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04nylxb木蟲 (正式寫手)
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[求助]
vasp跨節(jié)點(diǎn)運(yùn)行出錯(cuò)，mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089)
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最近在集群上編譯帶CNEB的vasp5.2，并行vasp編譯成功，在單個(gè)節(jié)點(diǎn)（每個(gè)節(jié)點(diǎn)八核）上運(yùn)行 $ mpirun -np 8 vasp 時(shí)候，top下，發(fā)現(xiàn)確實(shí)出現(xiàn)八個(gè)vasp進(jìn)程。 但是，跨節(jié)點(diǎn)的時(shí)候，確出錯(cuò)了，出錯(cuò)信息如下： running on 15 nodes distr: one band on 1 nodes, 15 groups vasp.5.2.12 11Nov11 complex POSCAR found : 1 types and 2 ions ----------------------------------------------------------------------------- | | | W W AA RRRRR N N II N N GGGG !!! | | W W A A R R NN N II NN N G G !!! | | W W A A R R N N N II N N N G !!! | | W WW W AAAAAA RRRRR N N N II N N N G GGG ! | | WW WW A A R R N NN II N NN G G | | W W A A R R N N II N N GGGG !!! | | | | For optimal performance we recommend that you set | | NPAR = approx SQRT( number of cores) | | This will greatly improve the performance of VASP for DFT. | | The default NPAR=number of cores might be grossly inefficient | | on modern multi-core architectures or massively parallel machines. | | Unfortunately you need to use the default for hybrid, GW and RPA | | calculations. | | | ----------------------------------------------------------------------------- LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew found WAVECAR, reading the header number of bands has changed, file: 12 present: 15 trying to continue reading WAVECAR, but it might fail POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected FFT: planning ...( 1 ) reading WAVECAR random initialization beyond band 13 the WAVECAR file was read sucessfully initial charge from wavefunction entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1090): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null & rank 14 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 14: killed by signal 11 rank 13 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 13: killed by signal 9 rank 9 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 9: killed by signal 11 rank 8 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 8: killed by signal 11 rank 4 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 4: killed by signal 11 rank 3 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 3: killed by signal 9 rank 2 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 2: killed by signal 9 rank 1 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 1: killed by signal 11 rank 0 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks 其中node-1是我的控制節(jié)點(diǎn)。進(jìn)程數(shù)為12以下的時(shí)候都運(yùn)行正常 $ mpirun -machinefile ~/machinefile -np 12 vasp > 5out 其中，mpich2，我用cpi測(cè)試，各個(gè)節(jié)點(diǎn)都OK的，并且能夠跑上百個(gè)核。 求高人指點(diǎn)，為什么vasp跨節(jié)點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)這樣的錯(cuò)誤？該如何解決？非常感謝啊。 另，想問下，編譯的時(shí)候，make makeparam，生成的這個(gè)makeparam是干嘛用的？ |
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04nylxb
木蟲 (正式寫手)
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franch(金幣+2): 鼓勵(lì)交流，，呵呵 2012-01-09 20:12:34
franch(金幣+2): 鼓勵(lì)交流，，呵呵 2012-01-09 20:12:34
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非常感謝。 嗯，NPAR我都設(shè)成了并行的核數(shù)了，感覺這個(gè)節(jié)點(diǎn)數(shù)無(wú)法估計(jì)啊，有時(shí)候任務(wù)調(diào)度系統(tǒng)分配給4個(gè)節(jié)點(diǎn)，有時(shí)候分配給10個(gè)節(jié)點(diǎn)。是否不需要嚴(yán)格的節(jié)點(diǎn)數(shù)？按照它說(shuō)的近似corse的開方即可？ mpi方面，我用的是mpich2，我用Mpi自帶的examples下面的cpi測(cè)試，發(fā)現(xiàn)并行都是順利完成，指定幾個(gè)節(jié)點(diǎn)，輸出里面會(huì)有相應(yīng)的節(jié)點(diǎn)運(yùn)行報(bào)告，是否可以說(shuō)mpi安裝是好的？ 我昨天測(cè)試運(yùn)行的時(shí)候還發(fā)現(xiàn)一個(gè)問題，有時(shí)候去提交任務(wù)，-np 64之類的，任務(wù)正常，各個(gè)節(jié)點(diǎn)都會(huì)分配vasp任務(wù)，然后過了一兩個(gè)小時(shí)之后，再次運(yùn)行同樣的任務(wù)，vasp又出現(xiàn)上面的錯(cuò)誤了，汗，郁悶啊。 |
5樓2012-01-09 19:14:05
04nylxb
木蟲 (正式寫手)
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4樓2012-01-09 10:07:28
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