 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3316 | 回復: 5 | ||
04nylxb木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
vasp跨節(jié)點運行出錯，mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089)
|
|
最近在集群上編譯帶CNEB的vasp5.2，并行vasp編譯成功，在單個節(jié)點（每個節(jié)點八核）上運行 $ mpirun -np 8 vasp 時候，top下，發(fā)現(xiàn)確實出現(xiàn)八個vasp進程。 但是，跨節(jié)點的時候，確出錯了，出錯信息如下： running on 15 nodes distr: one band on 1 nodes, 15 groups vasp.5.2.12 11Nov11 complex POSCAR found : 1 types and 2 ions ----------------------------------------------------------------------------- | | | W W AA RRRRR N N II N N GGGG !!! | | W W A A R R NN N II NN N G G !!! | | W W A A R R N N N II N N N G !!! | | W WW W AAAAAA RRRRR N N N II N N N G GGG ! | | WW WW A A R R N NN II N NN G G | | W W A A R R N N II N N GGGG !!! | | | | For optimal performance we recommend that you set | | NPAR = approx SQRT( number of cores) | | This will greatly improve the performance of VASP for DFT. | | The default NPAR=number of cores might be grossly inefficient | | on modern multi-core architectures or massively parallel machines. | | Unfortunately you need to use the default for hybrid, GW and RPA | | calculations. | | | ----------------------------------------------------------------------------- LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew found WAVECAR, reading the header number of bands has changed, file: 12 present: 15 trying to continue reading WAVECAR, but it might fail POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected FFT: planning ...( 1 ) reading WAVECAR random initialization beyond band 13 the WAVECAR file was read sucessfully initial charge from wavefunction entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1090): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null & rank 14 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 14: killed by signal 11 rank 13 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 13: killed by signal 9 rank 9 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 9: killed by signal 11 rank 8 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 8: killed by signal 11 rank 4 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 4: killed by signal 11 rank 3 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 3: killed by signal 9 rank 2 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 2: killed by signal 9 rank 1 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 1: killed by signal 11 rank 0 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks 其中node-1是我的控制節(jié)點。進程數(shù)為12以下的時候都運行正常 $ mpirun -machinefile ~/machinefile -np 12 vasp > 5out 其中，mpich2，我用cpi測試，各個節(jié)點都OK的，并且能夠跑上百個核。 求高人指點，為什么vasp跨節(jié)點的時候出現(xiàn)這樣的錯誤？該如何解決？非常感謝啊。 另，想問下，編譯的時候，make makeparam，生成的這個makeparam是干嘛用的？ |
回復此樓» 猜你喜歡
0703化學調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
-
材料，紡織，生物（0856、0710），化學招生啦
已經(jīng)有7人回復
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有7人回復
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
277調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
341求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- vasp并行測試時出錯。
已經(jīng)有7人回復
- vasp 并行運算出錯
已經(jīng)有7人回復
- 【求助】安裝vasp出錯 make: *** [fftmpi_map.o] 錯誤 1【已解決】
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】VASP5.2 編譯出錯make: *** [vasp] 錯誤 1,請大家?guī)兔Ψ治龇治?謝謝
已經(jīng)有7人回復
- 【求助】vasp運行出錯 大家?guī)兔纯?/a>
已經(jīng)有18人回復
- 【求助】VASP編譯出錯
已經(jīng)有5人回復
- 【求助】vasp運行問題
已經(jīng)有7人回復
04nylxb
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 33 (小學生)
- 金幣: 2321.9
- 散金: 46
- 紅花: 4
- 帖子: 824
- 在線: 262.6小時
- 蟲號: 817223
- 注冊: 2009-07-28
- 性別: GG
- 專業(yè): 工程熱物理相關交叉領域
2樓2012-01-08 23:34:31
liliangfang
榮譽版主 (著名寫手)
- 1ST強帖: 7
- 應助: 138 (高中生)
- 貴賓: 0.952
- 金幣: 10648.7
- 散金: 4575
- 紅花: 42
- 沙發(fā): 3
- 帖子: 1856
- 在線: 825.2小時
- 蟲號: 1275010
- 注冊: 2011-04-23
- 性別: GG
- 專業(yè): 微/納機械系統(tǒng)
- 管轄: 第一性原理
3樓2012-01-09 08:38:20
uuv2010
榮譽版主 (職業(yè)作家)
- 1ST強帖: 6
- 應助: 160 (高中生)
- 貴賓: 3.14
- 金幣: 3681.7
- 散金: 5802
- 紅花: 79
- 沙發(fā): 35
- 帖子: 4560
- 在線: 916小時
- 蟲號: 966216
- 注冊: 2010-03-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構
- 管轄: 第一性原理
4樓2012-01-09 10:07:28
04nylxb
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 33 (小學生)
- 金幣: 2321.9
- 散金: 46
- 紅花: 4
- 帖子: 824
- 在線: 262.6小時
- 蟲號: 817223
- 注冊: 2009-07-28
- 性別: GG
- 專業(yè): 工程熱物理相關交叉領域
★ ★
franch(金幣+2): 鼓勵交流，，呵呵 2012-01-09 20:12:34
franch(金幣+2): 鼓勵交流，，呵呵 2012-01-09 20:12:34
|
非常感謝。 嗯，NPAR我都設成了并行的核數(shù)了，感覺這個節(jié)點數(shù)無法估計啊，有時候任務調(diào)度系統(tǒng)分配給4個節(jié)點，有時候分配給10個節(jié)點。是否不需要嚴格的節(jié)點數(shù)？按照它說的近似corse的開方即可？ mpi方面，我用的是mpich2，我用Mpi自帶的examples下面的cpi測試，發(fā)現(xiàn)并行都是順利完成，指定幾個節(jié)點，輸出里面會有相應的節(jié)點運行報告，是否可以說mpi安裝是好的？ 我昨天測試運行的時候還發(fā)現(xiàn)一個問題，有時候去提交任務，-np 64之類的，任務正常，各個節(jié)點都會分配vasp任務，然后過了一兩個小時之后，再次運行同樣的任務，vasp又出現(xiàn)上面的錯誤了，汗，郁悶啊。 |
5樓2012-01-09 19:14:05
uuv2010
榮譽版主 (職業(yè)作家)
- 1ST強帖: 6
- 應助: 160 (高中生)
- 貴賓: 3.14
- 金幣: 3681.7
- 散金: 5802
- 紅花: 79
- 沙發(fā): 35
- 帖子: 4560
- 在線: 916小時
- 蟲號: 966216
- 注冊: 2010-03-09
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結構
- 管轄: 第一性原理
6樓2012-01-09 22:21:18
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 04nylxb 的主題更新
| 6 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學 生命科學與健康學院-課題組招收2026級食品/生物方向碩士 +3 | 1喜春8 2026-03-17 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +4 | 慕寒mio 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 本人考085602 化學工程 專碩 +16 | 不知道叫什么！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +6 | 世界首富 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[碩博家園] 深圳大學碩士招生（2026秋，傳感器方向，僅錄取第一志愿） +4 | xujiaoszu 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學0817化工求調(diào)劑 +6 | SUICHILD 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 東南大學364求調(diào)劑 +5 | JasonYuiui 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 080500，材料學碩302分求調(diào)劑學校 +4 | 初識可樂 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +4 | 學海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308 085701 四六級已過求調(diào)劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +3 | ?醬給調(diào)劑跪了 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料科學與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調(diào)劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 冬十三 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328化工專碩求調(diào)劑 +4 | 。，。，。，。i 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 資源與環(huán)境 285 +3 | 未名考生 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化工學碩306求調(diào)劑 +9 | 42838695 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 152697 2026-03-12 | 4/200 |
|