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shielia新蟲 (初入文壇)
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[求助]
data文件可以導(dǎo)入vmd嗎？
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| 要想看模擬初始原子的分布，那data文件可以導(dǎo)入vmd嗎？ |
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paladinlee
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2樓2012-01-12 02:49:17
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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安樓上的辦法做就行了。 不過我是個(gè)懶人，懶人就會(huì)想懶辦法： data文件格式類似這樣： 5760 atoms 3600 bonds 5 atom types 2 bond types -60 60 xlo xhi -60 60 ylo yhi 0 40 zlo zhi Masses 1 10 2 1 3 1 4 1 5 1 Atoms 1 1 2 0 0 -12.75 1 2 1 2 0 0 -12.33 1 3 1 2 0 0 -11.91 1 4 1 2 0 0 -11.49 1 5 1 2 0 0 -11.07 1 6 1 2 0 0 -10.65 1 7 1 2 0 0 -10.23 1 8 1 2 0 0 -9.81 1 9 1 2 0 0 -9.39 1 10 1 2 0 0 -8.97 1 11 1 2 0 0 -8.55 1 。。。。。。。。。。。 此處省略好多數(shù)據(jù) 。。。。。。。。。。。 5755 0 5 1 2.7564 10.287 38 5756 0 5 1 2.8651 10.693 38 5757 0 5 1 2.9738 11.098 38 5758 0 5 1 3.0826 11.504 38 5759 0 5 1 3.1913 11.91 38 5760 0 5 1 3.2999 12.316 38 Bonds 1 1 1 2 2 1 2 3 3 1 3 4 4 1 4 5 5 1 5 6 6 1 6 7 7 1 7 8 8 1 8 9 9 1 9 10 10 1 10 11 。。。。。。。。。。。 此處又省略好多數(shù)據(jù) 。。。。。。。。。。。 3591 1 3591 3592 3592 1 3592 3593 3593 1 3593 3594 3594 1 3594 3595 3595 1 3595 3596 3596 1 3596 3597 3597 1 3597 3598 3598 1 3598 3599 3599 1 3599 3600 3600 2 3600 4474 其中Atoms Bonds 的格式你要看下手冊(cè)就知道了http://lammps.sandia.gov/doc/read_data.html 我這個(gè)data數(shù)據(jù)選的是 full ，因此 Atoms 部分的七列分別是： atom-ID molecule-ID atom-type q x y z 你把Atoms 部分的內(nèi)容復(fù)制出來，把 ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 5760 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp -15 15 -15 15 0 39 ITEM: ATOMS id mol type q x y z 加在Atoms 部分內(nèi)容的上面，保存文件為：all.lammpstrj 雙擊all.lammpstrj 就可以用VMD 查看初始原子分布了。 這個(gè) all.lammpstrj 文件 其實(shí)就相當(dāng)于DUMP 或者 fix ave/spatial 輸出的第一幀結(jié)果。你看下這幾個(gè)命令，就知道如何在你自己的系統(tǒng)中修改參數(shù) |
3樓2012-01-12 09:40:21
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