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asaka

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★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金幣+5): 2011-12-11 20:11:34

shell版實(shí)在是太慢，既然要用到python，那就純python吧，速度快多了。

CODE:

#!/usr/bin/env python

import sys

block='Population'

eigen='eigenvalues'

occst='occ'

virst='vir'

sepst='--'

for filename in sys.argv[1:] :

  f=open(filename,'r')

  txt=f.read().splitlines()

  f.close()

  for line in txt :

    if line.find(block) > -1 or line.find(eigen) > -1 :

      if line.find(block) > -1 :

        eocc=[]

        evir=[]

      elif line.find(occst) > -1 :

        data=line.split(sepst)[1]

        eocc=eocc+[float(i) for i in data.split()]

      elif line.find(virst) > -1 :

        data=line.split(sepst)[1]

        evir=evir+[float(i) for i in data.split()]

  print "File :",filename

  if len(eocc) > 0 : print "  HOMO :",max(eocc)

  if len(evir) > 0 : print "  LUMO :",min(evir)

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11樓2011-12-09 17:40:15

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引用回帖:

9樓: Originally posted by asaka at 2011-12-09 04:13:39:
說(shuō)一下我的想法�。�

首先用grep把有用的輸出信息過(guò)濾一下：
一個(gè)是分割各個(gè)計(jì)算結(jié)果，免得把好幾個(gè)計(jì)算的信息混在一起，
另外也是樓主要求的，只輸出最后的結(jié)果，
另一個(gè)就是各個(gè)軌道能的數(shù)據(jù)。

然后把占 ...

非常感謝您的不吝賜教！思路很清晰，不過(guò)我還有一點(diǎn)小問(wèn)題，麻煩您再解答一下，我只會(huì)用一點(diǎn)shell，python不知道怎么用，我把您的命令粘帖到text里面，運(yùn)行了一下沒(méi)有輸出文件，我把后面的python寫的那兩行刪了，讓程序輸出到一個(gè)文件a里面，里面什么也沒(méi)有，實(shí)在是初學(xué)加自學(xué)，希望高手可以耐心解釋下！

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To the time to life, rather than to life in time

12樓2011-12-09 21:38:52

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引用回帖:

12樓: Originally posted by 秋雨子 at 2011-12-09 21:38:52:
非常感謝您的不吝賜教！思路很清晰，不過(guò)我還有一點(diǎn)小問(wèn)題，麻煩您再解答一下，我只會(huì)用一點(diǎn)shell，python不知道怎么用，我把您的命令粘帖到text里面，運(yùn)行了一下沒(méi)有輸出文件，我把后面的python寫的那兩行刪了 ...

補(bǔ)充一下，我的文件全是以row001.log，row002.log這種格式命名的，一共一兩萬(wàn)個(gè)，分子都是opt+freq，所以輸出文件沒(méi)有什么太大的不同，只是優(yōu)化的圈數(shù)不同，文件內(nèi)容如原來(lái)上傳的row1.log。

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To the time to life, rather than to life in time

13樓2011-12-09 21:43:37

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引用回帖:

11樓: Originally posted by asaka at 2011-12-09 17:40:15:
shell版實(shí)在是太慢，既然要用到python，那就純python吧，速度快多了。
[code]
#!/usr/bin/env python
import sys
block='Population'
eigen='eigenvalues'
occst='occ'
virst='vir'
sepst='--'
for file ...

剛痛苦的自學(xué)了半年的shell，不會(huì)還得再自學(xué)python吧！能不能寫個(gè)單純的shell的程序啊？將非常感謝，并奉上金幣！

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14樓2011-12-09 21:52:40

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金幣+5): 2011-12-11 20:12:00
秋雨子(金幣+10): 非常感謝！謝謝交流！我試了下輸出的只有文件名字，沒(méi)有homo，lumo能量，還是我太笨，再仔細(xì)研究下！仍然感謝！ 2011-12-11 20:32:30

我來(lái)段bash吧獻(xiàn)拙了

CODE:

#!/bin/bash

# print homo lumo energy of gaussian output

# usage: print_homo_lumo filename(s)

for file in "$@"

do

 echo $file

 tac $file | tr "\n" "@" | egrep -o "@ Alpha virt\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues" tio2.rev| tr "@" "\n" | head -n3 | awk '{if ($2 == "virt.") print $1" LUMO "$5; if($2 == "occ."){i=NF; print $1" HOMO "$i} }'

done

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15樓2011-12-10 02:54:54

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金幣+5): 2011-12-11 20:12:18
秋雨子(金幣+40): 沒(méi)有錯(cuò)誤，不用修改可以直接搞定！也不用再學(xué)習(xí)新的語(yǔ)言，非常感謝！ 2011-12-11 20:26:28

直接shell:
#!/bin/sh
# ZDB, HNU, 2011/11/15.
# ZDB, HNU, 2011/11/23 modified to be more pratical.
`ls -l *.log | awk '{print $9}' | sed 's/.log//g' > file_list`
cat file_list | while read each_file
do
file1=./$each_file".log"
HOMO=`grep 'Alpha  occ.' $file1 | tail -n 1 | awk '{print $NF}'`
`grep '^.Alpha virt.' $file1 > tmp`
total_line=`awk '{print $1}' tmp | wc -l`
blockflag=`grep 'Population analysis' $file1 | wc -l`
if [ $blockflag == "1" ]
then
      start_n=`expr ${total_line} \* 1 / 2 + 1`
elif [ $blockflag == "2" ]
then
      start_n=`expr ${total_line} \* 1 / 2 + 1`
else
      start_n=`expr ${total_line} \* 2 / 3 + 1`
fi
LUMO=`sed -n ''$start_n'p' tmp | awk '{print $5}'`
echo $each_file $HOMO $LUMO >> extract.txt
done

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16樓2011-12-10 13:31:18

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
zhou2009(金幣+2): 2011-12-11 20:13:03

這樣最后的txt文檔數(shù)據(jù)可以導(dǎo)入到origin等軟件，再轉(zhuǎn)到Excel進(jìn)行后續(xù)的DFRT指數(shù)計(jì)算。

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17樓2011-12-10 13:32:46

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zhou2009(金幣+3): 2011-12-11 20:13:17

以上作者只考慮閉殼層計(jì)算的情況，你有開(kāi)殼層的計(jì)算嗎？那時(shí)候你需要總的HOMO,LUMO還是分別alpha以及beta的HOMO和LUMO?
他們的程序都只有一點(diǎn)小問(wèn)題，相信LZ可以搞定。
mchen10 的程序少了一個(gè) |，多了一個(gè)奇怪的tio2.rev
ZDBWHZ 的程序用ls -l *.log可能會(huì)碰到兼容性問(wèn)題，還不如直接ls *.log | sed .

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18樓2011-12-10 16:33:17

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

18樓: Originally posted by asaka at 2011-12-09 20:33:17:
以上作者只考慮閉殼層計(jì)算的情況，你有開(kāi)殼層的計(jì)算嗎？那時(shí)候你需要總的HOMO,LUMO還是分別alpha以及beta的HOMO和LUMO?
他們的程序都只有一點(diǎn)小問(wèn)題，相信LZ可以搞定。
mchen10 的程序少了一個(gè) |，多了一個(gè)奇怪 ...

CODE:

#!/bin/bash

# print homo lumo energy of gaussian output

# usage: print_homo_lumo filename(s)

for file in "$@"

do

echo $file

tac $file | tr "\n" "@" | egrep -o "@ Alpha virt\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues.{0,75}@ Alpha  occ\. eigenvalues" | tr "@" "\n" | head -n3 | awk '{if ($2 == "virt.") print $1" LUMO "$5; if($2 == "occ."){i=NF; print $1" HOMO "$i} }'

done

抱歉，tio2.rev是測(cè)試產(chǎn)物去掉就好了（留著也不影響）
至于開(kāi)殼閉殼的問(wèn)題，我們給個(gè)思路樓主如果什么都讓別人來(lái)搞定就算程序可以用真正的收益也就那么一點(diǎn)點(diǎn)

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19樓2011-12-11 04:06:32

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16樓: Originally posted by ZDBWHZ at 2011-12-10 13:31:18:
直接shell:
#!/bin/sh
# ZDB, HNU, 2011/11/15.
# ZDB, HNU, 2011/11/23 modified to be more pratical.
`ls -l *.log | awk '{print $9}' | sed 's/.log//g' > file_list`
cat file_list | while read ...

非常感謝！完美的解決了我的問(wèn)題！不勝感激！話不多說(shuō)了，通知版主奉上金幣，也非常謝謝您能分享這個(gè)腳本，讓菜鳥可以多學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)！

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20樓2011-12-11 20:04:32

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