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[求助]
求高手指導(dǎo)，三分子體系幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化
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要做反應(yīng)機理分析，優(yōu)化反應(yīng)物結(jié)構(gòu)，有分子篩，乙烯，苯三個分子，分子篩是催化劑，選用4T團簇。 優(yōu)化幾何結(jié)構(gòu)時總是不收斂，即使gaussian job完成了，結(jié)構(gòu)也和文獻中的相差甚遠。不清楚到底是怎么回事。同樣的體系，有的文獻說固定了分子篩的部分坐標(biāo)，有的文獻說先找的過渡態(tài)，然后向前找的反應(yīng)物結(jié)構(gòu)，我也曾嘗試過固定分子篩，但是優(yōu)化出來還是不一樣，找過渡態(tài)有些難，總是計算終止。 現(xiàn)在我的理解是：幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化的初猜結(jié)構(gòu)建的不好，沒有處理好分子之間的距離和角度。 很無奈，求高手指點一下，有多個反應(yīng)分子這樣的體系，一般進行幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時候，關(guān)鍵問題是什么，最容易犯什么錯誤？ 下面是我優(yōu)化后結(jié)構(gòu)與文獻中結(jié)構(gòu)的對比。我優(yōu)化的結(jié)構(gòu)，苯分子總是被擠到分子篩邊緣。。。 我滴結(jié)果 文獻滴結(jié)構(gòu) |
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乙烯和苯應(yīng)該是共吸附在分子篩上的，苯環(huán)應(yīng)該是吸附于分子篩的上方，苯環(huán)上的氫與分子篩上的氧應(yīng)該有弱相互作用的。但我優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)顯示，分子篩末端硅原子上的氫，與苯環(huán)的上的碳形成了較強的相互作用。這顯然不對。因為文獻中苯環(huán)上的氫，進攻的是分子篩上的氧原子。。。哎。。。怎么優(yōu)化都是苯環(huán)被邊緣硅原子上的氫吸引過去了。 曾經(jīng)優(yōu)化到比較好的結(jié)構(gòu)，并且在這個好的結(jié)構(gòu)附近振蕩了一段時間，但最后苯環(huán)還是脫離那個位置，被擠到了邊兒上。真不知道咋整了。。。 |
2樓2011-12-28 11:10:38
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