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SCUZhang

新蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] Ow-H...O的形成判斷問(wèn)題

小弟不是很懂晶體，但最近投的一篇文章涉及到一個(gè)晶體，回來(lái)的審稿意見(jiàn)中提出氫鍵（Ow-H...O)的形成與否應(yīng)該看給體和受體間的距離，而我的晶體數(shù)據(jù)中只標(biāo)注（Ow-H...O)的距離小于范德華半徑。
好像有文章說(shuō)不能只和范德華半徑相比，那樣不準(zhǔn)確。小弟就不是很清楚怎么來(lái)判定H鍵形成了沒(méi)？這個(gè)應(yīng)該和什么進(jìn)行比較來(lái)最終判定H鍵的形成與否？是需要和數(shù)據(jù)庫(kù)的進(jìn)行？哪個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中有��？
望請(qǐng)各位高手指點(diǎn)一下小弟迷津，感激不盡啊�。。�！
能提供點(diǎn)實(shí)例最好哈�。�！

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1樓 2012-01-04 22:23:03

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yytsnake

至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)

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huangjr(金幣+5): 感謝積極回帖交流~ 2012-01-05 12:22:58

H鍵應(yīng)該是精修產(chǎn)生的，如2樓所說(shuō)。不適合用其它軟件人為的指定。
MERCURY有顯示可能存在的H鍵功能，但必須在INS文件中加入相關(guān)的HTAB命令，使之在CIF中體現(xiàn)出來(lái)。

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4樓2012-01-05 09:15:14

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knight1014

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SCUZhang(金幣+40): 10 2012-01-05 11:27:56

這個(gè)利用解晶體的程序就可以判斷。加完氫后在ins中加入指令htab就可以在lst中看到氫鍵列表了。

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2樓2012-01-05 00:19:47

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引用回帖:

樓: Originally posted by knight1014 at 2012-01-05 00:19:47:
這個(gè)利用解晶體的程序就可以判斷。加完氫后在ins中加入指令htab就可以在lst中看到氫鍵列表了。

有沒(méi)有簡(jiǎn)單點(diǎn)的操作啊，不會(huì)啊。我只會(huì)簡(jiǎn)單的mercury中的measure distance。。。

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3樓2012-01-05 08:58:11

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引用回帖:

樓: Originally posted by yytsnake at 2012-01-05 09:15:14:
H鍵應(yīng)該是精修產(chǎn)生的，如2樓所說(shuō)。不適合用其它軟件人為的指定。
MERCURY有顯示可能存在的H鍵功能，但必須在INS文件中加入相關(guān)的HTAB命令，使之在CIF中體現(xiàn)出來(lái)。

Table 7. Specified hydrogen bonds (with esds except fixed
         and riding H) for zxq6.

D-H       H...A       D...A       <(DHA)

0.82       2.09       2.879(10) 160.4       O6-H6...OW_$1
0.73(10)    2.39(11)    2.996(7)    141(10)    OW-H1W...O1_$1
0.73(10)    2.64(10)    3.226(8)    139(10)    OW-H1W...O2_$1
0.69(7)    2.29(8)    2.917(8)    152(8)    OW-H2W...O4_$1

這是我的晶體數(shù)據(jù)中一個(gè)tab命名的word文檔中的數(shù)據(jù)，這個(gè)表格中列出來(lái)的酒可以肯定是晶體中已經(jīng)生成了這些氫鍵了？感謝啊

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5樓2012-01-05 09:43:48

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