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candery金蟲 (小有名氣)
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[交流]
分子對(duì)接及打分函數(shù) 已有9人參與
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| 我想請(qǐng)教各位前輩，目前主流的比較權(quán)威的，公認(rèn)的，用的人較多的分子對(duì)接程序和打分函數(shù)都有哪些呢？ |
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 sybyl |
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caixin5120 
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
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對(duì)接軟件其實(shí)是由兩部分組成。 一部分是做分子構(gòu)象搜尋的，一部分則是打分函數(shù)。 對(duì)接軟件通常被集合在如Sybyl DS MOE Shrodinger這樣的模擬平臺(tái)軟件中，作為一個(gè)計(jì)算模塊。 Sybyl 中的有Surflex-Dock對(duì)接模塊（所有版本），F(xiàn)lexX對(duì)接模塊（8.0及以前的版本有）。 DS 中的ZDOCK對(duì)接模塊 MOE 的對(duì)接模塊 Shrodinger 的Glide對(duì)接模塊 它們有各自的打分函數(shù)，都是常用的，也支持用戶自定義打分函數(shù)。 這些模塊大部分對(duì)于學(xué)術(shù)用戶可以申請(qǐng)到免費(fèi)版本，但不是集成在這些平臺(tái)上的，而是獨(dú)立的版本。 此外還有相對(duì)獨(dú)立的對(duì)接軟件，如DOCK（免費(fèi)），Autodock（免費(fèi)），HEX（免費(fèi)），MVD，GOLD等。 打分函數(shù)就多了，如surflex-Dock里面就有6種打分函數(shù)，Cscore（一致性打分函數(shù)）算是它的特色；Autodock則是使用Binding Energy打分函數(shù)；GOLD則采用GOLD score，Chemscore，支持自定義函數(shù)，最新版4和5還有ASP，CHEMPLP打分函數(shù)。 軟件的應(yīng)用就像武術(shù)一樣。 呵呵 這個(gè)就像李連杰《霍元甲》里面說(shuō)的。 霍元甲：我以為，世上的武術(shù)確實(shí)沒有高低之分，只有習(xí)武的人才有強(qiáng)弱之別，通過競(jìng)技我們可以發(fā)現(xiàn)和認(rèn)識(shí)一個(gè)真正的自己，因?yàn)槲覀冋嬲膶?duì)手，可能就是我們自己。 |
11樓2012-02-22 10:33:27
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2樓2012-02-06 15:29:39
凹葉景天
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6樓2012-02-08 07:40:45
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9樓2012-02-14 12:26:07
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10樓2012-02-20 22:21:37
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