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luokei銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】大家好，vmd能看生物分子活性嗎
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大家好，用namd跑的MD，能用vmd看生物分子活性嗎？有沒(méi)有變性 如果想做這方面的分析，用哪款軟件的哪個(gè)版塊好(=@__@=)哪？ 謝謝 |
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xulinan
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2樓2010-11-05 12:57:45
luokei
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zh1987hs(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2010-11-05 21:33:57
zh1987hs(金幣+1): 鼓勵(lì)交流 2010-11-05 21:33:57
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謝謝。你說(shuō)的“rmsd值，值越大越不穩(wěn)定”是指的結(jié)構(gòu)越不穩(wěn)定？我看的得有關(guān)rmsd的結(jié)論是rmsd不再變化時(shí)，構(gòu)象穩(wěn)定。這兩個(gè)說(shuō)的結(jié)構(gòu)和構(gòu)象應(yīng)該是不一樣的吧？ “蛋白關(guān)鍵區(qū)域”這個(gè)還是第一次聽(tīng)說(shuō)，回頭查查，是不是人們說(shuō)的活性點(diǎn)��？ |
3樓2010-11-05 15:01:15
xulinan
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luokei(金幣+4): 2010-11-05 21:07:50
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-11-05 21:34:11
luokei(金幣+4): 2010-11-05 21:07:50
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2010-11-05 21:34:11
| rmsd的大小不能單獨(dú)來(lái)說(shuō)穩(wěn)定性的，比如你比較一個(gè)野生型和一個(gè)突變體，整體值大的肯定就沒(méi)小的穩(wěn)定。構(gòu)象穩(wěn)定指的是單個(gè)蛋白模擬過(guò)程的rmsd變化情況，整體變化越小，基本在一個(gè)水平線上說(shuō)明穩(wěn)定了。蛋白的關(guān)鍵區(qū)很多時(shí)候就是活性點(diǎn)，比如酶的活性中心，大部分蛋白的疏水核心，這些都在蛋白質(zhì)功能中起重要作用。 |
4樓2010-11-05 18:57:07
luokei
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5樓2010-11-05 21:11:54
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8樓2013-04-01 17:02:08
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