fā)現(xiàn)很難實(shí)現(xiàn)，因?yàn)椴沤佑|腳本半年，還是自學(xué)的，所以搞不定了，有哪位大俠給個(gè)小腳本？我只會(huì)一點(diǎn)shell，提取個(gè)Energy還行，homo和lumo不好提取，若可以分享一下不勝感激！

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To the time to life, rather than to life in time

1樓 2011-12-05 22:47:40

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asaka

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金幣+5): 2011-12-11 20:10:45
秋雨子(金幣+20): 謝謝您的費(fèi)心！只怪我學(xué)藝不精，只會(huì)shell！仍然非常感謝 2011-12-11 20:28:37

說一下我的想法�。�

首先用grep把有用的輸出信息過濾一下：
一個(gè)是分割各個(gè)計(jì)算結(jié)果，免得把好幾個(gè)計(jì)算的信息混在一起，
另外也是樓主要求的，只輸出最后的結(jié)果，
另一個(gè)就是各個(gè)軌道能的數(shù)據(jù)。

然后把占據(jù)軌道的能級(jí)收集起來，取最大值，就是HOMO
以及把空軌道的能級(jí)收集起來，取最小值，就是LUMO
但是shell沒有數(shù)學(xué)計(jì)算的功能，只好借用一下python命令

CODE:

#!/bin/sh

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for file in $*; do

  echo "File : $file"

  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp

  while read line; do

    case $line in

      *$block*)

        eocc='' ;

        evir='' ;;

      *$occst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;

        eocc=`echo $eocc $data` ;;

      *$virst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst\(.*\)$/\1/"` ;

        evir=`echo $evir $data` ;;

    esac

  done < tmp

  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`

  echo "  HOMO :" `python -c "print max($data)"`

  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`

  echo "  LUMO :" `python -c "print min($data)"`

  rm tmp

done

以上程序需要bash和python就可以運(yùn)行，測試LZ的文件，輸出如下：
$ sh homolumo Row1.log
File : Row1.log
HOMO : -0.40657
LUMO : 0.13145
其中homolumo是上面shell的文件名。

當(dāng)然樓主可能有其他類型的輸出文件，
修改shell程序中部分的關(guān)鍵字和流程，應(yīng)該可以應(yīng)付其他情況。
block='Population' #不同計(jì)算間的分割行
eigen='eigenvalues' #包含軌道能級(jí)的輸出行
occst='occ' #標(biāo)記占據(jù)軌道的字符
virst='vir' #標(biāo)記空軌道的字符
sepst='--' #分割信息和能級(jí)數(shù)據(jù)的字符

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秋雨子

9樓2011-12-09 04:13:39

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asaka

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金幣+5): 2011-12-11 20:11:12

上面的帖子不能修改。稍微修改了一下程序，
速度快一點(diǎn)，另外避免了數(shù)據(jù)多于255個(gè)時(shí)python出錯(cuò)的情況。

CODE:

#!/bin/sh

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for file in $*; do

  grep "\($block\|$eigen\)" $file > tmp

  while read line; do

    case $line in

      *$block*)

        eocc='' ;

        evir='' ;;

      *$occst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;

        eocc="$eocc $data" ;;

      *$virst*)

        data=`echo $line | sed "s/^.*$sepst//"` ;

        evir="$evir $data" ;;

    esac

  done < tmp

  rm tmp

  echo "File : $file"

  data=`echo $eocc | sed "s/ /,/g"`

  [ ! -z "$data" ] && echo "  HOMO :" `python -c "print max(($data))"`

  data=`echo $evir | sed "s/ /,/g"`

  [ ! -z "$data" ] && echo "  LUMO :" `python -c "print min(($data))"`

done

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10樓2011-12-09 06:02:46

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沒有人回復(fù)呢？！

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2樓2011-12-06 14:11:26

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3樓2011-12-07 11:23:16

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abbott

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小紅豆(金幣+2): 感謝交流。 2011-12-14 18:07:53

你先貼一個(gè)樣板文件,,,,
否則誰知道你要從什么文檔中提取你要的東西啊.

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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!

4樓2011-12-08 10:57:14

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最近不小心寫了個(gè)shell腳本，也是糾結(jié)了好久才完成。

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5樓2011-12-08 22:14:39

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引用回帖:

4樓: Originally posted by abbott at 2011-12-08 10:57:14:
你先貼一個(gè)樣板文件,,,,
否則誰知道你要從什么文檔中提取你要的東西啊.

謝謝提醒~，貼個(gè)輸出文件，就是最簡單的優(yōu)化和頻率計(jì)算，因?yàn)閮?yōu)化會(huì)計(jì)算好幾圈，想提取最后一次優(yōu)化的homo和lumo，但是找不到唯一區(qū)別的關(guān)鍵詞，不知道說清楚沒有，我是入門新手希望交流！

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附件 1 : Row1.log

2011-12-08 22:46:50, 2.38 M

To the time to life, rather than to life in time

6樓2011-12-08 22:46:55

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引用回帖:

5樓: Originally posted by ZDBWHZ at 2011-12-08 22:14:39:
最近不小心寫了個(gè)shell腳本，也是糾結(jié)了好久才完成。

是提取homo，lumo的嗎？可以分享下嗎？

我的shell幾乎是自學(xué)的，寫著很蹩腳，簡單還行，復(fù)雜就不行了

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To the time to life, rather than to life in time

7樓2011-12-08 22:49:39

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小紅豆(金幣+3): 感謝交流。 2011-12-14 18:08:11

fortran and shell，各有一個(gè)

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8樓2011-12-08 23:14:32

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