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侯麗麗2010金蟲 (小有名氣)
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[求助]
請教，晶體精修時 如何把不全的配體再cif結(jié)果文件中顯示出來？
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審稿人提出來的意見如下，要求把配體從cif中能直接顯示完全，而不是通過連接方法長全的。還請高手指點！謝謝！ Routine geometry checks show that the coordinates presented in the CIF for one of the ligands do not form a fully connected ligand set. Atoms will need to be moved togenerate a fully connected ligand |
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p452_1
至尊木蟲 (知名作家)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lichun1210(金幣+5): 鼓勵回帖交流~，希望能幫助樓主~ 2012-02-15 08:14:11
侯麗麗2010(金幣+20): ★★★很有幫助 我試試刪掉再長的方法，很有效呀。謝謝 2012-02-16 11:49:58
lichun1210(金幣+5): 鼓勵回帖交流~，希望能幫助樓主~ 2012-02-15 08:14:11
侯麗麗2010(金幣+20): ★★★很有幫助 我試試刪掉再長的方法，很有效呀。謝謝 2012-02-16 11:49:58
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Routine geometry checks show that the coordinates presented in the CIF for one of the ligands do not form a fully connected ligand set. Atoms will need to be moved togenerate a fully connected ligand 好像是說你的配體有一個形成的不夠完整。你必須把配體長完整了，比如羧基上的氧可能在跟金屬離子配位的位置上，為了配體的完整，你必須要把它們移到羧基的C上。一般方法有2種： 1、通過對稱操作指令來搬遷這些原子，但是這種方法有時會產(chǎn)生比較復(fù)雜的對稱操作，使得checkcif那里過不了關(guān)，產(chǎn)生A類問題。 2、另外一種方法就是把這些需要搬遷的原子刪掉，重新精修，從長出的q峰再定出那些原子。一般那些刪掉的O原子就會重新生長在配體上，這樣你就會得到完整的配體了。 我不很清楚你的問題是否這樣，但愿對你有所幫助。 |
2樓2012-02-15 03:08:53
3樓2012-02-15 15:30:35
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4樓2012-02-15 16:15:59
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