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lhyhover銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
vasp并行問題及NEB計(jì)算出錯(cuò)
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大家好！最近使用vasp遇到了奇怪的問題： （1）我的vasp是用mpif90編譯的，然后遞交任務(wù)的腳本也使用的是并行計(jì)算，腳本如下： #!/bin/bash #PBS -q normal #PBS -l nodes=32 #PBS -N siNF #PBS -l walltime=50:00:00 #PBS -o $PBS_JOBID.output module load intel-mvapich2-1.5 ulimit -s unlimited cd $PBS_O_WORKDIR mpiexec -n 32 vasp 任務(wù)是正常運(yùn)行的，我用qstat看了，也是在32個(gè)節(jié)點(diǎn)上跑，可是最后的OUTCAR里面卻顯示的是串行版本，如下： vasp.5.2.2 15Apr09 complex executed on LinuxIFC date 2012.01.17 12:01:20 serial version （2）我把NEB編譯到vasp里面后，運(yùn)行出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： ERROR: the following files does not exist POSCAR 我檢查了每個(gè)子文件夾（00-07），每個(gè)里面都是有POSCAR，而且格式也和vasp5.2的一樣，在INCAR里面我也設(shè)置了ICHAIN =0，IMAGES =6 不知道為什么咧？ 很是糾結(jié)，謝謝大家能給我些建議！ |
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lhyhover: 回帖置頂 2012-01-19 01:04:45
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這是我的makefile，謝謝幫我檢查一下。 庫文件不是我自己裝的，用的是學(xué)校的集群。 |
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2012-01-19 01:04:21, 14.66 K
5樓2012-01-19 01:04:40
likai0106
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
liliangfang(金幣+1): 多謝交流 2012-01-18 08:31:40
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liliangfang(金幣+1): 多謝交流 2012-01-18 08:31:40
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對(duì)于第一個(gè)問題，檢查一下是不是你的vasp在32核計(jì)算時(shí)每個(gè)核都在算一個(gè)單獨(dú)的任務(wù)，如果把一個(gè)任務(wù)算了32次肯定會(huì)顯示是串行的。這個(gè)時(shí)候檢查你并行編譯的那個(gè)庫文件。 第二個(gè)問題，你的每個(gè)文件夾下的POSCAR是自己弄進(jìn)去的還是nebmake.pl生成的？如果自己弄進(jìn)去的，可能是你在window編寫的時(shí)候那個(gè)格式或者權(quán)限vasp讀不出來。 |
2樓2012-01-18 07:35:07
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3樓2012-01-18 11:12:11
lhyhover
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4樓2012-01-19 00:55:19
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-07-29 22:43:05
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-07-29 22:43:05
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你的makefile文件編譯的就是串行的，如果你要編譯并行的，把并行的那些選項(xiàng)打開： 201到203行：把注釋去掉 CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ -DMPI_BLOCK=8000 228行：把注釋去掉 FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o |
6樓2013-07-27 22:17:24
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