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多態(tài)性條帶怎么統(tǒng)計(jì)？有圖，大家?guī)蛶兔�。謝謝
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我做ISSR的，這張圖，是9個(gè)個(gè)體，一對(duì)引物得到的結(jié)果。很多說法是計(jì)0和1，但是如果是不同的電泳圖，產(chǎn)物的位置可能會(huì)有差異，這個(gè)多態(tài)位點(diǎn)還可靠嗎？有沒有介紹統(tǒng)計(jì)這些圖的資料啊？文獻(xiàn)說的也不全，搞不懂啊。急死人了 ，謝謝各位高手幫忙！[ Last edited by 1949stone on 2011-12-27 at 12:59 ] |
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 【分子生物】EPI帖 |
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Sarah_Shy
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【答案】應(yīng)助回帖
陳年芬芳: 回帖置頂 2011-12-09 20:03:40
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
1949stone(MolEPI+1): very good 2011-12-27 12:59:23
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這個(gè)條帶統(tǒng)計(jì)是蠻煩的，你們實(shí)驗(yàn)室沒人做嗎？可以請(qǐng)教下。我畢業(yè)論文就是做的就是這個(gè)，在這里我怕說了你也很難理解。我將就說一下看你自己理解吧。 統(tǒng)計(jì)條帶你是先看同一個(gè)引物所有樣品總共得到多少個(gè)位點(diǎn)，然后再分別看每一個(gè)樣品哪個(gè)位點(diǎn)沒條帶就記為0，哪個(gè)位點(diǎn)有條帶記為1. 就比如你這張圖，9個(gè)樣，總共有5個(gè)位點(diǎn)，為了方便我這里從上往下標(biāo)注為1,2,3,4,5。第一個(gè)樣3和5的位點(diǎn)上有條帶，記為00101。第二個(gè)樣和第三個(gè)樣時(shí)一樣的都是3位點(diǎn)上有，記為00100.第四個(gè)1,5位點(diǎn)有，記為10001.第五個(gè)樣1,2,5位點(diǎn)有，記為11001.第六個(gè)樣1.2.4位點(diǎn)有，記為11010.第七個(gè)樣3.5位點(diǎn)有，記為00101.。。。下面你自己看吧，應(yīng)該能理解了吧。 至于統(tǒng)計(jì)軟件一般文獻(xiàn)上都是有的，你自己好好查查看吧，不同的軟件用于不同的分析。 |
4樓2011-12-09 15:54:03
Sarah_Shy
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【答案】應(yīng)助回帖
陳年芬芳: 回帖置頂 2011-12-12 12:13:55
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基本上，一個(gè)引物對(duì)不同樣本的擴(kuò)增得到的條帶都差不多，你可以對(duì)比maker看條帶大致的位置，縱觀一個(gè)引物所有樣本的擴(kuò)增條帶，大致確定有多少條帶，條帶大小為多少，然后再分別看每個(gè)樣本的帶型進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。分子標(biāo)記最后的條帶本來就是靠人為的統(tǒng)計(jì)，只能靠自己的感覺去判定。這個(gè)0，1矩陣的輸入真的是很累人的一件事情，膠圖一定要跑的好將來會(huì)方便很多。 有什么問題你再問吧，我可能不能及時(shí)回答你，但一有空就會(huì)上來看的。你現(xiàn)在先把條件優(yōu)化的好一點(diǎn)，爭取把膠圖跑好，統(tǒng)計(jì)條帶要等所有樣本都跑完了才能統(tǒng)計(jì)，所以也不及。做PCR跑膠也是一個(gè)很耗時(shí)間的事情。 |
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陳年芬芳7樓2011-12-11 21:17:27
8樓2011-12-12 12:13:29
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
陳年芬芳(金幣+2): ★★★很有幫助 謝謝啦！很有幫助！ 2011-12-27 12:40:54
wanhscn(金幣+6): 鼓勵(lì)應(yīng)助！很好！先記下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
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wanhscn(金幣+6): 鼓勵(lì)應(yīng)助！很好！先記下 whs！ 2011-12-27 14:39:16
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補(bǔ)充一些內(nèi)容： 將所有樣品跑出圖后，可以用gel-pro analyzer進(jìn)行定量分析，因?yàn)檫@個(gè)軟件可以根據(jù)不同分子量在容許范圍內(nèi)列出不同行，例如： 3886 3857 2182 2200 1985 1985 1776 1788 1776 1600 1624 1612 1400 1400 1330 1390 1192 1136 1192 994 994 這樣可以手動(dòng)將有數(shù)字的改成“1”，沒數(shù)字的改成“0“，然后用NTSYS軟件進(jìn)行聚類分析，構(gòu)建樹狀圖。 提示：電泳盡量要跑好跑齊，最好有兩個(gè)或多個(gè)標(biāo)準(zhǔn)分子量，這樣在構(gòu)建樹狀圖時(shí)可以觀察標(biāo)準(zhǔn)分子量的相似度是否很高，如果不高，說明電泳效果很差。 |
9樓2011-12-27 10:57:33
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23樓2015-01-08 13:22:05
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